Abstract Uakari monkeys (genus Cacajao ) are endemic to the Amazon rainforest. These have been divided into two main groups: bald and black, mainly based on phenotypic and ecological differences, for which eight taxonomic species have been described. We present 48 geo-localized high coverage whole genomes from uakaris in wild populations across their habitat range. The resolution in terms of sequencing depth provided by this dataset has allowed us to closely explore the structure and evolutionary past of these populations inhabiting the highly dynamic and diverse Amazon rainforest, unavailable until now. Also, we have refined previous phylogenetic estimates by presenting the first whole genome phylogenies available for Cacajao, which were built based on 1Mb and 250kb windows respectively. In this context, bald and black uakaris showed differing genetic diversity ranges, group-specific non-synonymous variation enriched for pathogen-related pathways, and strong population structure, both among and within species. Despite the latter, connectivity was common inside each group whilst strongly shaped by allopatric barriers. Strikingly, even though their habitat ranges partially overlap, no migration was detected between these two groups. Lastly, demographic inference was performed employing a maximum likelihood approach, with which we i) obtained overall higher effective population size estimates for bald extant and ancestral populations than black in agreement with genetic diversity patterns, and ii) found the evolutionary divergence times in the genus were as old as one million years, depicting a quite recent evolutionary history. With this work we increased the representation of wild non-human primates in genomic studies, particularly that of platyrrhine lineages such as Cacajao .

Abstract Background Coincidence of Convergent Amino Acid Substitutions (CAAS) with phenotypic convergences allow pinpointing genes and even individual mutations that are likely to be associated with trait variation within their phylogenetic context. Such findings can provide useful insights into the genetic architecture of complex phenotypes. Here we introduce CAAStools, a set of bioinformatics tools to identify and validate CAAS in orthologous protein alignments for pre-defined groups of species representing the phenotypic values targeted by the user. Implementation and availability CAAStools source code is available at http://github.com/linudz/caastools , along with documentation and examples. Supplementary information Supplementary data are available.

Abstract The novel coronavirus SARS-CoV-2, which in humans leads to the disease COVID-19, has caused global disruption and more than 1.5 million fatalities since it first emerged in late 2019. As we write, infection rates are currently at their highest point globally and are rising extremely rapidly in some areas due to more infectious variants. The primary viral target is the cellular receptor angiotensin-converting enzyme-2 (ACE2). Recent sequence analyses of the ACE2 gene predicts that many nonhuman primates are also likely to be highly susceptible to infection. However, the anticipated risk is not equal across the Order. Furthermore, some taxonomic groups show high ACE2 amino acid conservation, while others exhibit high variability at this locus. As an example of the latter, analyses of strepsirrhine primate ACE2 sequences to date indicate large variation among lemurs and lorises compared to other primate clades despite low sampling effort. Here, we report ACE2 gene and protein sequences for 71 individual strepsirrhines, spanning 51 species and 19 genera. Our study reinforces previous results and finds additional variability in other strepsirrhine species, and suggests several clades of lemurs have high potential susceptibility to SARS-CoV-2 infection. Troublingly, some species, including the rare and Endangered aye-aye ( Daubentonia madagascariensis ), as well as those in the genera Avahi and Propithecus , may be at high risk. Given that lemurs are endemic to Madagascar and among the primates at highest risk of extinction globally, further understanding of the potential threat of COVID-19 to their health should be a conservation priority. All feasible actions should be taken to limit their exposure to SARS-CoV-2.