Crick Lund and colleagues describe their plans for the PRogramme for Improving Mental health carE (PRIME), which aims to generate evidence on implementing and scaling up integrated packages of care for priority mental disorders in primary and maternal health care contexts in Ethiopia, India, Nepal, South Africa, and Uganda.

Abstract Background Genetic studies of biomedical phenotypes in underrepresented populations identify disproportionate numbers of novel associations. However, current genomics infrastructure--including most genotyping arrays and sequenced reference panels--best serves populations of European descent. A critical step for facilitating genetic studies in underrepresented populations is to ensure that genetic technologies accurately capture variation in all populations. Here, we quantify the accuracy of low-coverage sequencing in diverse African populations. Results We sequenced the whole genomes of 91 individuals to high-coverage (≥20X) from the Neuropsychiatric Genetics of African Population-Psychosis (NeuroGAP-Psychosis) study, in which participants were recruited from Ethiopia, Kenya, South Africa, and Uganda. We empirically tested two data generation strategies, GWAS arrays versus low-coverage sequencing, by calculating the concordance of imputed variants from these technologies with those from deep whole genome sequencing data. We show that low-coverage sequencing at a depth of ≥4X captures variants of all frequencies more accurately than all commonly used GWAS arrays investigated and at a comparable cost. Lower depths of sequencing (0.5-1X) performed comparable to commonly used low-density GWAS arrays. Low-coverage sequencing is also sensitive to novel variation, with 4X sequencing detecting 45% of singletons and 95% of common variants identified in high-coverage African whole genomes. Conclusion These results indicate that low-coverage sequencing approaches surmount the problems induced by the ascertainment of common genotyping arrays, including those that capture variation most common in Europeans and Africans. Low-coverage sequencing effectively identifies novel variation (particularly in underrepresented populations), and presents opportunities to enhance variant discovery at a similar cost to traditional approaches.

Abstract Altered functioning of the hypothalamic-pituitary-adrenal (HPA) axis has been demonstrated in patients with treatment-resistant depression, although studies have often conflated patients with unipolar and bipolar depression. This is problematic given that the two groups often present with opposed neurovegetative symptom patterns. The aim of this study was to test, for the first time, whether post-awakening cortisol, a highly reliable, naturalistic measure of HPA functioning, could distinguish patients with clearly defined treatment-resistant unipolar (TRUD) and bipolar depression (TRBD). A total of 37 patients with TRUD, 17 patients with TRBD, and 47 healthy controls were recruited. Areas under the curve (AUC) with respect to the ground (g) and increase (i) of post-awakening cortisol concentrations (awakening, +15, +30, +45, +60, +90 min) were measured over two days. Patients with TRUD had higher total cortisol production in the morning hours compared to controls (AUCg, p = 0.01), while they did not differ in terms of the awakening response (AUCi, p = 0.28). By contrast, subjects with TRBD had lower total cortisol when compared to controls by trend (AUCg, p = 0.07), while they did not differ in the awakening response (AUCi, p = 0.15). A direct comparison of TRUD and TRBD revealed differences in the AUCg ( p = 0.003) and AUCi ( p = 0.03). This finding of comparatively elevated HPA axis activity in the morning in TRUD and attenuated HPA axis activity in TRBD attests to a fundamental biological distinction between unipolar and bipolar depression. It has implications for the understanding and treatment of bipolar depression and in differentiating the two types of depression.

Summary African populations are the most diverse in the world yet are sorely underrepresented in medical genetics research. Here, we examine the structure of African populations using genetic and comprehensive multigenerational ethnolinguistic data from the Neuropsychiatric Genetics of African Populations-Psychosis study (NeuroGAP-Psychosis) consisting of 900 individuals from Ethiopia, Kenya, South Africa, and Uganda. We find that self-reported language classifications meaningfully tag underlying genetic variation that would be missed with consideration of geography alone, highlighting the importance of culture in shaping genetic diversity. Leveraging our uniquely rich multi-generational ethnolinguistic metadata, we track language transmission through the pedigree, observing the disappearance of several languages in our cohort as well as notable shifts in frequency over three generations. We find suggestive evidence for the rate of language transmission in matrilineal groups having been higher than that for patrilineal ones. We highlight both the diversity of variation within the African continent, as well as how within-Africa variation can be informative for broader variant interpretation; many variants appearing rare elsewhere are common in parts of Africa. The work presented here improves the understanding of the spectrum of genetic variation in African populations and highlights the enormous and complex genetic and ethnolinguistic diversity within Africa.

Abstract Background The Ethiopian Primary Healthcare Clinical Guidelines (EPHCG) seek to improve quality of primary health care, while also expanding access to care for people with Non-Communicable Diseases and Mental Health Conditions (NCDs/MHCs). The aim of this study was to identify barriers and enablers to implementation of the EPHCG with a particular focus on NCDs/MHCs. Methods A mixed-methods convergent-parallel design was employed after EPHCG implementation in 18 health facilities in southern Ethiopia. Semi-structured interviews were conducted with 10 primary healthcare clinicians and one healthcare administrator. Organisational Readiness for Implementing Change (ORIC) questionnaire was self-completed by 124 health workers and analysed using Kruskal Wallis ranked test to investigate median score differences. Qualitative data were mapped to the Consolidated Framework for Implementation Science (CFIR) and the Theoretical Domains Framework (TDF). Expert Recommendations for Implementing Change (ERIC) were employed to select implementation strategies to address barriers. Results Four domains were identified: EPHCG training and implementation, awareness and meeting patient needs (demand side), resource constraints/barriers (supply side) and care pathway bottlenecks. The innovative facility-based training to implement EPHCG had a mixed response, especially in busy facilities where teams reported struggling to find protected time to meet. Key barriers to implementation of EPHCG were non-availability of resources (CFIR inner setting), such as laboratory reagents and medications that undermined efforts to follow guideline-based care, the way care was structured and lack of familiarity with providing care for people with NCDs-MHCs. Substantial barriers arose because of socio-economic problems that were interlinked with health but not addressable within the health system (CFIR outer setting). Other factors influencing effective implementation of EPHCG (TDF) included low population awareness about NCDs/MHCs and unaffordable diagnostic and treatment services (TDF). Implementation strategies were identified. ORIC findings indicated high scores of organisational readiness to implement the desired change with likely social desirability bias. Conclusion Although perceived as necessary, practical implementation of EPHCG was constrained by challenges across domains of internal/external determinants. This was especially marked in relation to expansion of care responsibilities to include NCDs/MHCs. Attention to social determinants of health outcomes, community engagement and awareness-raising are needed to maximize population impact.

Background Ethiopia is a traditional country with a pluralistic health care system where people use the traditional health care systems in combination with the modern health care. In view of this, we assessed the profile of faith and traditional healers and their experience in treating people with mental illness in rural district Ethiopia so that inform the health minister to consider working towards integration with modern biomedical care to improve access. . Methods We conducted a descriptive cross-sectional study among 173 traditional healers in Sodo district of Ethiopia. Data were collected through face-to-face interviews by trained enumerators using pretested structured questionnaires and analyzed using SPSS version 20. Result The median age of traditional and faith based healers was 55 (IQR= 48.5, 67 years), about a third (29.5%) of them were female and 54(31.2%) earned their living exclusively from traditional healing practice. Eighty six (48.6%) healers didn't attend formal education. Four types of healers were identified- herbalists accounted for 59% (n=102), faith healers were 36 (20.8%) mixed herbal and faith practitioners were 19(11.0%) and 16 (9.2%) were diviners. Most, 119(69%) had been practicing for an average of 15 years. Half of healers entered into the healing practice due to family kinship, whereas 26(15%) because of ancestral spirit. Seventy one (41%) of the healers reported that they have ever treated patients with mental illness in their lifetime. Sixty three(36.4%) reported that they had treated mental illness within the past one year, of which 30(47%) treat only mental illness while 33(52%) treat both mental and physical illnesses. All faith healers and divine healers reported treating mental illness while 11(57.9%) of mixed healers, and no herbalists reported treating mental illness. Only 58(33.5%) believed that mental illness can be cured completely. Conclusion Significant proportion of traditional healers manages mental illness and remains an important part of the healthcare system in the rural setting of Ethiopia. Herbalists believed that biomedical treatments are preferable for mental illnesses, while faith healers and diviners believed traditional practices alone or in combination with biomedical practices is the treatment of choice.

Abstract Background Adolescents living with Human Immunodeficiency Virus (HIV) have an increased risk of depression, negatively affecting their adherence to antiretroviral therapy (ART) and treatment outcomes. Integrating mental health care in HIV care and treatment settings improves comprehensive care. However, integration remains challenging in Tanzania, like in other high-burden and low-resource settings. The overall objective of this work is to inform the development of a psychological intervention for depression in adolescents living with HIV (ALWHIV). We describe perceived barriers and opportunities for implementing an integrated, evidence-based psychological intervention to manage adolescent depression in HIV care and treatment centers (HIV-CTC) from the perspectives of adolescents, caregivers, and healthcare providers (HCPs) in Dar es Salaam, Tanzania. Methods To inform intervention development and implementation, this study utilized a qualitative design through a phenomenological approach informed by the Consolidated Framework for Implementation Research (CFIR) to explore implementation barriers and facilitators in ALWHIV, HCPs, and caregivers. Forty-five in-depth interviews were conducted in three HIV-CTCs in Kinondoni Dar es Salaam. Audio records were transcribed verbatim and analyzed deductively through NVIVO software. Results Barriers to implementing an integrated psychological intervention to address depression in ALWHIV included (A) poor mental health awareness among caregivers, adolescents, HCPs, and policy-makers, (B) high level of stigma against mental health care, (C) poor communication between adolescents and HCPs concerning mental health care, (D) lack of contextualized intervention of proven effectiveness and guidelines of mental health care, and (E) inadequate mental health care supportive supervision and mentorship. Facilitators for implementation included supportive infrastructure, positive pressure from HIV implementing partners, tension for change, and participant’s perception of the advantage of a psychological intervention as compared to just usual HIV care and treatment counseling. Conclusion Despite several modifiable barriers to implementing a psychological intervention in HIV CTC, there were encouraging facilitators and opportunities for implementing an integrated, evidence-based psychological intervention to address depression in ALWHIV in Kinondoni Dar es Salaam, Tanzania.