BackgroundThe effects of pharmacological blood-pressure-lowering on cardiovascular outcomes in individuals aged 70 years and older, particularly when blood pressure is not substantially increased, is uncertain. We compared the effects of blood-pressure-lowering treatment on the risk of major cardiovascular events in groups of patients stratified by age and blood pressure at baseline.MethodsWe did a meta-analysis using individual participant-level data from randomised controlled trials of pharmacological blood-pressure-lowering versus placebo or other classes of blood-pressure-lowering medications, or between more versus less intensive treatment strategies, which had at least 1000 persons-years of follow-up in each treatment group. Participants with previous history of heart failure were excluded. Data were obtained from the Blood Pressure Lowering Treatment Triallists' Collaboration. We pooled the data and categorised participants into baseline age groups (<55 years, 55–64 years, 65–74 years, 75–84 years, and ≥85 years) and blood pressure categories (in 10 mm Hg increments from <120 mm Hg to ≥170 mm Hg systolic blood pressure and from <70 mm Hg to ≥110 mm Hg diastolic). We used a fixed effects one-stage approach and applied Cox proportional hazard models, stratified by trial, to analyse the data. The primary outcome was defined as either a composite of fatal or non-fatal stroke, fatal or non-fatal myocardial infarction or ischaemic heart disease, or heart failure causing death or requiring hospital admission.FindingsWe included data from 358 707 participants from 51 randomised clinical trials. The age of participants at randomisation ranged from 21 years to 105 years (median 65 years [IQR 59–75]), with 42 960 (12·0%) participants younger than 55 years, 128 437 (35·8%) aged 55–64 years, 128 506 (35·8%) 65–74 years, 54 016 (15·1%) 75–84 years, and 4788 (1·3%) 85 years and older. The hazard ratios for the risk of major cardiovascular events per 5 mm Hg reduction in systolic blood pressure for each age group were 0·82 (95% CI 0·76–0·88) in individuals younger than 55 years, 0·91 (0·88–0·95) in those aged 55–64 years, 0·91 (0·88–0·95) in those aged 65–74 years, 0·91 (0·87–0·96) in those aged 75–84 years, and 0·99 (0·87–1·12) in those aged 85 years and older (adjusted pinteraction=0·050). Similar patterns of proportional risk reductions were observed for a 3 mm Hg reduction in diastolic blood pressure. Absolute risk reductions for major cardiovascular events varied by age and were larger in older groups (adjusted pinteraction=0·024). We did not find evidence for any clinically meaningful heterogeneity of relative treatment effects across different baseline blood pressure categories in any age group.InterpretationPharmacological blood pressure reduction is effective into old age, with no evidence that relative risk reductions for prevention of major cardiovascular events vary by systolic or diastolic blood pressure levels at randomisation, down to less than 120/70 mm Hg. Pharmacological blood pressure reduction should, therefore, be considered an important treatment option regardless of age, with the removal of age-related blood-pressure thresholds from international guidelines.FundingBritish Heart Foundation, National Institute of Health Research Oxford Biomedical Research Centre, Oxford Martin School.

ABSTRACT The polymerase of the influenza virus is part of the key machinery necessary for viral replication. However, the avian influenza virus polymerase is restricted in mammalian cells. The cellular protein ANP32A has been recently found to interact with viral polymerase, and to both influence polymerase activity and interspecies restriction. Here we report that either ANP32A or ANP32B is indispensable for influenza A virus RNA replication. The contribution of ANP32B is equal to that of ANP32A, and together they play a fundamental role in the activity of mammalian influenza A virus polymerase, while neither human ANP32A nor ANP32B support the activity of avian viral polymerase. Interestingly, we found that avian ANP32B was naturally inactive, leaving ANP32A alone to support viral replication. Two amino acid mutations at sites 129-130 in chicken ANP32B lead to the loss of support of viral replication and weak interaction with the viral polymerase complex, and these amino acids are also crucial in the maintenance of viral polymerase activity in other ANP32 proteins. Our findings strongly support ANP32A&B as key factors for both virus replication and adaption. IMPORTANCE The key host factors involved in the influenza A viral the polymerase activity and RNA replication remain largely unknown. Here we provide evidence that ANP32A and ANP32B from different species are powerful factors in the maintenance of viral polymerase activity. Human ANP32A and ANP32B contribute equally to support human influenza virus RNA replication. However, unlike avian ANP32A, the avian ANP32B is evolutionarily non-functional in supporting viral replication because of a 129-130 site mutation. The 129-130 site plays an important role in ANP32A/B and viral polymerase interaction, therefore determine viral replication, suggesting a novel interface as a potential target for the development of anti-influenza strategies.

Abstract CARM1 is a cancer-relevant protein arginine methyltransferase that regulates many aspects of transcription. Its pharmacological inhibition is a promising anti-cancer strategy. Here SKI-73 is presented as a CARM1 chemical probe with pro-drug properties. SKI-73 can rapidly penetrate cell membranes and then be processed into active inhibitors, which are retained intracellularly with 10-fold enrichment for days. These compounds were characterized for their potency, selectivity, modes of action, and on-target engagement. SKI-73 recapitulates the effect of CARM1 knockout against breast cancer cell invasion. Single-cell RNA-seq analysis revealed that the SKI-73 -associated reduction of invasiveness act via altering epigenetic plasticity and suppressing the invasion-prone subpopulation. Interestingly, SKI-73 and CARM1 knockout alter the epigenetic plasticity with remarkable difference, arguing distinct modes of action between the small-molecule and genetic perturbation. We therefore discovered a CARM1-addiction mechanism of cancer metastasis and developed a chemical probe to target this process.

SUMMARY Species differences in the host factor ANP32A/B result in the restriction of avian influenza virus polymerase (vPol) in mammalian cells. Efficient replication of avian influenza viruses in mammalian cells often requires adaptive mutations, such as PB2-E627K, to enable the virus to utilize mammalian ANP32A/B. However, the molecular basis for the productive replication of avian influenza viruses without prior adaptation in mammals remain poorly understood. We show that influenza A virus protein NS2 help to overcome mammalian ANP32A/B-mediated restriction to avian vPol activity by promoting avian vRNP assembly and enhancing mammalian ANP32A/B-vRNP interactions. A conserved SUMO interaction motif (SIM) in NS2 is required for its avian polymerase-enhancing properties. We also demonstrate that disrupting SIM integrity in NS2 impairs avian influenza virus replication and pathogenicity in mammalian hosts, but not in avian hosts. Our results identify NS2 as a cofactor in the adaptation process of avian influenza viruses to mammals.

Abstract Motivation Gradient boosting decision tree (GBDT) is a powerful ensemble machine learning method that has the potential to accelerate biomarker discovery from high-dimensional molecular data. Recent algorithmic advances, such as Extreme Gradient Boosting (XGB) and Light Gradient Boosting (LGB), have rendered the GBDT training more efficient, scalable and accurate. These modern techniques, however, have not yet been widely adopted in biomarkers discovery based on patient survival data, which are key clinical outcomes or endpoints in cancer studies. Results In this paper, we present a new R package Xsurv as an integrated solution which applies two modern GBDT training framework namely, XGB and LGB, for the modeling of censored survival outcomes. Based on a comprehensive set of simulations, we benchmark the new approaches against traditional methods including the stepwise Cox regression model and the original gradient boosting function implemented in the package gbm . We also demonstrate the application of Xsurv in analyzing a melanoma methylation dataset. Together, these results suggest that Xsurv is a useful and computationally viable tool for screening a large number of prognostic candidate biomarkers, which may facilitate cancer translational and clinical research. Availability Xsurv is freely available as an R package at: https://github.com/topycyao/Xsurv Contact xuefeng.wang@moffitt.org Supplementary information Supplementary data are available at Bioinformatics online.

Expression quantitative trait loci (eQTLs) identified using tumor gene expression data could affect gene expression in cancer cells, tumor-associated normal cells, or both. Here, we demonstrate a method to identify eQTLs affecting expression in cancer cells by modeling the statistical interaction between genotype and tumor purity. Only one-third of breast cancer risk variants, identified as eQTLs from a conventional analysis, could be confidently attributed to cancer cells. The remaining variants could affect cells of the tumor microenvironment, such as immune cells and fibroblasts. Deconvolution of tumor eQTLs will help determine how inherited polymorphisms influence cancer risk, development, and treatment response.

Abstract Precision medicine in cancer treatment depends on deciphering tumor phenotypes to reveal the underlying biological processes. Molecular profiles, including transcriptomics, provide an information-rich tumor view, but their high-dimensional features and assay costs can be prohibitive for clinical translation at scale. Recent studies have suggested jointly leveraging histology and genomics as a strategy for developing practical clinical biomarkers. Here, we use machine learning techniques to identify de novo latent transcriptional processes in squamous cell carcinomas (SCCs) and to accurately predict their activity levels directly from tumor histology images. In contrast to analyses focusing on pre-specified, individual genes or sample groups, our latent space analysis reveals sets of genes associated with both histologically detectable features and clinically relevant processes, including immune response, collagen remodeling, and fibrosis. The results demonstrate an approach for discovering clinically interpretable histological features that indicate complex, potentially treatment-informing biological processes.

Cellular plasticity is a hallmark of pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) starting from the conversion of normal cells to precancerous lesions to the progression of carcinoma subtypes associated with aggressiveness and therapeutic response. We found that normal acinar cell differentiation, maintained by the transcription factor Pdx1, suppresses a broad gastric cell identity that is maintained in metaplasia, neoplasia, and the classical subtype of PDAC. We have identified the receptor tyrosine kinase Ror2 as marker of a gastric metaplasia (SPEM)-like identity. Ablation of Ror2 in a mouse model of pancreatic tumorigenesis promoted a switch to a gastric pit cell identity that was largely persistent upon progression to carcinoma. In both human and mouse pancreatic cancer, ROR2 activity continued to antagonize the gastric pit cell identity, strongly promoting an epithelial mesenchymal transition, conferring resistance to KRAS inhibition, and vulnerability to AKT inhibition.

The nuclear export receptor CRM1 is an important regulator involved in the shuttling of various cellular and viral RNAs between the nucleus and the cytoplasm. HIV-1 Rev interacts with CRM1 in the late phase of HIV-1 replication to promote nuclear export of unspliced and single spliced HIV-1 transcripts. However, other cellular factors that are involved in the CRM1-dependent viral RNA nuclear export remain largely unknown. Here, we identified that ANP32A and ANP32B mediate the export of unspliced or partially spliced viral mRNA via interacting with Rev and CRM1. We found that double, but not single, knockout of ANP32A and ANP32B, significantly decreased the expression of gag protein. Reconstitution of either ANP32A or ANP32B restored the viral production equally. Disruption of both ANP32A and ANP32B expression led to a dramatic accumulation of unspliced viral mRNA in the nucleus. We further identified that ANP32A and ANP32B interact with both Rev and CRM1 to promote RNA transport. Our data strongly suggest that ANP32A and ANP32B play important role in the Rev-CRM1 pathway, which is essential for HIV-1 replication, and our findings provide a candidate therapeutic target for host defense against retroviral infection.