Abstract Paracetamol/acetaminophen (N-acetyl-p-aminophenol, APAP) overdose is one of the most important causes of drug-induced liver injury worldwide. Hepatotoxicity induced by APAP is mainly caused by the production of N-acetyl-p-benzoquinone imine (NAPQI), a highly reactive intermediate formed predominantly via the cytochrome P450 2E1. Here, we used human studies and in vitro models to demonstrate that NAPQI-derived thiomethyl metabolites identified using high-resolution mass spectrometry could serve to monitor NAPQI detoxification and elimination in patients (after intake at recommended dose or after intoxication), and to study inter-individual variability in NAPQI production. Using in vitro human models, we showed that these thiomethyl metabolites are directly linked to NAPQI detoxification since they are mainly formed after exposure to glutathione-derived conjugates via an overlooked pathway called the thiomethyl shunt. These long-term thiomethyl metabolites have great potential in future clinical studies in order to provide a more reliable history of APAP ingestion in case of acute intoxication or to study underlying causes involved in APAP-induced hepatotoxicity. One Sentence Summary Thiomethyl metabolites are new markers to monitor the elimination of the toxic N-acetyl-p-benzoquinone imine after therapeutic use or intoxication.