Background: The blockade of the androgen receptor (AR) pathway is an effective treatment for prostate cancer (PCa), but many patients progress to metastatic castration-resistant prostate cancer (mCRPC). Therapies for mCRPC include AR inhibitors (ARi), chemotherapy, PARP inhibitors, and radioligands. Checkpoint inhibitor activity is limited to a small subset of MSI-H mCRPC. AR signaling modulates CD8+ T cell function, but its impact on NK cell (NKc) cytotoxicity is unknown. We investigated the effect of ARi on NKc activation, cytokine secretion, expression of inhibitory receptor NKG2A, and killing of PCa cells in vitro. Methods: PCa cell lines (LNCaP, 22Rv1 [ARv7 mutation], DU145[AR-], PC3 [AR-]) were co-cultured with NK-92 cells and treated with ARi (enzalutamide [enza] and darolutamide [daro]) or in combination with anti-NKG2A antibody monalizumab. Immune cell-mediated tumor cell killing assays and multiplexed cytokine profiling were performed. NKc expression of NKG2A and PCa cells expression of HLA-E were investigated by flow cytometry. The AR-negative cell lines (PC3 and DU145) were stably transduced with a functional AR pathway to evaluate the modulation of HLA-E by AR. The activation status of peripheral blood NKc isolated from patients with PCa before and post-initiation of androgen deprivation therapy (ADT) was investigated by flow cytometry. Results: ARi significantly increased immune-mediated NK-92 cell killing of PCa cells independent of their sensitivity to androgen signaling. Cytokine analysis revealed that ARi-induced NKc activation is mediated by IFN-gamma and TRAIL, as confirmed by blocking antibodies. ARi increased NKG2A expression in NK cells. Immune killing of PCa cells was enhanced with the combination of ARi and monalizumab. ARi also increased the expression of HLA-E, the ligand of the inhibitory NKG2A receptor, on PCa cell lines. Using AR-negative cell lines (PC3 and DU145) and stable transduction of AR, we demonstrate that androgen signaling regulates HLA-E expression. HDAC inhibitors (vorinostat and panobinostat) did not alter the androgen-induced expression of HLA-E in PCa cells. Mirroring the results from NK-92 cells, ADT also activated peripheral blood NK cells isolated from patients with metastatic PCa. Conclusions: ARi activates NK cells through upregulating IFN-γ and TRAIL and promotes the killing of PCa cells. This enhanced cytotoxic killing of PCa cells is augmented by monalizumab. ARi upregulates PCa cell9s expression of HLA-E, suggesting a mechanism suppressing the innate immune response against PCa. These results support novel therapeutic strategies for PCa targeting NK activation with the combination of ARi and monalizumab.

Cellular senescence and the associated secretory phenotype (SASP) promote cancer in the aging population. During aging or upon chemotherapy exposure, cellular and molecular changes occur in non-cancerous cells and alter responses to cancer therapy, primarily via modifications in the tumor microenvironment (TME) and immune response. Targeting senescent cells through removal, modulation of the SASP, or cellular reprogramming represent promising therapeutic avenues for treating cancer. We elucidate an interplay between cancer cells, immune cells, and senescent fibroblasts and describe the impact of fibroblast senescence on tumor growth and response to cancer therapy. Cytokine profiling reveals dynamic changes in SASP production during etoposide-induced senescence in IMR90 fibroblasts. We show that SASP is partially regulated by p21 (WAF1; CDKN1A), leading to the downregulation of anti-tumorigenic cytokines and upregulation of pro-tumorigenic cytokines. Senescent fibroblasts promote bystander cancer cell growth via a p21-driven SASP. These results provide strategies to target the p21-driven SASP in the TME during cancer therapy. Treatment with TRAIL or TRAIL-inducing Dordaviprone (TIC10/ONC201) reduces cell viability of tumor cells co-cultured with senescent or proliferating fibroblasts and promotes immune-mediated tumor cell-killing in co-culture with senescent IMR90 fibroblasts. ONC201 combined with senolytic drugs (e.g., Navitoclax, Lamivudine) synergizes towards tumor suppression. These results indicate that senolytic therapies may be combined with cancer therapies to target senescence-associated changes in the TME including for modulation of the senescent cytokine landscape.

The Variant Call Format (VCF) file is providing a structured and comprehensive text file that contains essential information about variant positions in the genome, as well as other critical details, such as alleles, genotype calls, and quality scores. Due to its rich data and format, the VCF file has become an increasingly popular resource for researchers and clinicians alike, enabling them to interpret and understand genomic variation data. However, analyzing and visualizing these files poses significant challenges, demanding access to diverse resources and a robust set of features for in-depth exploration. We introduce Variant Graph Craft (VGC), a VCF file visualization and analysis tool offering a wide range of features for exploring genetic variations, including extraction of variant data, intuitive visualization of variants, and the provision of a graphical representation of samples, complete with genotype information. Furthermore, VGC seamlessly integrates with external resources to offer valuable insights into gene function and variant frequencies in sample data. VGC offers gene function and pathway information from Molecular Signatures Database (MSigDB) for GO terms, as well as KEGG, Biocarta, Pathway Interaction Database, and Reactome. Additionally, the tool also provides a dynamic link to gnomAD for variant information, and includes ClinVar data for pathogenic variant information. VGC operates locally, assuring users of data security and privacy by eliminating the need for cloud-based VCF uploads. It supports the Human Genome Assembly Hg37, ensuring compatibility with a wide range of data sets. With its versatility, VGC accommodates various approaches exploring genetic variation data, and can be tailored to the specific needs of the user by using optional phenotype input data. In conclusion, VGC is a useful resource for exploring genetic variation in a secure and user-friendly environment. With its user-tailored set of features, this tool enables researchers and clinicians to easily explore and understand genomic variation data in a comprehensive and accessible manner. From identifying specific genetic mutations to analyzing patterns of variation across the genome, the VCF file visualization and analysis tool is an essential tool for those working in the field of genomics. VGC is freely available at https://sites.brown.edu/gmilab/variantgraphcraft/

3005 Background: USP1 is a deubiquitinase that regulates DNA damage response pathways, such as Translesion Synthesis and Fanconi Anemia pathways. KSQi is a potent, selective small molecule inhibitor of USP1 with anti-proliferative activity in tumors with HRR mutations. The combination of KSQi and PARP inhibitors (PARPi) showed strong synergy in Ovarian and TNBC PDX models, supporting this clinical trial. Methods: This is a 2-part study: Part 1 dose escalation using a BOIN design explored safety, pharmacokinetics (PK), pharmacodynamics (PD) and preliminary anti-tumor activity of KSQi as SA (Arm 1) and in combination with OLA at 200 mg BID (Arm 2) or CARBO at AUC 4 (Arm 3) to determine the MTD and/or recommended dose for expansion (RDE). Part 2 will assess efficacy and safety of the combinations in expansion cohorts. Results: As of Jan 4, 2024, 64 pts (19m/45f; median age 63 y) received KSQi 100 - 1250 mg; Arm 1: 100 mg (3 pts), 150 (3), 200 (4), 300 (6), 450 (5), 650 (9), 900 (7) and 1250 (5); Arm 2: 200 (5), 450 (5) and 900 (5); Arm 3: 200 (3) and 450 (4). Median number of prior therapies was 5, 4 and 3 for Arm 1, 2 and 3, respectively. 29% had prior PARPi in Arm 1, 53% in Arm 2, and 71% in Arm 3. All pts in Arms 2 and 3 had tumors with deleterious HRR mutations. Most common treatment-emergent adverse events (TEAE) were anemia (36%), increased creatinine (33%) as SA, and anemia in combination with OLA (87%) and CARBO (71%). The most common G3+ TEAEs were hyponatremia (12%) as SA and anemia in combination with OLA (73%) and CARBO (29%). DLTs (n = 3) were G3 maculopapular rash at 1250 mg (Arm 1) and G3 WBC decrease at 200 mg, G3 anemia at 450 mg (Arm 2). 30% (19/64) of pts had an interruption in KSQi dosing and 1 (1.6%) discontinued treatment. PK AUC and Cmax increased almost dose-proportionally up to 650 mg. A preliminary review of OLA concentrations following co-administration with KSQi showed no significant impact of OLA at C2D1. Ubiquitinated PCNA induction was observed in paired tumor biopsies from pts receiving KSQi, supporting intra-tumoral USP1 inhibition. A RECIST PR was observed in a fallopian tube cancer pt lasting 7 weeks and SD in 9 pts treated with SA KSQi; best response in combination with OLA was SD in 6 pts and 2 SD with CARBO. Disease control rate at 16 weeks was 28% (Arm 1), 40% (Arm 2) and 29% (Arm 3). Conclusions: KSQi is a first-in-class USP1 inhibitor with an acceptable safety profile as SA and in combination. An MTD was not reached in any Arms. PD results support the mechanism of action of USP1 inhibition. The RDE will be determined in additional back-fill cohorts. Clinical trial information: NCT05240898 .

Abstract Inhibition of GSK-3 using small-molecule elraglusib has shown promising preclinical antitumor activity. Using in vitro systems, we found that elraglusib promotes immune cell-mediated tumor cell killing, enhances tumor cell pyroptosis, decreases tumor cell NF-κB-regulated survival protein expression, and increases immune cell effector molecule secretion. Using in vivo systems, we observed synergy between elraglusib and anti-PD-L1 in an immunocompetent murine model of colorectal cancer. Murine responders had more tumor-infiltrating T-cells, fewer tumor-infiltrating Tregs, lower tumorigenic circulating cytokine concentrations, and higher immunostimulatory circulating cytokine concentrations. To determine the clinical significance, we utilized human plasma samples from patients treated with elraglusib and correlated cytokine profiles with survival. Using paired tumor biopsies, we found that CD45+ tumor-infiltrating immune cells had lower expression of inhibitory immune checkpoints and higher expression of T-cell activation markers in post-elraglusib patient biopsies. These results introduce several immunomodulatory mechanisms of GSK-3 inhibition using elraglusib, providing a rationale for the clinical evaluation of elraglusib in combination with immunotherapy. Statement of significance Pharmacologic inhibition of GSK-3 using elraglusib sensitizes tumor cells, activates immune cells for increased anti-tumor immunity, and synergizes with anti-PD-L1 immune checkpoint blockade. These results introduce novel biomarkers for correlations with response to therapy which could provide significant clinical utility and suggest that elraglusib, and other GSK-3 inhibitors, should be evaluated in combination with immune checkpoint blockade.

Androgen receptor (AR) signaling plays a primary role in prostate cancer progression. Non-steroidal antiandrogens (NSAA) including enzalutamide, and apalutamide have been used to treat patients with advanced disease. However, patients with metastatic castration-resistant prostate cancer (mCPRC) develop resistance, resulting in limited overall survival benefit. Darolutamide is a novel next generation androgen receptor signaling inhibitor that is FDA approved for non-metastatic castration resistant prostate cancer (nmCRPC). Imipridone ONC201/TIC10 is first-in-class small molecule that activates the integrated stress response (ISR) and upregulates TNF related apoptosis-inducing ligand (TRAIL). Our study investigates ISR and AR signaling in anti-tumor efficacy with ONC201 and enzalutamide or darolutamide against mCRPC cells. mCRPC cell lines 22RV1, LNCaP, DU145 and PC3 were treated with ONC201, darolutamide, and enzalutamide as single agents or in combinations. Combinations of ONC201 and darolutamide or enzalutamide demonstrated synergistic effects in mCRPC cells. Combinations of ONC201 and darolutamide or enzalutamide reduced PSA levels in LNCaP cells and induced of ATF4 in both LNCaP and 22RV1 cell lines. Darolutamide synergized with ONC201 regardless of AR status or castration sensitivity in vitro. Flow cytometric analysis showed increased intra-tumoral NK cells in mice treated with ONC201 and combination of ONC201 and darolutamide. Trends of increased TRAIL activation within NK cells were also observed in treatment groups. ONC201 and darolutamide demonstrated anti-tumor effects in vivo in the 22RV1 CRPC model. Our results prompt further translational and clinical studies with imipridones ONC201 or ONC201 in combination with enzalutamide or darolutamide for treatment of castrate resistant advanced or metastatic prostate cancer.

2080 Background: MDM4/MDMX amplification ( MDM4 amp) is associated with poor outcomes, including after immune checkpoint blockade therapy, in multiple tumor types (El-Deiry et al., ASCO, 2022). Glioblastoma (GBM) displays the highest rate of MDM4 amp (9.63%) among all tumor types (Arnoff and El-Deiry, 2022). MDM4 located on chromosome 1q32 can be amplified separately from contactin 2 ( CNTN2) although they can be co-amplified among 17 genes with MDM4 as main amplification target (Riemenschneider et al., 2003). There are no FDA-approved drugs targeting MDMX although there are preclinical compounds such as XI-006 (NSC208895) that can reduce cell migration (George et al., AACR, 2023; De La Cruz, AACR, 2023). We recently uncovered immune-stimulatory effects of temozolomide (TMZ) within hours of drug exposure, prior to cell division and mutation accumulation in microsatellite stable colorectal cancer and HGG (Gonzalez et al., 2023). Here we explored MDM4 amp, co-expressed genes, MGMT, clinical outcomes and response to TMZ. Methods: HGG tested at Caris Life Sciences (Phoenix, AZ) with NextGen Sequencing on DNA and RNA (NGS) were analyzed. MDM4 amp was determined with a cutoff of >/= 4.0 copies. MGMT promoter methylation (me) was tested by pyrosequencing. Patient outcome was obtained from insurance claims data and calculated from start of TMZ (tmzOS) or tissue collection to last contact (rwOS). Cox proportional hazards model, X 2 /Fisher-Exact was used and p values were adjusted for multiple correction (q value) when appropriate. Results: In a large cohort of 3856 HGG wild-type for IDH1/2, H3F3A and TP53, 300 (8.4%) had MDM4 amp and showed a shorter OS compared to MDM4-not amplified tumors (median rwOS: 14.9 vs 17.3 mo, HR: 1.286; 95% CI: 1.12-1.48, p<0.001). The effect is significant after accounting for age and gender (adjusted p=0.016). MDM4 amp was associated with increased PIK3C2B (fold change: 6.7) and PPP1R15B (FC: 7.9, both q<0.01) expression among other candidates for co-targeting present on Chr 1q32.1; while no significant difference was seen with MGMT-me (p=0.3). Among patients with unmethylated MGMT treated with TMZ (N=1066), MDM4 amp (N=101) was associated with shorter tmzOS (14.3m vs. 15.9m, HR: 1.27, 1.01-1.59, p=0.038) while a trend was seen in the 926 methylated patients (MDM4 Amp: 69, not amplified: 857; tmzOS: 22 m vs. 27.7m, HR: 1.33; 0.95-1.85), p=0.092.). Conclusions: MDM4 amp is negatively associated with clinical outcomes in TP53-WT HGG. The MDM4amplicon on Chr 1q32.1 has associated targets such as PIK3C2B and phosphatase PPP1R15B that may be suitable for therapeutic targeting in a subset of aggressive HGG’s with MDM4 amp. The Chr 1q32 amplicon contains therapeutic targets known to attenuate immune responses and thus their targeting may be combined with various treatments including immunotherapy, targeted therapies, chemotherapy or vaccines.

TPS3165 Background: Mucin 1 (MUC1), a single-transmembrane glycoprotein, is expressed on the apical membrane of the epithelial surface. In normal tissues, it is highly glycosylated and protects the underlying epithelia. In cancer cells, however, MUC1 is hypoglycosylated due to changes in the expression patterns of some sialyltransferases, and exposes new epitopes on MUC1 in tumors, referred to as tumor-associated MUC1 (TA-MUC1). TA-MUC1 loses cell polarity and is redistributed over the cell surface and within the cytoplasm. Overexpression of TA-MUC1 in several malignancies is associated with poor prognosis and development of metastasis, thus making it an attractive therapeutic target. DS-3939a is a novel antibody-drug conjugate in development for the treatment of malignant tumors composed of a humanized anti-TA-MUC1 antibody, a peptide-based cleavable linker, and a potent topoisomerase I inhibitor (DXd). This study will assess the safety, tolerability, and efficacy of DS-3939a in patients with advanced solid tumors. Methods: This phase 1/2, first-in-human, open-label, multicenter, 2-part, dose-escalation, and dose-expansion study (NCT05875168) is active and plans to enroll up to 430 adult patients. Part 1 (dose-escalation) is accruing patients with locally advanced, metastatic, or unresectable urothelial, non-small cell lung, breast, ovarian, biliary tract, or pancreatic cancers, and Part 2 (dose-expansion) will enroll patients with various advanced solid TA-MUC1-expressing tumors. In Parts 1 and 2, DS-3939a will be administered intravenously on Day 1 of a 21-day cycle. The primary endpoints in Parts 1 and 2 include safety and tolerability of DS-3939a as assessed by the number of patients with dose-limiting toxicities (Part 1 only), treatment-emergent adverse events, and other safety parameters. Part 2 will also evaluate efficacy by objective tumor response rate per RECIST version 1.1 as a primary endpoint. Secondary endpoints include the disease control rate, duration of response, time to response, progression-free survival, overall survival, TA-MUC1 expression (detected by immunohistochemistry), the pharmacokinetic profile of DS-3939a, and the number of patients with anti-drug antibodies against DS-3939a. Clinical trial information: NCT05875168 .