XG
Xu Gu
Author with expertise in Testicular Germ Cell Tumors and Treatment
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
10
(80% Open Access)
Cited by:
1,190
h-index:
19
/
i10-index:
24
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Web data mining: exploring hyperlinks, contents, and usage data

Bing Liu et al.Jan 1, 2012
The rapid growth of the Web in the last decade makes it the largest publicly accessible data source in the world.Web mining aims to discover useful information or knowledge from Web hyperlinks, page contents, and usage logs.Based on the primary kinds of data used in the mining process, Web mining tasks can be categorized into three main types: Web structure mining, Web content mining and Web usage mining.Web structure mining discovers knowledge from hyperlinks, which represent the structure of the Web.Web content mining extracts useful information/knowledge from Web page contents.Web usage mining mines user access patterns from usage logs, which record clicks made by every user.The goal of this book is to present these tasks, and their core mining algorithms.The book is intended to be a text with a comprehensive coverage, and yet, for each topic, sufficient details are given so that readers can gain a reasonably complete knowledge of its algorithms or techniques without referring to any external materials.Four of the chapters, structured data extraction, information integration, opinion mining, and Web usage mining, make this book unique.These topics are not covered by existing books, but yet they are essential to Web data mining.Traditional Web mining topics such as search, crawling and resource discovery, and link analysis are also covered in detail in this book.Although the book is entitled Web Data Mining, it also includes the main topics of data mining and information retrieval since Web mining uses their algorithms and techniques extensively.The data mining part mainly consists of chapters on association rules and sequential patterns, supervised learning (or classification), and unsupervised learning (or clustering), which are the three most important data mining tasks.The advanced topic of partially (semi-) supervised learning is included as well.For information retrieval, its core topics that are crucial to Web mining are described.This book is thus naturally divided into two parts.The first part, which consists of Chaps.2-5, covers data mining foundations.The second part, which contains Chaps.6-12, covers Web specific mining.Two main principles have guided the writing of this book.First, the basic content of the book should be accessible to undergraduate students, and yet there are sufficient in-depth materials for graduate students who plan to Many other researchers also assisted in various ways.Yang Dai and Rudy Setiono helped with Support Vector Machines (SVM).Chris Ding helped with link analysis.
1

Loss of Mafb and Maf distorts myeloid cell ratios and disrupts fetal mouse testis vascularization and organogenesis

Shuyun Li et al.Apr 26, 2021
Abstract Testis differentiation is initiated when Sry in pre-Sertoli cells directs the gonad toward a male-specific fate. Sertoli cells are essential for testis development, but cell types within the interstitial compartment, such as immune and endothelial cells, are also critical for organ formation. Our previous work implicated macrophages in fetal testis morphogenesis, but little is known about genes underlying immune cell development during organogenesis. Here we examine the role of the immune-associated genes Mafb and Maf in mouse fetal gonad development, and we demonstrate that deletion of these genes leads to aberrant hematopoiesis manifested by supernumerary gonadal monocytes. Mafb ; Maf double knockout embryos underwent initial gonadal sex determination normally, but exhibited testicular hypervascularization, testis cord formation defects, Leydig cell deficit, and a reduced number of germ cells. In general, Mafb and Maf alone were dispensable for gonad development; however, when both genes were deleted, we observed significant defects in testicular morphogenesis, indicating that Mafb and Maf work redundantly during testis differentiation. These results demonstrate previously unappreciated roles for Mafb and Maf in immune and vascular development and highlight the importance of interstitial cells in gonadal differentiation. Summary statement Deletion of Mafb and Maf genes leads to supernumerary monocytes in fetal mouse gonads, resulting in vascular, morphogenetic, and differentiation defects during testicular organogenesis.
1
Citation1
0
Save
0

Testis morphogenesis and fetal Leydig cell development are mediated through ERK signaling activated by platelet derived growth factor receptor alpha

Shuyun Li et al.Jul 22, 2023
Abstract Platelet derived growth factor receptor alpha ( Pdgfra ) plays a crucial role in the morphogenesis and differentiation of the fetal testis, but the molecular signaling involved in these processes remains unclear. Here, we use XY Pdgfra -null knock-in (KI) gonads to investigate the molecular mechanisms underlying Pdgfra -mediated testis cord formation and development of fetal Leydig cells (FLCs). The extracellular signal-regulated kinase (ERK) pathway, a well-known mitogen-activated protein kinase signaling pathway, was significantly inhibited in XY Pdgfra KI gonads, suggesting that ERK signaling is activated downstream of PDGFRA. Using ex vivo whole-organ culture, small interfering RNA (siRNA) cell culture methods, transwell assays and a genetic mouse model to disrupt ERK signaling in gonadal cells, we found that the ERK pathway promoted testis cord formation via early growth response 1 ( Egr1 )-mediated cell migration and regulated the expression of steroidogenic enzymes in FLCs via activating the transcription factor cAMP responsive element binding protein 1 (CREB; official name CREB1). These findings highlight the significance of PDGFRA and its downstream signaling in fetal testis morphogenesis and cellular differentiation, thus providing insights into the etiology of and potential therapeutic targets for disorders related to gonadal development.
0
Citation1
0
Save
0

Emerging trends and research hotspots in the relationship between mast cells and atopic dermatitis based on the literature from 2001 to 2024: A bibliometric and visualized analysis

Zuo Wen et al.Sep 1, 2024
Abstract Background Atopic dermatitis (AD) is a prevalent chronic inflammatory and highly pruritic skin condition characterized by the infiltration of immune cells, notably eosinophils and mast cells. Mast cells (MCs) critically participate in the complex pathogenesis of AD through multiple pathways and have recently garnered growing attention in research. Despite the abundance of related studies published over the years, a comprehensive bibliometric analysis on this topic remains lacking. Objective Our objective was to perform an up‐to‐date bibliometric analysis of the literature focusing on the relationship between MCs and AD. This analysis would provide valuable insights through a thorough bibliometric review, enabling a clearer understanding of the current research landscape, pinpointing key studies, and detecting emerging trends within this field. Methods We searched the Web of Science Core Collection (WoSCC) database on 15 July 2024. The data retrieval strategy was structured as follows: #1: TS = (“mast cells”) OR TS = (“mast cell”) OR TS = (“mastocyte”); #2: TS = (“atopic dermatitis”) OR TS = (“atopic eczema”) Final data: (#1 AND #2). A total of 2272 items published between 2001 and 2024 were included. Several scientometric visualization tools, including VOSviewer, R‐bibliometrix, CiteSpace and an online analytical platform, were utilized to conduct text mining and to visualize the bibliometric data, facilitating a comprehensive analysis of research trends and patterns. Results Out of the initial 2272 articles retrieved, 2168 were selected for analysis after applying inclusion and exclusion criteria based on publication type. The findings indicate a steady and substantial exponential growth in the annual number of publications focused on the relationship between over the years. The South Korea (547/2168), USA (465/2168) and Japan (436/2168) were the major contributors within this field, collectively constituting more than half of the total publications. To clarify the underlying mechanisms and role of MCs in the pathogenesis of AD and to make MCs prime targets for therapeutic intervention have garnered the most attention in this field. According to references analysis, the research emphasis has shifted to developing MC‐related therapeutics and intervention and regulating the immune system of AD patients through modulating the activity of various immune cells. On the basis of keywords analysis, we outlined the following research frontiers and hotpots in the future: the role of oxidative stress in the pathogenesis; imbalance in the different types of T helper (Th) cells during immune response; skin barrier and barrier dysfunction; improving quality of life; sensory neurons; biological agents and small‐molecule drugs. Furthermore, IL‐13, IL‐4, NFKB1, BCGF‐1 and CD4 ranked as the top five genes that have received the most investigative attention in the intersection of MCs and AD. Conclusion In a word, this analysis would greatly benefit from a thorough bibliometric review to gain a deeper understanding of the current research landscape, identify pivotal studies and pinpoint emerging trends in the field of MCs and AD. Meanwhile, our findings offered researchers a holistic perspective of ongoing developments, serving as a valuable resource for guiding future research and informing decision‐making for both researchers and policymakers in this area.
0

Application of Lactobacillus plantarum and Pediococcus lactis on Lipid Metabolism, Anti-Inflammatory, and Fecal Microbiota in Cats

Shukun Liang et al.Nov 28, 2024
Probiotics have been used in functional foods and dietary supplements, and in recent years, they have become more widely used in pets. In our previous experiment, Lactobacillus plantarum L-27-2 and Pediococcus lactis L-14-1 were isolated from cat feces and proved to have positive effects on lipid metabolism in mice. To further discuss their possible effects in cats, a total of 12 healthy cats (British Shorthair) were randomly divided into two groups. One group was fed Pediococcus lactis L-14-1 (1 × 109 CFU/kg/d, n = 6), and the other group was fed Lactobacillus plantarum L-27-2 (1 × 109 CFU/kg/d, n = 6), and the experiment was conducted for 28 days. Blood and feces were collected on days 0 and 28 separately. ELISA was used to detect blood biochemical indexes in cats. The results showed that L-27-2 and L-14-1 could reduce the content of TG (triglyceride, p < 0.05) and LDL-C (low-density lipoprotein cholesterol, p < 0.01) in the blood, increase the content of HDL-C (high-density lipoprotein, p < 0.01), and L-27-2 could significantly reduce the content of IL-6 (p < 0.01). The diversity of feces microbiota was also tested. On the phylum level, there was no significance in the phylum level of Firmicutes and Bacteroidetes (p > 0.05), but on the genus level, in the L-14-1 group, the abundance of Lantiplantibacillus and Cetobacterium was increased (p < 0.05), and the abundance of Ruminococcus, Olsenella, and Labanicoccus was decreased (p < 0.05), while in the L-27-2 group, the abundance of Libanicoccus was also decreased in L-14-1 (p < 0.05). Above all, L-27-2 and L-14-1 can be considered potential probiotics to improve cat gut health and lipid metabolism.
4

Testicular macrophages are recruited during a narrow time window by fetal Sertoli cells to promote organ-specific developmental functions

Xu Gu et al.May 5, 2022
Abstract While macrophages are most commonly known for their roles in innate immunity, a growing body of evidence supports the idea that fetal-derived tissue-resident macrophages play developmental roles during organogenesis. In the testis, it has long been proposed that macrophages are important players in steroidogenesis and other testicular functions, but which macrophage populations are involved is unclear. We previously showed that macrophages play critical roles in fetal testis morphogenesis and reported the presence of 2 unique adult testicular macrophage populations, interstitial and peritubular. There has been some debate regarding the hematopoietic origins of testicular macrophages and whether distinct macrophage populations promote specific testicular functions. Here we have undertaken an extensive lineage-tracing study of mouse hematopoietic cells. We found that, while yolk-sac-derived macrophages comprise the earliest testicular macrophages, fetal hematopoietic stem cells (HSCs) give rise to monocytes that colonize the gonad during a narrow time window in mid-gestation, after which time HSCs no longer contribute to testicular macrophages. These long-lived monocytes, over the course of fetal and postnatal life, differentiate into testicular macrophages. Our data indicate that Sertoli cells, and not germ cells, are required for recruitment of immune cells and peritubular macrophage differentiation. Finally, we show that yolk-sac-derived macrophages and HSC-derived macrophages play distinct roles in testis cord morphogenesis, whereas interstitial macrophages promote adult Leydig cell proliferation and steroid production. Overall, our findings offer clarity regarding the origins of testicular macrophages and provide insight into the diversity of their tissue-specific developmental roles.
0

LncRNA PITPNA-AS1 mediates the diagnostic potential of miR-129-5p in prostate cancer

Zhaolu Song et al.Jul 13, 2024
Abstract Background LncRNA has an effective value in many diseases, which has long been applied in the diagnosis, treatment and prognosis of prostate cancer. This study focused on lncRNA PITPNA-AS1, and its diagnostic potential in prostate cancer has been explored. Methods The expression of PITPNA-AS1 and miR-129-5p in prostate cancer serum and sample cells was determined by real-time quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR). The relationship between the expression of PITPNA-AS1 and clinicopathological parameters was considered. ROC curve prompted the diagnostic value of PITPNA-AS1. The effect of PITPNA-AS1 on prostate cancer cells was verified using vitro cells assay. Luciferase activity assay and RIP assay demonstrated the sponge relationship of PITPNA-AS1 to miR-129-5p. Results PITPNA-AS1 level was increased, while miR-129-5p was obviously decreased in prostate cancer. PITPNA-AS1 expression was associated with Gleason grade, lymph node metastasis and TNM stage in patients. The area under the curve (AUC) was 0.910, with high sensitivity and specificity. PITPNA-AS1 was elucidated to directly target miR-129-5p, whereas silencing PITPNA-AS1 negatively affected prostate cancer cell proliferation, migration and invasion. Intervention of miR-129-5p inhibitor reversed the effect of silencing PITPNA-AS1 on cells. Conclusions PITPNA-AS1 was relatively highly expressed in prostate cancer and mediated the pathophysiological process of patients, which may serve as a diagnostic indicator. Silencing of the PITPNA-AS1 sponge miR-129-5p inhibited the biological function of the cells, indicating that PITPNA-AS1 may represent a novel therapeutic target for prostate cancer.