Abstract The Japanese archipelago is a terminal location for human migration, and the contemporary Japanese people represent a unique population whose genomic diversity has been shaped by multiple migrations from Eurasia. Through high-coverage whole-genome sequencing (WGS) analysis of 9,850 samples from the National Center Biobank Network, we analyzed the genomic characteristics that define the genetic makeup of the modern Japanese population from a population genetics perspective. The dataset comprised populations from the Ryukyu Islands and other parts of the Japanese archipelago (Hondo). Low frequency detrimental or pathogenic variants were found in these populations. The Hondo population underwent two episodes of population decline during the Jomon period, corresponding to the Late Neolithic, and the Edo period, corresponding to the Early Modern era, while the Ryukyu population experienced a population decline during the shell midden period of the Late Neolithic in this region. Genes related to alcohol and lipid metabolism were affected by positive natural selection. Two genes related to alcohol metabolism were found to be 12,500 years out of phase with the time when they began to be affected by positive natural selection; this finding indicates that the genomic diversity of Japanese people has been shaped by events closely related to agriculture and food production. Author summary The human population in the Japanese archipelago exhibits significant genetic diversity, with the Ryukyu Islands and other parts of the archipelago (Hondo) having undergone distinct evolutionary paths that have contributed to the genetic divergence of the populations in each region. In this study, whole genome sequencing of healthy individuals from national research hospital biobanks was utilized to investigate the genetic diversity of the Japanese population. Haplotypes were inferred from the genomic data, and a thorough population genetic analysis was conducted. The results indicated not only genetic differentiation between Hondo and the Ryukyu Islands, but also marked differences in past population size. In addition, gene genealogies were inferred from the haplotypes, and the patterns were scrutinized for evidence of natural selection. This analysis revealed unique traces of natural selection in East Asian populations, many of which were believed to be linked to dietary changes brought about by agriculture and food production.

It is crucial to pinpoint the metabolites that cause Crohn's disease (CD) and ulcerative colitis (UC) to comprehend their pathogenesis and identify possible targets for therapy. To achieve this goal, we performed the first metabolome-wide Mendelian randomization (MR) study of Japanese patients with CD and UC.

Abstract This retrospective observational study aimed to investigate the difference in 4-year outcomes of ranibizumab or aflibercept therapy for macular neovascularization (MNV) with high myopia between pathologic myopia (PM) and non-PM. This study was conducted at Kyoto University Hospital and included consecutive treatment-naïve eyes with active myopic MNV, in which a single intravitreal ranibizumab or aflibercept injection was administered, followed by a pro re nata (PRN) regimen for 4 years. Based on the META-PM study classification, eyes were assigned to the non-PM and PM groups. This study analyzed 118 eyes of 118 patients (non-PM group, 19 eyes; PM group, 99 eyes). Baseline, 1-year, and 2-year best-corrected visual acuity (BCVA) were significantly better in the non-PM group ( P = 0.02, 0.01, and 0.02, respectively); however, the 3-year and 4-year BCVA were not. The 4-year BCVA course was similar in both groups. However, the total number of injections over 4 years was significantly higher in the non-PM than in the PM group (4.6 ± 2.6 vs. 2.9 ± 2.6, P = 0.001). Four-year BCVA significantly correlated only with baseline BCVA in both non-PM ( P = 0.047, β = 0.46) and PM groups ( P < 0.001, β = 0.59). In conclusion, over the 4-year observation period, the BCVA course after anti-VEGF therapy for myopic MNV was similar in the eyes with non-PM and those with PM; however, more additional injections in a PRN regimen were required in the eyes with non-PM compared to those with PM. Thus, more frequent and careful follow-up is required for the eyes with non-PM compared with those with PM to maintain long-term BCVA.