We report a draft sequence for the genome of the domesticated silkworm (Bombyx mori), covering 90.9% of all known silkworm genes. Our estimated gene count is 18,510, which exceeds the 13,379 genes reported for Drosophila melanogaster. Comparative analyses to fruitfly, mosquito, spider, and butterfly reveal both similarities and differences in gene content.

As business and technology environments change at an unprecedented rate, software development agility to respond to changing user requirements has become increasingly critical for software development performance. Agile software development approaches, which emphasize sense-and-respond, self-organization, cross-functional teams, and continuous adaptation, have been adopted by an increasing number of organizations to improve their software development agility. However, the agile development literature is largely anecdotal and prescriptive, lacking empirical evidence and theoretical foundation to support the principles and practices of agile development. Little research has empirically examined the software development agility construct in terms of its dimensions, determinants, and effects on software development performance. As a result, there is a lack of understanding about how organizations can effectively implement an agile development approach. Using an integrated research approach that combines quantitative and qualitative data analyses, this research opens the black box of agile development by empirically examining the relationships among two dimensions of software development agility (software team response extensiveness and software team response efficiency), two antecedents that can be controlled (team autonomy and team diversity), and three aspects of software development performance (on-time completion, on-budget completion, and software functionality). Our PLS results of survey responses of 399 software project managers suggest that the relationships among these variables are more complex than what has been perceived by the literature. The results suggest a tradeoff relationship between response extensiveness and response efficiency. These two agility dimensions impact software development performance differently: response efficiency positively affects all of on-time completion, on-budget completion, and software functionality, whereas response extensiveness positively affects only software functionality. The results also suggest that team autonomy has a positive effect on response efficiency and a negative effect on response extensiveness, and that team diversity has a positive effect on response extensiveness. We conducted 10 post hoc case studies to qualitatively cross-validate our PLS results and provide rich, additional insights regarding the complex, dynamic interplays between autonomy, diversity, agility, and performance. The qualitative analysis also provides explanations for both supported and unsupported hypotheses. We discuss these qualitative analysis results and conclude with the theoretical and practical implications of our research findings for agile development approaches.

The Taming of the Silkworm Silkworms, Bombyx mori , represent one of the few domesticated insects, having been domesticated over 10,000 years ago. Xia et al. (p. 433 , published online 27 August) sequenced 29 domestic and 11 wild silkworm lines and identified genes that were most likely to be selected during domestication. These genes represent those that enhance silk production, reproduction, and growth. Furthermore, silkworms were probably only domesticated once from a large progenitor population, rather than on multiple occasions, as has been observed for other domesticated animals.

Human utilization of the mulberry–silkworm interaction started at least 5,000 years ago and greatly influenced world history through the Silk Road. Complementing the silkworm genome sequence, here we describe the genome of a mulberry species Morus notabilis. In the 330-Mb genome assembly, we identify 128 Mb of repetitive sequences and 29,338 genes, 60.8% of which are supported by transcriptome sequencing. Mulberry gene sequences appear to evolve ~3 times faster than other Rosales, perhaps facilitating the species’ spread worldwide. The mulberry tree is among a few eudicots but several Rosales that have not preserved genome duplications in more than 100 million years; however, a neopolyploid series found in the mulberry tree and several others suggest that new duplications may confer benefits. Five predicted mulberry miRNAs are found in the haemolymph and silk glands of the silkworm, suggesting interactions at molecular levels in the plant–herbivore relationship. The identification and analyses of mulberry genes involved in diversifying selection, resistance and protease inhibitor expressed in the laticifers will accelerate the improvement of mulberry plants. Mulberry trees are the primary food source for silkworms, which are reared for the production of silk. In this study, He et al. present the draft genome sequence of Morus notabilisand find that it evolved significantly faster than other plants in the Rosales order.

The tobacco cutworm, Spodoptera litura, is among the most widespread and destructive agricultural pests, feeding on over 100 crops throughout tropical and subtropical Asia. By genome sequencing, physical mapping and transcriptome analysis, we found that the gene families encoding receptors for bitter or toxic substances and detoxification enzymes, such as cytochrome P450, carboxylesterase and glutathione-S-transferase, were massively expanded in this polyphagous species, enabling its extraordinary ability to detect and detoxify many plant secondary compounds. Larval exposure to insecticidal toxins induced expression of detoxification genes, and knockdown of representative genes using short interfering RNA (siRNA) reduced larval survival, consistent with their contribution to the insect's natural pesticide tolerance. A population genetics study indicated that this species expanded throughout southeast Asia by migrating along a South India-South China-Japan axis, adapting to wide-ranging ecological conditions with diverse host plants and insecticides, surviving and adapting with the aid of its expanded detoxification systems. The findings of this study will enable the development of new pest management strategies for the control of major agricultural pests such as S. litura.

We designed and constructed a genome-wide microarray with 22,987 70-mer oligonucleotides covering the presently known and predicted genes in the silkworm genome, and surveyed the gene expression in multiple silkworm tissues on day 3 of the fifth instar. Clusters of tissue-prevalent and tissue-specific genes and genes that are differentially expressed in different tissues were identified, and they reflect well major tissue-specific functions on the molecular level. The data presented in this study provide a new resource for annotating the silkworm genome.

The SilkDB is an open-access database for genome biology of the silkworm (Bombyx mori). Since the draft sequence was completed and the SilkDB was first released 5 years ago, we have collaborated with other groups to make much remarkable progress on silkworm genome research, such as the completion of a new high-quality assembly of the silkworm genome sequence as well as the construction of a genome-wide microarray to survey gene expression profiles. To accommodate these new genomic data and house more comprehensive genomic information, we have reconstructed SilkDB database with new web interfaces. In the new version (v2.0) of SilkDB, we updated the genomic data, including genome assembly, gene annotation, chromosomal mapping, orthologous relationship and experiment data, such as microarray expression data, Expressed Sequence Tags (ESTs) and corresponding references. Several new tools, including SilkMap, Silkworm Chromosome Browser (SCB) and BmArray, are developed to access silkworm genomic data conveniently. SilkDB is publicly available at the new URL of http://www.silkdb.org.

Silk glands are used by silkworms to spin silk fibers for making their cocoons. These have recently been regarded as bioreactor hosts for the cost-effective production of other valuable exogenous proteins and have drawn wide attention.In this study, we established a transgenic silkworm strain which synthesizes the recombinant human lactoferrin (rhLF) in the silk gland and spins them into the cocoon by our previously constructed silk gland based bioreactor system. The yield of the rhLF with the highest expression level was estimated to be 12.07 mg/g cocoon shell weight produced by the transgenic silkworm strain 34. Utilizing a simple purification protocol, 9.24 mg of the rhLF with recovery of 76.55% and purity of 95.45% on average could be purified from 1 g of the cocoons. The purified rhLF was detected with a secondary structure similar with the commercially purchased human lactoferrin. Eight types of N-glycans which dominated by the GlcNAc (4) Man (3) (61.15%) and the GlcNAc (3) Man (3) (17.98%) were identified at the three typical N-glycosylation sites of the rhLF. Biological activities assays showed the significant evidence that the purified rhLF could relief the lipopolysaccharide (LPS)-induced cell inflammation in RAW264.7 cells and exhibit potent antibacterial bioactivities against the Escherichia coli (E. coli) and Bacillus subtilis.These results show that the middle silk gland of silkworm can be an efficient bioreactor for the mass production of rhLF and the potential application in anti-inflammation and antibacterial.