Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
BJ
Bruno Jesus
Author with expertise in Marine Biogeochemistry and Ecosystem Dynamics
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
5
(100% Open Access)
Cited by:
3
h-index:
31
/
i10-index:
76
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
1

Genome wide assessment of genetic diversity and transcript variations in 17 accessions of the model diatomPhaeodactylum tricornutum

Timothée Chaumier et al.Jun 3, 2023
Abstract Diatoms, a prominent group of phytoplankton, have a significant impact on both the oceanic food chain and carbon sequestration, thereby playing a crucial role in regulating the climate. These highly diverse organisms show a wide geographic distribution across various latitudes. In addition to their ecological significance, diatoms represent a vital source of bioactive compounds that are widely used in biotechnology applications. In the present study, we investigated the genetic and transcriptomic diversity of 17 accessions of the model diatom Phaeodactylum tricornutum including those sampled a century ago as well as more recently collected accessions. The analysis of the data reveals a higher genetic diversity and the emergence of novel clades, indicating an increasing diversity within the P. tricornutum population structure, compared to the previous study and a persistent long-term balancing selection of genes in old and newly sampled accessions. However, the study did not establish a clear link between the year of sampling and genetic diversity, thereby, rejecting the hypothesis of loss of heterozygoty in cultured strains. Transcript analysis identified novel transcript including non-coding RNA and other categories of small RNA such as PiwiRNAs. Additionally, transcripts analysis using differential expression as well as Weighted Gene Correlation Network Analysis has provided evidence that the suppression or downregulation of genes cannot be solely attributed to loss of function mutations. This implies that other contributing factors, such as epigenetic modifications, may play a crucial role in regulating gene expression. Our study provides novel genetic resources, which are now accessible through the platform PhaeoEpiview ( https://PhaeoEpiView.univ-nantes.fr ), that offer both ease of use and advanced tools to further investigate microalgae biology and ecology, consequently enriching our current understanding of these organisms.
1
Citation1
0
Save
10

Genetic and physiological insights into the diazotrophic activity of a non-cyanobacterial marine diazotroph

Amandine Morot et al.Jul 13, 2022
Abstract Nitrogen (N 2 ) fixation, or diazotrophy, supports a large part of primary production in oceans. Culture-independent approaches highlighted the presence in abundance of marine non-cyanobacterial diazotrophs (NCD) but their ecophysiology remains elusive, mostly because of the low number of isolated NCD and because of the lack of available genetic tools for these isolates. Here, a dual genetic and functional approach allowed unveiling the ecophysiology of a marine NCD affiliated to the species Vibrio diazotrophicus . Physiological characterization of the first marine NCD mutant obtained so far was performed using a soft-gellan assay, demonstrating that a Δ nifH mutant in not able to grow in nitrogen-deprived media. Furthermore, we demonstrated that V. diazotrophicus produces a thick biofilm under diazotrophic conditions, suggesting biofilm production as an adaptive response of this NCD to cope with the inhibition of nitrogen-fixation by molecular oxygen. Finally, the genomic signature of V. diazotrophicus is essentially absent from metagenomic data of Tara Ocean expeditions, despite having been isolated from various marine environments. We think that the genetically tractable V. diazotrophicus strain used in this study may serve as an ideal model to study the ecophysiology of these overlooked procaryotic group.
10
0
Save