Abstract The Japanese archipelago is a terminal location for human migration, and the contemporary Japanese people represent a unique population whose genomic diversity has been shaped by multiple migrations from Eurasia. Through high-coverage whole-genome sequencing (WGS) analysis of 9,850 samples from the National Center Biobank Network, we analyzed the genomic characteristics that define the genetic makeup of the modern Japanese population from a population genetics perspective. The dataset comprised populations from the Ryukyu Islands and other parts of the Japanese archipelago (Hondo). Low frequency detrimental or pathogenic variants were found in these populations. The Hondo population underwent two episodes of population decline during the Jomon period, corresponding to the Late Neolithic, and the Edo period, corresponding to the Early Modern era, while the Ryukyu population experienced a population decline during the shell midden period of the Late Neolithic in this region. Genes related to alcohol and lipid metabolism were affected by positive natural selection. Two genes related to alcohol metabolism were found to be 12,500 years out of phase with the time when they began to be affected by positive natural selection; this finding indicates that the genomic diversity of Japanese people has been shaped by events closely related to agriculture and food production. Author summary The human population in the Japanese archipelago exhibits significant genetic diversity, with the Ryukyu Islands and other parts of the archipelago (Hondo) having undergone distinct evolutionary paths that have contributed to the genetic divergence of the populations in each region. In this study, whole genome sequencing of healthy individuals from national research hospital biobanks was utilized to investigate the genetic diversity of the Japanese population. Haplotypes were inferred from the genomic data, and a thorough population genetic analysis was conducted. The results indicated not only genetic differentiation between Hondo and the Ryukyu Islands, but also marked differences in past population size. In addition, gene genealogies were inferred from the haplotypes, and the patterns were scrutinized for evidence of natural selection. This analysis revealed unique traces of natural selection in East Asian populations, many of which were believed to be linked to dietary changes brought about by agriculture and food production.

Abstract Hepatitis B Virus (HBV) is a stealth virus that exhibits only minimal induction of the interferon system that is required for both innate and adaptive immune responses. However, 90% of acutely infected adults can clear the virus, suggesting the presence of additional mechanisms that facilitate viral clearance. Herein, we report that Maf bZIP transcription factor F (MafF) promotes host defense against infection with HBV. Using siRNA library and an HBV/NL reporter virus, we screened to identify anti-HBV host factors. Our data showed that silencing of MafF led to a 6-fold increase in luciferase activity after HBV/NL infection. Overexpression of MafF reduced HBV core promoter transcriptional activity, which was relieved upon mutating the putative MafF binding region. Loss of MafF expression by CRISPR/CAS9 (in HepG2-hNTCP-C4 cells) or siRNA silencing (in primary hepatocytes [PXB]), induced HBV core and HBV pregenomic RNA (pgRNA) levels, respectively, after HBV infection. MafF physically binds to HBV core promoter and competitively inhibits HNF-4α binding to an overlapping sequence in HBV enhancer II sequence (EnhII) as seen by ChIP analysis. MafF expression was induced by IL-1β/TNF-α treatment in both HepG2 and PXB cells, in an NF-κB-dependent manner. Consistently, MafF expression levels were significantly enhanced and positively correlated with the levels of these cytokines in patients with chronic HBV infection, especially in the immune clearance phase. Importance HBV is a leading cause of chronic liver diseases, infecting about 250 million people worldwide. HBV has developed strategies to escape interferon-dependent innate immune responses. Hence, the identification of other anti-HBV mechanisms is important for understanding HBV pathogenesis, and developing anti-HBV strategies. MafF was shown to suppress transcription from HBV core promoter, leading to a significant suppression of HBV life cycle. Furthermore, MafF expression was induced in chronic HBV patients and in primary human hepatocytes (PXB). This induction correlated with the levels of inflammatory cytokines (IL-1β and TNF-α). These data suggest that the induction of MafF contributes to the host’s antiviral defense by suppressing transcription from selected viral promoters. Our data shed light on a novel role for MafF as anti-HBV host restriction factor.

Abstract Intracellular transport via microtubule-based dynein and kinesin family motors plays a key role in viral reproduction and transmission. We show here that Kinesin Family Member 4 (KIF4) plays an important role in HBV/HDV infection. We intended to explore host factors impacting the HBV life cycle that can be therapeutically addressed using siRNA library transfection and HBV/NLuc (HBV/NL) reporter virus infection in HepG2-hNTCP C4 cells. KIF4 silencing resulted in a 3-fold reduction in luciferase activity following HBV/NL infection and suppressed both wild-type HBV and HDV infection. Transient KIF4 depletion reduced surface and raised intracellular NTCP (HBV/HDV entry receptor) levels, according to both cellular fractionation and immunofluorescence analysis (IF). Overexpression of wild-type KIF4 but not ATPase-null KIF4 regains the surface localization of NTCP in these cells. Furthermore, immunofluorescence (IF) revealed KIF4 and NTCP colocalization across microtubule filaments, and a co-immunoprecipitation study showed that KIF4 physically binds to NTCP. KIF4 expression is regulated by FOXM1. Interestingly, we discovered that RXR agonists (Bexarotene, and Alitretinoin) down-regulated KIF4 expression via FOXM1-mediated suppression, resulting in a substantial decrease in HBV-Pre-S1 protein attachment to HepG2-hNTCP cell surface and subsequent suppression of HBV infection in HepG2-hNTCP and primary human hepatocytes (PXB) (Bexarotene, IC 50 1.89 ± 0.98 μM). Overall, our findings show that human KIF4 is a critical regulator of NTCP surface transport and localization, which is required for NTCP to function as a receptor for HBV/HDV entry. Furthermore, small molecules that suppress or alleviate KIF4 expression would be potential antiviral candidates that target HBV and HDV entry phases. Author Summary Understanding HBV/HDV entry machinery and the mechanism by which NTCP (HBV/HDV entry receptor) surface expression is regulated is crucial to develop antiviral entry inhibitors. We found that NTCP surface transport is mainly controlled by the motor kinesin KIF4. Surprisingly, KIF4 was negatively regulated by RXR receptors through FOXM1-mediated suppression This study not only mechanistically correlated the role of RXR receptors in regulating HBV/HDV entry but also suggested a novel approach to develop therapeutic rexinoids for preventing HBV and/or HDV infections in important clinical situations, such as in patients undergoing liver transplantation or those who are at a high risk of HBV infection and unresponsive to HBV vaccination.

It is crucial to pinpoint the metabolites that cause Crohn's disease (CD) and ulcerative colitis (UC) to comprehend their pathogenesis and identify possible targets for therapy. To achieve this goal, we performed the first metabolome-wide Mendelian randomization (MR) study of Japanese patients with CD and UC.

Abstract A transfusion‐transmitted hepatitis B virus (HBV) infection caused by blood only positive for anti‐hepatitis B surface antigen (anti‐HBs) was reported. Occult HBV infection (OBI) with sole anti‐HBs among blood donors is an issue. The incidence of HBV infection among repeat blood donors was investigated with a detailed HBV infection phase, focusing on the influence of anti‐HBs level. This study followed 3 435 653 donors for HBV DNA conversion over 4 years and 9 months. Infection phase was determined based on marker changes over DNA conversion. This study identified 115 hepatitis B surface antigen (HBsAg) conversions, 72 DNA‐only conversions, and 15 DNA plus anti‐hepatitis B core (anti‐HBc) conversions among donors all negative for HBV DNA, HBsAg, and anti‐HBc. Total incidence was 2.38/100 000 person‐years (PY). None of these 202 new HBV infections arose in the group with anti‐HBs titer ≥ 10 mIU/mL. In total, 30 anti‐HBc‐negative OBIs were identified (incidence; 0.35/100 000 PY); 7 showed typical secondary anti‐HBs response, and 23 showed stable anti‐HBc and anti‐HBs levels at DNA conversion. The HBV infection‐protective ability of anti‐HBs ≥ 10 mIU/mL was reinforced. In addition to new infections, the blood donor population includes anti‐HBc‐positive‐ and negative OBI with immune reactions or abortive HBV infection.