In this work, we find that CD8 + T cells expressing inhibitory killer cell immunoglobulin-like receptors (KIRs) are the human equivalent of Ly49 + CD8 + regulatory T cells in mice and are increased in the blood and inflamed tissues of patients with a variety of autoimmune diseases. Moreover, these CD8 + T cells efficiently eliminated pathogenic gliadin-specific CD4 + T cells from the leukocytes of celiac disease patients in vitro. We also find elevated levels of KIR + CD8 + T cells, but not CD4 + regulatory T cells, in COVID-19 patients, correlating with disease severity and vasculitis. Selective ablation of Ly49 + CD8 + T cells in virus-infected mice led to autoimmunity after infection. Our results indicate that in both species, these regulatory CD8 + T cells act specifically to suppress pathogenic T cells in autoimmune and infectious diseases.

Autoantibodies against the enzyme transglutaminase 2 (TG2) are characteristic of celiac disease (CeD), and TG2-specific IgA plasma cells are abundant in gut biopsies of patients. We here describe the corresponding population of autoreactive B cells in blood. Circulating TG2-specific IgA cells were found in untreated patients on a gluten-containing diet but not in controls. They were clonally related to TG2-specific small intestinal plasma cells, and they expressed gut-homing molecules, indicating that they are plasma cell precursors. Unlike other IgA-switched cells, the TG2-specific cells were negative for CD27, placing them in the double negative (IgD-CD27-) category. They had a plasmablast or activated memory B-cell phenotype, and they harbored fewer variable region mutations than other IgA cells. Based on their similarity to naive B cells, we propose that autoreactive IgA cells in CeD are generated mainly through chronic recruitment of naive B cells via an extrafollicular response involving gluten-specific CD4+ T cells.

Previous reports show that Ly49 CD8 T cells can suppress autoimmunity in mouse models of autoimmune diseases. Here we find a markedly increased frequency of CD8 T cells expressing inhibitory Killer cell Immunoglobulin like Receptors (KIR), the human equivalent of the Ly49 family, in the blood and inflamed tissues of various autoimmune diseases. Moreover, KIR CD8 T cells can efficiently eliminate pathogenic gliadin-specific CD4 T cells from Celiac disease (CeD) patients' leukocytes . Furthermore, we observe elevated levels of KIR CD8 T cells, but not CD4 regulatory T cells, in COVID-19 and influenza-infected patients, and this correlates with disease severity and vasculitis in COVID-19. Expanded KIR CD8 T cells from these different diseases display shared phenotypes and similar T cell receptor sequences. These results characterize a regulatory CD8 T cell subset in humans, broadly active in both autoimmune and infectious diseases, which we hypothesize functions to control self-reactive or otherwise pathogenic T cells.