Primates, the mammalian order including our own species, comprise 480 species in 78 genera. Thus, they represent the third largest of the 18 orders of eutherian mammals. Although recent phylogenetic studies on primates are increasingly built on molecular datasets, most of these studies have focused on taxonomic subgroups within the order. Complete mitochondrial (mt) genomes have proven to be extremely useful in deciphering within-order relationships even up to deep nodes. Using 454 sequencing, we sequenced 32 new complete mt genomes adding 20 previously not represented genera to the phylogenetic reconstruction of the primate tree. With 13 new sequences, the number of complete mt genomes within the parvorder Platyrrhini was widely extended, resulting in a largely resolved branching pattern among New World monkey families. We added 10 new Strepsirrhini mt genomes to the 15 previously available ones, thus almost doubling the number of mt genomes within this clade. Our data allow precise date estimates of all nodes and offer new insights into primate evolution. One major result is a relatively young date for the most recent common ancestor of all living primates which was estimated to 66-69 million years ago, suggesting that the divergence of extant primates started close to the K/T-boundary. Although some relationships remain unclear, the large number of mt genomes used allowed us to reconstruct a robust primate phylogeny which is largely in agreement with previous publications. Finally, we show that mt genomes are a useful tool for resolving primate phylogenetic relationships on various taxonomic levels.

Abstract Male-male bonds may confer substantial fitness benefits. The adaptive value of these relationships is often attributed to coalitionary support, which aids in rank ascension and female defence, ultimately resulting in greater reproductive success. We investigated the link between male-male sociality and both coalitionary support and reproductive success in wild Guinea baboons. This species lives in a tolerant multi-level society with reproductive units comprising a male and 1-6 females at the core. Males are philopatric, form differentiated, stable, and equitable affiliative relationships (‘strong bonds’) with other males, and lack a clear rank hierarchy. Here, we analysed behavioural and paternity data for 30 males and 50 infants collected over four years in the Niokolo-Koba National Park, Senegal. Strongly bonded males supported each other more frequently during conflicts, but strong bonds did not promote reproductive success. Instead, males that spent less time socializing with other males were associated with a higher number of females and sired more offspring. Notably, reproductively active males still maintained bonds with other males, but adjusted their social investment in relation to life-history stage. Long-term data will be needed to test if the adaptive value of male bonding lies in longer male tenure and/or in promoting group cohesion.

ABSTRACT The Brazilian buffy-tufted-ear marmoset ( Callithrix aurita ), one of the world’s most endangered primates, is threatened by anthropogenic hybridization with exotic, invasive marmoset species. As there are few genetic data available for C. aurita , we developed a PCR-free protocol with minimal technical requirements to rapidly generate genomic data with genomic skimming and portable nanopore sequencing. With this direct DNA sequencing approach, we successfully determined the complete mitogenome of a marmoset that we initially identified as C. aurita . The obtained nanopore-assembled sequence was highly concordant with a Sanger sequenced version of the same mitogenome. Phylogenetic analyses unexpectedly revealed that our specimen was a cryptic hybrid, with a C. aurita phenotype and C. penicillata mitogenome lineage. We also used publicly available mitogenome data to determine diversity estimates for C. aurita and three other marmoset species. Mitogenomics holds great potential to address deficiencies in genomic data for endangered, non-model species such as C. aurita . However, we discuss why mitogenomic approaches should be used in conjunction with other data for marmoset species identification. Finally, we discuss the utility and implications of our results and genomic skimming/nanopore approach for conservation and evolutionary studies of C. aurita and other marmosets.

Abstract Adulis, located on the Red Sea coast in present-day Eritrea, was a bustling trading centre between the first and seventh centuries CE. Several classical geographers––Agatharchides of Cnidus, Pliny the Elder, Strabo––noted the value of Adulis to Greco-Roman Egypt, particularly as an emporium for living animals, including baboons ( Papio spp.). Though fragmentary, these accounts predict the Adulite origins of mummified baboons in Ptolemaic catacombs, while inviting questions on the geoprovenance of older (Late Period) baboons recovered from Gabbanat el-Qurud (“Valley of the Monkeys”), Egypt. Dated to ca. 800–540 BCE, these animals could extend the antiquity of Egyptian-Adulite trade by as much as five centuries. To explore this possibility, we analysed complete mitochondrial genomes from a mummified baboon from Gabbanat el-Qurud and 14 museum specimens with known provenance together with published georeferenced mitochondrial sequence data. Phylogenetic assignment connects the mummified baboon to modern populations of Papio hamadryas in Eritrea and eastern Sudan. This result, assuming geographical stability of phylogenetic clades, suggests that present-day Eritrea, and by extension Adulis, was a source of baboons for Late Period Egyptians. It also establishes geographic continuity with baboons from the fabled Land of Punt (Dominy et al., 2020), giving weight to speculation that Punt and Adulis were essentially the same trading centres separated by a thousand years of history.

Abstract Callithrix marmosets are a relatively young primate radiation, whose phylogeny is not yet fully resolved. These primates are naturally para- and allopatric, but three species with highly invasive potential have been introduced into the southeastern Brazilian Atlantic Forest by the pet trade. There, these species hybridize with each other and endangered, native congeners. We aimed here to reconstruct a robust Callithrix phylogeny and divergence time estimates, and identify the biogeographic origins of autochthonous and allochthonous Callithrix mitogenome lineages. We sequenced 49 mitogenomes from four species ( C. aurita, C. geoffroyi, C. jacchus, C. penicillata ) and anthropogenic hybrids ( C. aurita x Callithrix sp., C. penicillata x C. jacchus, Callithrix sp. x Callithrix sp., C. penicillata x C. geoffroyi ) via Sanger and whole genome sequencing. We combined these data with previously published Callithrix mitogenomes to analyze five Callithrix species in total. Results We report the complete sequence and organization of the C. aurita mitogenome. Phylogenetic analyses showed that C. aurita was the first to diverge within Callithrix 3.54 million years ago (Ma), while C. jacchus and C. penicillata lineages diverged most recently 0.5 Ma as sister clades. MtDNA clades of C. aurita, C. geoffroyi , and C. penicillata show intraspecific geographic structure, but C. penicillata clades appear polyphyletic. Hybrids, which were identified by phenotype, possessed mainly C. penicillata or C. jacchus mtDNA haplotypes. The biogeographic origins of mtDNA haplotypes from hybrid and allochthonous Callithrix were broadly distributed across natural Callithrix ranges. Our phylogenetic results also evidence introgression of C. jacchus mtDNA into C. aurita . Conclusion Our robust Callithrix mitogenome phylogeny shows C. aurita lineages as basal and C. jacchus lineages among the most recent within Callithrix . We provide the first evidence that parental mtDNA lineages of anthropogenic hybrid and allochthonous marmosets are broadly distributed inside and outside of the Atlantic Forest. We also show evidence of cryptic hybridization between allochthonous Callithrix and autochthonous C. aurita . Our results encouragingly show that further development of genomic resources will allow to more clearly elucidate Callithrix evolutionary relationships and understand the dynamics of Callithrix anthropogenic introductions into the Brazilian Atlantic Forest.

Abstract Background Climate change coupled with other anthropogenic pressures may affect species distributions, often causing extinctions at different scales. This is particularly true for species occupying marginal habitats such as gelada, Theropithecus gelada. Our study aimed to model the impact of climate change on the distribution of suitable habitats for geladas and draw conservation implications. Our modelling was based on 285 presence locations of geladas, covering their complete current distribution. We used different techniques to generate pseudoabsence datasets, MaxEnt model complexities, and cut-off thresholds to map the potential distribution of gelada under current and future climates (2050 and 2070). We assembled maps from these techniques to produce a final composite map. We also evaluated the change in the topographic features of gelada over the past 200 years by comparing the topography in current and historical settings. Results All model runs had high performances, AUC = 0.87 – 0.96. Under the current climate, the suitable habitat predicted with high certainty was 90,891 km 2 , but it decreased remarkably under future climates, −36% by 2050 and −52% by 2070. Whereas no remarkable range shift was predicted under future climates, currently geladas are confined to higher altitudes and complex landscapes compared to historical sightings, probably qualifying geladas as refugee species. Conclusions Our findings indicated that climate change most likely results in a loss of suitable habitat for geladas, particularly south of the Rift Valley. The difference in topography between current and historical sightings is potentially associated with anthropogenic pressures that drove niche truncation to higher altitudes, undermining the climatic and topographic niche our models predicted. We recommend protecting the current habitats of geladas even when they are forecasted to become climatically unsuitable in the future, in particular for the population south of the Rift Valley.

Abstract The novel coronavirus SARS-CoV-2, which in humans leads to the disease COVID-19, has caused global disruption and more than 1.5 million fatalities since it first emerged in late 2019. As we write, infection rates are currently at their highest point globally and are rising extremely rapidly in some areas due to more infectious variants. The primary viral target is the cellular receptor angiotensin-converting enzyme-2 (ACE2). Recent sequence analyses of the ACE2 gene predicts that many nonhuman primates are also likely to be highly susceptible to infection. However, the anticipated risk is not equal across the Order. Furthermore, some taxonomic groups show high ACE2 amino acid conservation, while others exhibit high variability at this locus. As an example of the latter, analyses of strepsirrhine primate ACE2 sequences to date indicate large variation among lemurs and lorises compared to other primate clades despite low sampling effort. Here, we report ACE2 gene and protein sequences for 71 individual strepsirrhines, spanning 51 species and 19 genera. Our study reinforces previous results and finds additional variability in other strepsirrhine species, and suggests several clades of lemurs have high potential susceptibility to SARS-CoV-2 infection. Troublingly, some species, including the rare and Endangered aye-aye ( Daubentonia madagascariensis ), as well as those in the genera Avahi and Propithecus , may be at high risk. Given that lemurs are endemic to Madagascar and among the primates at highest risk of extinction globally, further understanding of the potential threat of COVID-19 to their health should be a conservation priority. All feasible actions should be taken to limit their exposure to SARS-CoV-2.

Abstract Little is known about the diversity and ecology of mesocarnivores in the Mpem and Djim National Parks in central Cameroon. Therefore, we undertook a rapid assessment using camera traps from September 2021 to December 2021. The main objective of our study was to collect data on the diversity, abundance and relative frequency of mesocarnivores per habitat type and their activity period using camera traps with a distance sampling method. In 1700 trap nights, we recorded 53 events of seven mesocarnivores, all belonging to the family of Viveridae, Herpesdidae and Felidae which yield 3.12 mesocarnivores per 100 days. The black‐legged mongoose ( Bdeogale nigripes , Pucheran, 1855) exhibited the highest capture rate (CR, 0.88). The long‐nosed mongoose ( Xenogale naso, Winton, 1901) was found in all habitats class and was the more active mesocarnivore. The Shannon‐Weaver diversity index (H) showed a high diversity of species in the community with high diversity in the near primary forest. We obtained a lower dominance of one species over the other, a lower richness and a more even distribution of species between habitats. Our results suggest a possible spatio‐temporal niche partitioning between the species recorded, with blotched genet (Genetta maculata, Gray, 1830), showing no clear peak of activity. However, the rarefaction curve indicates that the effort expended was insufficient, suggesting that additional sampling is required to obtain a reasonable estimate of species richness within our community. The activity patterns of the recorded mesocarnivores were generally similar to those reported elsewhere but suggest some behavioural flexibility. Although all these species are listed as Least Concern by the IUCN, the low number of recorded events may indicate that mesocarnivores may be threatened in this area if effective conservation strategies are not implemented.

Abstract In group-living species, evolution puts a premium on the ability of individuals to track the state, whereabouts, and interactions of others. The value of social information might vary with the degree of competition within and between groups, however. We investigated male monitoring of female location in wild Guinea baboons ( Papio papio ). Guinea baboons live in socially tolerant multi-level societies with one-male-units comprising 1-6 females and young at the core. Using field playback experiments, we first tested whether male Guinea baboons (N=14) responded more strongly to playbacks of associated vs. non-associated females, which was the case. In the second and core experiment, we tested whether males (N=22 males, N=62 trials) keep track of the whereabouts of associated females by playing back unit females’ calls from locations that were either consistent or inconsistent with the actual position of the female. Contrary to predictions, males responded equally strongly in both conditions. While males seem to recognize their females by voice, they might lack the attention or motivation to track their females’ movement patterns. These results reinforce the view that the value of social information may vary substantially with the distribution of power in a society. While highly competitive regimes necessitate high attention to deviations from expected patterns, egalitarian societies allow for a certain degree of obliviousness.

Abstract Objectives: Most primate species live in groups, and temporal and spatial coordination of activities of individuals is essential for maintaining group cohesion, and there is still considerable debate to which degree social organization, the extent of despotism, and resource distribution shape group coordination processes. As different baboon species exhibit considerable variation in all of these factors, they constitute an excellent test case to resolve this debate. Materials and Methods: We analyzed group departures and progressions of Guinea baboons, Papio papio, in the Niokolo Koba National Park in Senegal. Guinea baboons live in a multi-level society with strong male bonds and a lack of a clear dominance hierarchy between males. Results: Two-thirds of departures were initiated by adult males, and one third by adult females. Although initiators were more likely to signal than followers, signaling did not affect the initiation success. During group progression, males that were not affiliated with females were predominantly found in the front, while affiliated males, females and young were observed more frequently closer to the center of the group, and no preferences for rear positions. Overall, affiliated subjects were more likely to depart and travel together. Discussion: The group departures in Guinea baboons differed strikingly from the elaborate ‘negotiation’ behaviors among male hamadryas baboons, Papio hamadryas. We did not observe that specific individuals dominated the group coordination. Neither social organization, variation in despotism, nor resource distribution alone explain variation between species. Future studies should test whether specific combinations of factors promote the occurrence of negotiation processes.