YH
Yujia Hu
Author with expertise in Evolution of Social Behavior in Primates
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
3
(67% Open Access)
Cited by:
8
h-index:
10
/
i10-index:
10
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
5

LabGym: quantification of user-defined animal behaviors using learning-based holistic assessment

Yujia Hu et al.Feb 18, 2022
ABSTRACT Quantifying animal behavior is important for many branches of biological research. Current computational tools for behavioral quantification typically rely on a few pre-defined, simplified features to identify a behavior. However, such an approach restricts the information used and the tool’s applicability to a limited range of behavior types or species. Here we report a new tool, LabGym , for quantifying animal behaviors without such limitations. Combining a novel approach for effective evaluation of animal motion with customizable convolutional recurrent networks for capturing spatiotemporal details, LabGym provides holistic behavioral assessment and accurately identify user-defined animal behaviors without restrictions on behavior types or animal species. It then provides quantitative measurements of each behavior, which quantify the behavior intensity and the body kinematics during the behavior. LabGym requires neither any intermediate step for processing features that causes information loss nor programming knowledge from users for post-hoc analysis. It tracks multiple animals simultaneously in various experimental settings for high-throughput and versatile analysis. It also provides users a way to generate visualizable behavioral datasets that are valuable resources for the research community. We demonstrate its efficacy in capturing subtle behavioral changes in animals ranging from soft-bodied invertebrates to mammals.
0

isoTarget: a genetic method for analyzing the functional diversity of splicing isoformsin vivo

Hao Liu et al.May 2, 2020
SUMMARY Protein isoforms generated by alternative splicing contribute to proteome diversity. Due to the lack of effective techniques, isoform-specific functions, expression, localization, and signaling mechanisms of endogenous proteins in vivo are unknown for most genes. Here we report a genetic method, termed isoTarget , for blocking the expression of a targeted isoform without affecting the other isoforms and for conditional tagging the targeted isoform for multi-level analyses in select cells. Applying isoTarget to two mutually exclusive isoforms of Drosophila Dscam, Dscam[TM1] and [TM2], we found that endogenous Dscam[TM1] is localized in dendrites while Dscam[TM2] is in both dendrites and axons. We demonstrate that the difference in subcellular localization between Dscam[TM1] and [TM2], rather than any difference in biochemical properties, leads to the two isoforms’ differential contributions to dendrite and axon development. Moreover, with isoTarget , we discovered that the subcellular enrichment of functional partners results in a DLK/Wallenda-Dscam[TM2]-Dock signaling cascade specifically in axons. isoTarget is an effective technique for studying how alternative splicing enhances proteome complexity.
0
Citation1
0
Save