Abstract Guangxi chickens play an important role in promoting the high-quality development of the broiler industry in China, but their value and potential are yet to be discovered. To determine the genetic diversity and population structure of Guangxi indigenous chicken, we analyzed the whole genomes of 185 chicken from 8 phenotypically and geographically representative Guangxi chicken breeds, together with 12 RJFt, 12 BRA and 12 WL genomes available from previous studies. Calculation of heterozygosity (Hp), nucleotide diversity (π), and LD level indicated that Guangxi populations were characterized by higher genetic diversity and lower differentiation than RJFt and commercial breeds except HGFC. Population structure analysis also confirmed the introgression from commercial broiler breeds. Each population clustered together while the overall differentiation was small, MA has the richest genetic diversity among all varieties. Selective sweep analysis revealed BCO2 , EDN3 and other candidate genes have received strong selection in local breeds, these also provided novel breeding visual and data basis for future breeding.

Abstract Selection signatures that contribute to phenotypic diversity, especially morphogenesis in pigs, remain to be further elucidated. To reveal the regulatory role of genetic variations in phenotypic differences between Eastern and Western pig breeds, we performed a systematic analysis based on seven high-quality de novo assembled genomes, 1,081 resequencing data representing 78 domestic breeds, 162 methylomes, and 162 transcriptomes of skeletal muscle from Tongcheng (Eastern) and Landrace (Western) pigs at 27 developmental stages. Selective sweep uncovers different genetic architectures behind divergent selection directions for the Eastern and Western breeds. Notably, two loci showed functional alterations by almost fixed missense mutations. By integrating time-course transcriptome and methylome, we revealed differences in developmental timing during myogenesis between Eastern and Western breeds. Genetic variants under artificial selection have critical regulatory effects on progression patterns of heterochronic genes like GHSR and BDH1 , by the interaction of local DNA methylation status, particularly during embryonic development. Altogether, our work not only provides valuable resources for understanding pig complex traits, but also contributes to human biomedical research.

Abstract Horses domestication revolutionized human civilization by changing transportation, farming, and warfare patterns. Despite extensive studies on modern domestic horse origins, the intricate demographic history and genetic signatures of pony size demand further exploration. Here, we present a high-quality genome of the Chinese Debao pony and extensively analyzed 385 individuals from 49 horse breeds. We reveal the conservation of ancient components in East Asian horses and close relationships between Asian horses and specific European pony lineages. Genetic analysis uncovers Asian paternal origin for European pony breeds, and these pony-sized horses share a close genetic affinity due to the presence of a potential ancestral ghost pony population. Additionally, we identify promising cis-regulatory elements influencing horse withers height by regulating genes like RFLNA and FOXO1 . Overall, our study provides insightful perspectives into the development history and genetic determinants underlying body size in ponies and offers broader implications for horse population management and improvement. Teaser Decoding pony genetics: exploring origins and size determinants sheds light on their historical and biological impacts.

The aim of the present study was to determine the binding mechanisms between zein and folic acid in an ethanol – water solution. Fluorescence spectroscopy demonstrated that folic acid quenched the fluorescence intensity of zein by both dynamic and static fluorescence quenching mechanisms, with static quenching playing a prominent role. The binding constants (Ka) of the zein-folic acid complex at 292, 302, and 312 K were evaluated to be 5.97 × 105, 3.00 × 105 and 1.54 × 105 L/mol, respectively. The process of folic acid binding zein was driven by ∆H0 = –51.24 kJ/mol, ∆S0 = –64.90 J/mol•K. Van der Waals forces and hydrogen bonding primarily governed the formation of the zein-folic acid complex. Confirmation of the complex formation was obtained via UV-visible absorption spectroscopy, Fourier transform infrared spectroscopy, and circular dichroism spectroscopy, which also revealed alterations in the secondary structure of zein upon binding to folic acid. Measurements of particle size and zeta potential demonstrated an enhancement in the stability of the complex system. Scanning electron microscopy and transmission electron microscopy showed the complex to possess a spherical morphology, with significant changes in the zein's morphology following its binding to folic acid. Additionally, zein increased the photostability of folic acid against UV light radiation. Molecular docking and molecular dynamics simulations were used to investigate the binding mechanisms involved further, and the results effectively elucidated the observed experimental phenomena. This research establishes a significant theoretical foundation for the utilization of zein as a system for delivering and safeguarding folic acid.