SK
Sven Korsvoll
Author with expertise in Metabolism and Nutrition in Aquaculture Feeds
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
2
(50% Open Access)
Cited by:
1
h-index:
5
/
i10-index:
5
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Linking genomic prediction for muscle fat content in Atlantic salmon to underlying changes in lipid metabolism regulation

Thomas Harvey et al.Aug 31, 2023
Abstract Muscle fat content is an important production trait in Atlantic salmon ( Salmo salar ) because it influences the flavor, texture, and nutritional properties of the fillet. Genomic selection can be applied to alter muscle fat content, however how such selection changes the underlying molecular physiology of these animals is unknown. Here, we examine the link between genomic prediction and underlying molecular physiology by correlating genomic breeding values for fat content to liver gene expression in 184 fish. We found that Salmon with higher genomic breeding values had higher expression of genes in lipid metabolism pathways. This included key lipid metabolism genes hmgcrab , fasn-b , fads2d5 , and fads2d6 , and lipid transporters fatp2f , fabp7b , and apobc . We also found several regulators of lipid metabolism with negative correlation to genomic breeding vales, including pparg-b , fxr-a , and fxr-b . A quantitative trait loci analysis for variation in gene expression levels (eQTLs) for 167 trait associated genes found that 71 genes had at least one eQTL, and that most were trans eQTLs. Closer examination revealed distinct eQTL clustering on chromosomes 3 and 6, indicating the presence of putative common regulator in these regions. Taken together, these results suggest that increased fat content in high genomic breeding value salmon is associated with elevated lipid synthesis, elevated lipid transport, and reduced glycerolipid breakdown; and that this is at least partly achieved by selection on genetic variants that impact the function of top-level transcription factors involved in liver metabolism. Our study sheds light on how genomic selection alters lipid content in Atlantic salmon, and the results could be used to prioritize SNPs to improve the efficiency of genomic selection in the future.
0
Citation1
0
Save
0

Transcriptional development of phospholipid and lipoprotein metabolism in different intestinal regions of Atlantic salmon (Salmo salar) fry

Yang Jin et al.Sep 27, 2017
Background: It has been suggested that the high phospholipid (PL) requirement in Atlantic salmon (Salmo salar) fry is due to insufficient intestinal de-novo synthesis causing low lipoprotein (LP) production and reduced transport capacity of dietary lipids. However, there has not been performed any in-depth ontological analysis of intestinal PL and LP synthesis with development of salmon. Therefore in this paper we used RNA-seq technology to test the hypothesis that the high PL requirement in salmon fry was associated with undeveloped PL synthesis and LP formation pathways in intestine. There was a special focus on the understanding homologous genes, especially from salmonid-specific fourth vertebrate whole-genome duplication (Ss4R), contribution to salmonid specific features of regulation of PL metabolic pathways. The study was performed in stomach, pyloric caeca and hindgut at 0.16g (1 day before first-feeding), 2.5g and 10g of salmon. Results: In general, we found an up-regulation of de-novo phosphatidylcholine (PtdCho) synthesis, phosphatidylethanolamine (PtdEtn) and LP formation pathways in pyloric caeca of salmon between 0.16g and 10g. Thirteen genes in these pathways were highly (q<0.05) up-regulated in 2.5g salmon compared to 0.16g, while only five more significant (q<0.05) genes were found when the fish grew up to 10g. Different homologous genes were found dominating in stomach, pyloric caeca and hindgut. However, the expression of dominating genes in PL and LP synthesis pathways was much higher in pyloric caeca than stomach and hindgut. Salmon-specific homologous (Ss4R) genes had similar expression during development, while other homologs had more diverged expression. Conclusions: An increasing capacity for PL synthesis and LP formation was confirmed in pyloric caeca. The up-regulation of the de-novo PtdCho pathway confirms that the salmon fry have increasing requirement for dietary PtdCho compared to adult. The similar expressions between Ss4R homologous genes suggest that the functional divergence of these genes was incomplete compared to homologs derived from other whole genome duplication. The results of the present study have provided new information on the molecular mechanisms of phospholipid synthesis and lipoprotein formation in fish.