ABSTRACT IκBs exert a principal function as cytoplasmic inhibitors of the NF-kB transcription factors. Additional functions for IκB homologues have been described including association to chromatin and transcriptional regulatioin. Phosphorylated and SUMOylated IκBα (pS-IκBα) binds histones H2A and H4 in the stem and progenitor compartment of skin and intestine, but the mechanisms controlling its recruitment to chromatin are largely unstudied. We here show that serine 32-36 phosphorylation of IκBα favors its binding with nucleosomes and demonstrated that p-IκBα association to H4 is favored by acetylation at specific H4 lysine residues. N-terminal tail of H4 is lost during intestinal cell differentiation by proteolytic cleavage at residues 17-19 imposed ny trypsin or chymotrypsin, which interferes p-IκBα binding. Paradoxically, inhibition of trypsin and chymotrypsin activity in HT29 cells increased p-IκBα chromatin binding and impaired goblet cell differentiation, comparable to IκBα deletion. Together our results indicate that dynamic binding of IκBα to chromatin is a requirement for intestinal cell differentiation and provide a molecular base for the restricted nuclear distribution of p-IκBα at specific stem cell compartments.

Abstract Recent findings suggest that Hematopoietic Stem Cells (HSC) and progenitors arise simultaneously and independently of each other already in the embryonic aorta-gonad mesonephros region, but it is still unknown how their different features are established. Here, we uncover IκBα ( Nfkbia , the inhibitor of NF-κB) as a critical regulator of HSC proliferation throughout development. IκBα balances retinoic acid signaling levels together with the epigenetic silencer, PRC2, specifically in HSCs. Loss of IκBα decreases proliferation of HSC and induces a dormancy related gene expression signature instead. Also, IκBα deficient HSCs respond with superior activation to in vitro culture and in serial transplantation. At the molecular level, chromatin regions harboring binding motifs for retinoic acid signaling are hypo-methylated for the PRC2 dependent H3K27me3 mark in IκBα deficient HSCs. Overall, we show that the proliferation index in the developing HSCs is regulated by a IκBα-PRC2 axis, which controls retinoic acid signaling.

Abstract We previously demonstrated that the NF-κB inhibitor IκBα binds the chromatin together with PRC2 to regulate a subset of developmental- and stem cell-related genes. This alternative function has been elusive in both physiological and disease conditions because of the predominant role of IκBα as a negative regulator of NF-κB. We here uniquely characterize specific residues of IκBα that allow the generation of separation-of-function (SOF) mutants that are defective for either NF-κB-related (SOF ΔNF-κB ) or chromatin-related (SOF ΔH2A,H4 ) activities. Expression of IκBα SOF ΔNF-κB , but not SOF ΔH2A/H4 , is sufficient to negatively regulate a specific stemness program in intestinal cells, thus rescuing the differentiation blockage imposed by IκBα deficiency. In contrast, full IκBα activity is required for regulating clonogenic/tumor-initiating activity of colorectal cancer cells. Our data indicate that SOF mutants represent an exclusive tool for studying IκBα functions in physiology and disease, and identified IκBα as a robust prognosis biomarker for human cancer.

Abstract Parkinson’s disease (PD) is associated with premature death of dopamine-producing neurons in the brain. Previous studies have shown that astrocytes of PD patients may contribute to neuronal degeneration by mechanisms involving both direct cell-to-cell contact and transfer of soluble molecules. Since it has been proposed that PD patients exhibit an overall pro-inflammatory state, and since astrocytes are key mediators of the inflammation response in the brain, here we sought to address whether astrocyte-mediated inflammatory signaling could contribute to PD neuropathology. For this purpose, we generated astrocytes from induced pluripotent stem cells (iPSCs) representing PD patients and healthy controls. Transcriptomic analyses identified a unique inflammatory gene expression signature in PD astrocytes compared to controls. In particular, the pro-inflammatory cytokine IL-6 was found to be highly expressed and released by PD astrocytes, and to induce toxicity in dopamine neurons. Mechanistically, neuronal cell death was mediated by IL-6 signaling via IL-6 receptor (IL-6R) expressed in human PD neurons, leading to downstream activation of STAT3. Importantly, astrocyte-induced cell death in PD disease midbrain neurons could be prevented by blocking IL6R-mediated signaling using clinically available antibodies. Moreover, examination of postmortem tissue brain of early-stage PD patients uncovered increased numbers of dopamine neurons overexpressing IL-6R and of reactive astrocytes overexpressing IL-6, compared to healthy brains. Our findings highlight the potential role of astrocyte-mediated inflammatory signaling in neuronal loss in PD, and open the way for new therapies based on IL-6 immunomodulation for preventing PD pathogenesis.

Summary Recent findings are challenging the classical hematopoietic model in which long-term hematopoietic stem cells (LT-HSC) are the base of the hematopoietic system. Clonal dynamics analysis of the hematopoietic system indicate that LT-HSC are not the main contributors of normal hemapoiesis in physiological conditions and the hematopoietic system is mainly maintained by multipotent progenitors (MPPs, hereafter HPC) and LT-HSCs are mostly in a non-active state. The first HSCs emerge from the aorta-gonad and mesonephros (AGM) region along with hematopoietic progenitors (HPC) within hematopoietic clusters. Molecular pathways that determine the HSC fate instead of HPC are still unknown, although inflammatory signaling, including NF-κB has been implicated in the development of HSCs. Here, we identify a chromatin binding function for IκBα (also known as the inhibitor of NF-κB) that is Polycomb repression complex 2 (PRC2)-dependent and specifically determines dormant vs proliferating HSCs from the onset of their emergence in the AGM. We find a specific reduction of LT-HSCs in the IκBα knockout new-born pups. This defect is manifested at the FL stage already, and traceable to the first emerging HSCs in the E11.5 AGM, without affecting the general HPC population. IκBα deficient LT-HSCs express dormancy signature genes, are less proliferative and can robustly respond to activation stimuli such as in vitro culture and serial transplantation. At the molecular level, we find decreased PRC2-dependent H3K27me3 at the promoters of several retinoic acid signaling elements in the IκBα - deficient aortic endothelium and E14.5 FL LT-HSCs. Additionally, IκBα binding itself is found in the promoters of retinoic acid receptors rarα in the AGM, and rarγ in the LT-HSC of FL. Overall, we demonstrate that the retinoic acid pathway is over-activated in the hematopoietic clusters of IκBα-deficient AGMs leading to premature dormancy of LT-HSCs that persists in the FL LT-HSCs.

Mammalian IκB proteins (IκBs) exert their main function as negative regulators of NF-κB, a central signaling pathway controlling immunity and inflammation. An alternative chromatin role for IκBs has been shown to affect stemness and cell differentiation. However, the involvement of NF-κB in this function has not been excluded. NFKI-1 and IKB-1 are IκB homologs in Caenorhabditis elegans , which lacks NF-κB nuclear effectors. We found that nfki-1 and ikb-1 mutants display developmental defects that phenocopy mutations in Polycomb and UTX-1 histone demethylase, suggesting a role for C. elegans IκBs in chromatin regulation. Further supporting this possibility (i) we detected NFKI-1 in the nucleus of cells; (ii) NFKI-1 and IKB-1 bind to histones and Polycomb proteins, (iii) and associate with chromatin in vivo, and (iv) mutations in nfki-1 and ikb-1 alter chromatin marks. Based on these results, we propose that ancestral IκB inhibitors modulate Polycomb activity at specific gene subsets with an impact on development.