During the past several decades, there has been a steady increase in the frequency of opportunistic invasive fungal infections (IFIs) in immunocompromised patients. However, there is substantial controversy concerning optimal diagnostic criteria for these IFIs. Therefore, members of the European Organization for Research and Treatment of Cancer/Invasive Fungal Infections Cooperative Group and the National Institute of Allergy and Infectious Diseases Mycoses Study Group formed a consensus committee to develop standard definitions for IFIs for clinical research. On the basis of a review of literature and an international consensus, a set of research-oriented definitions for the IFIs most often seen and studied in immunocompromised patients with cancer is proposed. Three levels of probability are proposed: "proven," "probable," and "possible." The definitions are intended for use in the context of clinical and/or epidemiological research, not for clinical decision making.

Invasive fungal diseases (IFDs) remain important causes of morbidity and mortality. The consensus definitions of the Infectious Diseases Group of the European Organization for Research and Treatment of Cancer and the Mycoses Study Group have been of immense value to researchers who conduct clinical trials of antifungals, assess diagnostic tests, and undertake epidemiologic studies. However, their utility has not extended beyond patients with cancer or recipients of stem cell or solid organ transplants. With newer diagnostic techniques available, it was clear that an update of these definitions was essential.To achieve this, 10 working groups looked closely at imaging, laboratory diagnosis, and special populations at risk of IFD. A final version of the manuscript was agreed upon after the groups' findings were presented at a scientific symposium and after a 3-month period for public comment. There were several rounds of discussion before a final version of the manuscript was approved.There is no change in the classifications of "proven," "probable," and "possible" IFD, although the definition of "probable" has been expanded and the scope of the category "possible" has been diminished. The category of proven IFD can apply to any patient, regardless of whether the patient is immunocompromised. The probable and possible categories are proposed for immunocompromised patients only, except for endemic mycoses.These updated definitions of IFDs should prove applicable in clinical, diagnostic, and epidemiologic research of a broader range of patients at high-risk.

Candida auris, a multidrug-resistant yeast that causes invasive infections, was first described in 2009 in Japan and has since been reported from several countries. To understand the global emergence and epidemiology of C. auris, we obtained isolates from 54 patients with C. auris infection from Pakistan, India, South Africa, and Venezuela during 2012–2015 and the type specimen from Japan. Patient information was available for 41 of the isolates. We conducted antifungal susceptibility testing and whole-genome sequencing (WGS). Available clinical information revealed that 41% of patients had diabetes mellitus, 51% had undergone recent surgery, 73% had a central venous catheter, and 41% were receiving systemic antifungal therapy when C. auris was isolated. The median time from admission to infection was 19 days (interquartile range, 9–36 days), 61% of patients had bloodstream infection, and 59% died. Using stringent break points, 93% of isolates were resistant to fluconazole, 35% to amphotericin B, and 7% to echinocandins; 41% were resistant to 2 antifungal classes and 4% were resistant to 3 classes. WGS demonstrated that isolates were grouped into unique clades by geographic region. Clades were separated by thousands of single-nucleotide polymorphisms, but within each clade isolates were clonal. Different mutations in ERG11 were associated with azole resistance in each geographic clade. C. auris is an emerging healthcare-associated pathogen associated with high mortality. Treatment options are limited, due to antifungal resistance. WGS analysis suggests nearly simultaneous, and recent, independent emergence of different clonal populations on 3 continents. Risk factors and transmission mechanisms need to be elucidated to guide control measures.

The European Society for Clinical Microbiology and Infectious Diseases, the European Confederation of Medical Mycology and the European Respiratory Society Joint Clinical Guidelines focus on diagnosis and management of aspergillosis. Of the numerous recommendations, a few are summarized here. Chest computed tomography as well as bronchoscopy with bronchoalveolar lavage (BAL) in patients with suspicion of pulmonary invasive aspergillosis (IA) are strongly recommended. For diagnosis, direct microscopy, preferably using optical brighteners, histopathology and culture are strongly recommended. Serum and BAL galactomannan measures are recommended as markers for the diagnosis of IA. PCR should be considered in conjunction with other diagnostic tests. Pathogen identification to species complex level is strongly recommended for all clinically relevant Aspergillus isolates; antifungal susceptibility testing should be performed in patients with invasive disease in regions with resistance found in contemporary surveillance programmes. Isavuconazole and voriconazole are the preferred agents for first-line treatment of pulmonary IA, whereas liposomal amphotericin B is moderately supported. Combinations of antifungals as primary treatment options are not recommended. Therapeutic drug monitoring is strongly recommended for patients receiving posaconazole suspension or any form of voriconazole for IA treatment, and in refractory disease, where a personalized approach considering reversal of predisposing factors, switching drug class and surgical intervention is also strongly recommended. Primary prophylaxis with posaconazole is strongly recommended in patients with acute myelogenous leukaemia or myelodysplastic syndrome receiving induction chemotherapy. Secondary prophylaxis is strongly recommended in high-risk patients. We strongly recommend treatment duration based on clinical improvement, degree of immunosuppression and response on imaging.

These European Society for Clinical Microbiology and Infectious Diseases and European Confederation of Medical Mycology Joint Clinical Guidelines focus on the diagnosis and management of mucormycosis. Only a few of the numerous recommendations can be summarized here. To diagnose mucormycosis, direct microscopy preferably using optical brighteners, histopathology and culture are strongly recommended. Pathogen identification to species level by molecular methods and susceptibility testing are strongly recommended to establish epidemiological knowledge. The recommendation for guiding treatment based on MICs is supported only marginally. Imaging is strongly recommended to determine the extent of disease. To differentiate mucormycosis from aspergillosis in haematological malignancy and stem cell transplantation recipients, identification of the reverse halo sign on computed tomography is advised with moderate strength. For adults and children we strongly recommend surgical debridement in addition to immediate first-line antifungal treatment with liposomal or lipid-complex amphotericin B with a minimum dose of 5 mg/kg/day. Amphotericin B deoxycholate is better avoided because of severe adverse effects. For salvage treatment we strongly recommend posaconazole 4 × 200 mg/day. Reversal of predisposing conditions is strongly recommended, i.e. using granulocyte colony-stimulating factor in haematological patients with ongoing neutropenia, controlling hyperglycaemia and ketoacidosis in diabetic patients, and limiting glucocorticosteroids to the minimum dose required. We recommend against using deferasirox in haematological patients outside clinical trials, and marginally support a recommendation for deferasirox in diabetic patients. Hyperbaric oxygen is supported with marginal strength only. Finally, we strongly recommend continuing treatment until complete response demonstrated on imaging and permanent reversal of predisposing factors.

Abstract

 Zygomycosis is an important emerging fungal infection, associated with high morbidity and mortality. The Working Group on Zygomycosis of the European Confederation of Medical Mycology (ECMM) prospectively collected cases of proven and probable zygomycosis in 13 European countries occurring between 2005 and 2007. Cases were recorded by a standardized case report form, entered into an electronic database and analysed descriptively and by logistic regression analysis. During the study period, 230 cases fulfilled pre-set criteria for eligibility. The median age of the patients was 50 years (range, 1 month to 87 years); 60% were men. Underlying conditions included haematological malignancies (44%), trauma (15%), haematopoietic stem cell transplantation (9%) and diabetes mellitus (9%). The most common manifestations of zygomycosis were pulmonary (30%), rhinocerebral (27%), soft tissue (26%) and disseminated disease (15%). Diagnosis was made by both histology and culture in 108 cases (44%). Among 172 cases with cultures, Rhizopus spp. (34%), Mucor spp. (19%) and Lichtheimia (formerly Absidia) spp. (19%) were most commonly identified. Thirty-nine per cent of patients received amphotericin B formulations, 7% posaconazole and 21% received both agents; 15% of patients received no antifungal therapy. Total mortality in the entire cohort was 47%. On multivariate analysis, factors associated with survival were trauma as an underlying condition (p 0.019), treatment with amphotericin B (p 0.006) and surgery (p <0.001); factors associated with death were higher age (p 0.005) and the administration of caspofungin prior to diagnosis (p 0.011). In conclusion, zygomycosis remains a highly lethal disease. Administration of amphotericin B and surgery, where feasible, significantly improve survival.

Candida auris is a globally emerging multidrug resistant fungal pathogen causing nosocomial transmission. We report an ongoing outbreak of C. auris in a London cardio-thoracic center between April 2015 and July 2016. This is the first report of C. auris in Europe and the largest outbreak so far. We describe the identification, investigation and implementation of control measures.Data on C. auris case demographics, environmental screening, implementation of infection prevention/control measures, and antifungal susceptibility of patient isolates were prospectively recorded then analysed retrospectively. Speciation of C. auris was performed by MALDI-TOF and typing of outbreak isolates performed by amplified fragment length polymorphism (AFLP).This report describes an ongoing outbreak of 50 C. auris cases over the first 16 month (April 2015 to July 2016) within a single Hospital Trust in London. A total of 44 % (n = 22/50) patients developed possible or proven C. auris infection with a candidaemia rate of 18 % (n = 9/50). Environmental sampling showed persistent presence of the yeast around bed space areas. Implementation of strict infection and prevention control measures included: isolation of cases and their contacts, wearing of personal protective clothing by health care workers, screening of patients on affected wards, skin decontamination with chlorhexidine, environmental cleaning with chorine based reagents and hydrogen peroxide vapour. Genotyping with AFLP demonstrated that C. auris isolates from the same geographic region clustered.This ongoing outbreak with genotypically closely related C. auris highlights the importance of appropriate species identification and rapid detection of cases in order to contain hospital acquired transmission.

ABSTRACT Candida auris is a multidrug-resistant yeast that causes a wide spectrum of infections, especially in intensive care settings. We investigated C. auris prevalence among 102 clinical isolates previously identified as Candida haemulonii or Candida famata by the Vitek 2 system. Internal transcribed spacer region (ITS) sequencing confirmed 88.2% of the isolates as C. auris , and matrix-assisted laser desorption ionization–time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) easily separated all related species, viz ., C. auris ( n = 90), C. haemulonii ( n = 6), C. haemulonii var. vulnera ( n = 1), and Candida duobushaemulonii ( n = 5). The in vitro antifungal susceptibility was determined using CLSI broth microdilution (CLSI-BMD), the Vitek 2 antifungal susceptibility test, and the Etest method. C. auris isolates revealed uniformly elevated fluconazole MICs (MIC 50 , 64 μg/ml), and an alarming percentage of isolates (37%) exhibited elevated caspofungin MICs by CLSI-BMD. Notably, 34% of C. auris isolates had coexisting elevated MICs (≥2 μg/ml) for both fluconazole and voriconazole, and 10% of the isolates had elevated coexisting MICs (≥2 μg/ml) to two additional azoles, i.e., posaconazole and isavuconazole. In contrast to reduced amphotericin B MICs by CLSI-BMD (MIC 50 , 1 μg/ml) for C. auris , elevated MICs were noted by Vitek 2 (MIC 50 , 8 μg/ml), which were statistically significant. Candida auris remains an unnoticed pathogen in routine microbiology laboratories, as 90% of the isolates characterized by commercial identification systems are misidentified as C. haemulonii . MALDI-TOF MS proved to be a more robust diagnostic technique for rapid identification of C. auris . Considering that misleading elevated MICs of amphotericin B by the Vitek AST-YS07 card may lead to the selection of inappropriate therapy, a cautionary approach is recommended for laboratories relying on commercial systems for identification and antifungal susceptibility testing of rare yeasts.

Candida auris has emerged globally as an MDR nosocomial pathogen in ICU patients. We studied the antifungal susceptibility of C. auris isolates (n = 350) from 10 hospitals in India collected over a period of 8 years. To investigate azole resistance, ERG11 gene sequencing and expression profiling was conducted. In addition, echinocandin resistance linked to mutations in the C. auris FKS1 gene was analysed. CLSI antifungal susceptibility testing of six azoles, amphotericin B, three echinocandins, terbinafine, 5-flucytosine and nystatin was conducted. Screening for amino acid substitutions in ERG11 and FKS1 was performed. Overall, 90% of C. auris were fluconazole resistant (MICs 32 to ≥64 mg/L) and 2% and 8% were resistant to echinocandins (≥8 mg/L) and amphotericin B (≥2 mg/L), respectively. ERG11 sequences of C. auris exhibited amino acid substitutions Y132 and K143 in 77% (n = 34/44) of strains that were fluconazole resistant whereas WT genotypes, i.e. without substitutions at these positions, were observed in isolates with low fluconazole MICs (1–2 mg/L) suggesting that these substitutions confer a phenotype of resistance to fluconazole similar to that described for Candida albicans. No significant expression of ERG11 was observed, although expression was inducible in vitro with fluconazole exposure. Echinocandin resistance was linked to a novel mutation S639F in FKS1 hot spot region I. Overall, 25% and 13% of isolates were MDR and multi-azole resistant, respectively. The most common resistance combination was azoles and 5-flucytosine in 14% followed by azoles and amphotericin B in 7% and azoles and echinocandins in 2% of isolates.

Mycoses summarized in the hyalohyphomycosis group are heterogeneous, defined by the presence of hyaline (non-dematiaceous) hyphae. The number of organisms implicated in hyalohyphomycosis is increasing and the most clinically important species belong to the genera Fusarium, Scedosporium, Acremonium, Scopulariopsis, Purpureocillium and Paecilomyces. Severely immunocompromised patients are particularly vulnerable to infection, and clinical manifestations range from colonization to chronic localized lesions to acute invasive and/or disseminated diseases. Diagnosis usually requires isolation and identification of the infecting pathogen. A poor prognosis is associated with fusariosis and early therapy of localized disease is important to prevent progression to a more aggressive or disseminated infection. Therapy should include voriconazole and surgical debridement where possible or posaconazole as salvage treatment. Voriconazole represents the first-line treatment of infections due to members of the genus Scedosporium. For Acremonium spp., Scopulariopsis spp., Purpureocillium spp. and Paecilomyces spp. the optimal antifungal treatment has not been established. Management usually consists of surgery and antifungal treatment, depending on the clinical presentation.