We present CRISPRware, an efficient method for generating guide RNA (gRNA) libraries against transcribed, translated, and noncoding regions. CRISPRware leverages next-generation sequencing data to design context-specific gRNAs and accounts for genetic variation, which allows allele-specific guide design on a genome-wide scale. The latter ability holds promise for the development of gene therapy in the context of gene dosing and dominant negative mutations.

Long noncoding RNAs (lncRNAs) make up the largest portion of RNA produced from the human genome, but only a small fraction have any ascribed functions. Although the role of protein-coding genes in macrophage biology has been studied extensively, our understanding of the role played by lncRNAs in this context is still in its early stages. There are over 20,000 lncRNAs in the human genome therefore, attempting to select a lncRNA to characterize functionally can be a challenge. Here we describe two approaches to identify and functionally characterize lncRNAs involved in monocyte-to-macrophage differentiation. The first involves the use of RNA-seq to infer possible functions and the second involves a high throughput functional screen. We examine the advantages and disadvantages of these methodologies and the pipelines for validation that assist in determining functional lncRNAs.

Summary Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2B1 (HNRNPA2B1) is a well known RNA binding protein but the mechanisms by which it contributes to innate immune gene regulation are poorly understood. Here we report that HNRNPA2B1 functions in macrophages to regulate IFNG (IFN-γ) signaling through alternative splicing of the IFNG receptor. Specific deletion of HNRNPA2B1 in macrophages resulted in altered cytokine responses in both an endotoxic shock model and following Salmonella infection. Interestingly, while HNRNPA2B1 can function as a viability gene, we observed increased macrophage and neutrophil numbers in the KO mice following LPS induced endotoxic shock. We also discovered that HNRNPA2B1 restricts replication of Salmonella enterica in vivo . Mechanistically, loss of HNRNPA2B1 resulted in an increase in NGO transcripts, which lack a start codon, of the IFNG receptor ( Ifngr ) leading to lower expression of the receptor at the cell surface impacting the downstream IFNG signaling cascade. Collectively, our data highlight an important role for HNRNPA2B1 in regulating IFNG signaling and restricting intracellular bacterial pathogens in macrophages.