T cells are important for effective viral clearance, elimination of virus-infected cells and long-term disease protection. To examine the full-spectrum of CD8

Summary To understand the CD8 + T cell immunity related to viral protection and disease severity in COVID-19, we evaluated the complete SARS-CoV-2 genome (3141 MHC-I binding peptides) to identify immunogenic T cell epitopes, and determine the level of CD8 + T cell involvement using DNA-barcoded peptide-major histocompatibility complex (pMHC) multimers. COVID-19 patients showed strong T cell responses, with up to 25% of all CD8 + lymphocytes specific to SARS-CoV-2-derived immunodominant epitopes, derived from ORF1 (open reading frame 1), ORF3, and Nucleocapsid (N) protein. A strong signature of T cell activation was observed in COVID-19 patients, while no T cell activation was seen in the ‘non-exposed’ and ‘high exposure risk’ healthy donors. Interestingly, patients with severe disease displayed the largest T cell populations with a strong activation profile. These results will have important implications for understanding the T cell immunity to SARS-CoV-2 infection, and how T cell immunity might influence disease development.

Abstract Patients with hematological malignancies are prioritized for COVID-19 vaccine due to their high risk for severe SARS-CoV-2 infection related disease and mortality. To understand T cell immunity, its long-term persistence, and correlation with antibody response, we evaluated the BNT162b2 COVID-19 mRNA vaccine-specific immune response in chronic lymphocytic leukemia (CLL) and myeloid dysplastic syndrome (MDS) patients. Longitudinal analysis of CD8 + T cells using DNA-barcoded peptide-MHC multimers covering the full SARS-CoV-2 Spike-protein (415 peptides) showed vaccine-specific T cell activation and persistence of memory T cells up to six months post-vaccination. Surprisingly, a higher frequency of vaccine-induced antigen-specific CD8 + T cell was observed in the patient group compared to a healthy donor group. Furthermore, and importantly, immunization with the second booster dose significantly increased the frequency of antigen-specific CD8 + T cells as well as the total number of T cell specificities. Altogether 59 BNT162b2 vaccine-derived immunogenic epitopes were identified, of which 23 established long-term CD8 + T cell memory response with a strong immunodominance for NYNYLYRLF (HLA-A24:02) and YLQPRTFLL (HLA-A02:01) epitopes. In summary, we mapped the vaccine-induced antigen-specific CD8 + T cells and showed a booster-specific activation and enrichment of memory T cells that could be important for long-term disease protection in this patient group. Key Points COVID-19 mRNA vaccine induced an early and persistent activation of antigen-specific CD8 + T cells in this patient group. Vaccination with a booster dose is required to maintain vaccine-specific CD8 + T cells.