Epidemiologic studies have shown that the association of genital human papillomavirus (HPV) with cervical cancer is strong, independent of other risk factors, and consistent in several countries. There are more than 20 different cancer-associated HPV types, but little is known about their geographic variation.Our aim was to determine whether the association between HPV infection and cervical cancer is consistent worldwide and to investigate geographic variation in the distribution of HPV types.More than 1000 specimens from sequential patients with invasive cervical cancer were collected and stored frozen at 32 hospitals in 22 countries. Slides from all patients were submitted for central histologic review to confirm the diagnosis and to assess histologic characteristics. We used polymerase chain reaction-based assays capable of detecting more than 25 different HPV types. A generalized linear Poisson model was fitted to the data on viral type and geographic region to assess geographic heterogeneity.HPV DNA was detected in 93% of the tumors, with no significant variation in HPV positivity among countries. HPV 16 was present in 50% of the specimens, HPV 18 in 14%, HPV 45 in 8%, and HPV 31 in 5%. HPV 16 was the predominant type in all countries except Indonesia, where HPV 18 was more common. There was significant geographic variation in the prevalence of some less common virus types. A clustering of HPV 45 was apparent in western Africa, while HPV 39 and HPV 59 were almost entirely confined to Central and South America. In squamous cell tumors, HPV 16 predominated (51% of such specimens), but HPV 18 predominated in adenocarcinomas (56% of such tumors) and adenosquamous tumors (39% of such tumors).Our results confirm the role of genital HPVs, which are transmitted sexually, as the central etiologic factor in cervical cancer worldwide. They also suggest that most genital HPVs are associated with cancer, at least occasionally.The demonstration that more than 20 different genital HPV types are associated with cervical cancer has important implications for cervical cancer-prevention strategies that include the development of vaccines targeted to genital HPVs.

Abstract Summary: A web-based application has been designed from a genetic epidemiology point of view to analyze association studies. Main capabilities include descriptive analysis, test for Hardy–Weinberg equilibrium and linkage disequilibrium. Analysis of association is based on linear or logistic regression according to the response variable (quantitative or binary disease status, respectively). Analysis of single SNPs: multiple inheritance models (co-dominant, dominant, recessive, over-dominant and log-additive), and analysis of interactions (gene–gene or gene–environment). Analysis of multiple SNPs: haplotype frequency estimation, analysis of association of haplotypes with the response, including analysis of interactions. Availability: . Source code for local installation is available under GNU license. Contact: v.moreno@iconcologia.net Supplementary Information: Figures with a sample run are available on Bioinformatics online. A detailed online tutorial is available within the application.

It is uncertain whether male circumcision reduces the risks of penile human papillomavirus (HPV) infection in the man and of cervical cancer in his female partner.

Abstract Summary: The popularization of large-scale genotyping projects has led to the widespread adoption of genetic association studies as the tool of choice in the search for single nucleotide polymorphisms (SNPs) underlying susceptibility to complex diseases. Although the analysis of individual SNPs is a relatively trivial task, when the number is large and multiple genetic models need to be explored it becomes necessary a tool to automate the analyses. In order to address this issue, we developed SNPassoc, an R package to carry out most common analyses in whole genome association studies. These analyses include descriptive statistics and exploratory analysis of missing values, calculation of Hardy–Weinberg equilibrium, analysis of association based on generalized linear models (either for quantitative or binary traits), and analysis of multiple SNPs (haplotype and epistasis analysis). Availability: Package SNPassoc is available at CRAN from http://cran.r-project.org Contact: juanramon.gonzalez@crg.es or v.moreno@iconcologia.net Supplementary information: A tutorial is available on Bioinformatics online and in http://davinci.crg.es/estivill_lab/snpassoc

Background Use of oral contraceptives could increase risk of cervical cancer; however the effect of human papillomavirus (HPV), the main cause of cervical cancer, is not usually taken into account. We aimed to assess how use of oral contraceptives affected risk of cervical cancer in women who tested positive for HPV DNA. Methods We pooled data from eight case-control studies of patients with histologically confirmed invasive cervical carcinoma (ICC) and from two studies of patients with carcinoma in situ (ISC). Information about use of oral contraceptives was obtained from personal interviews. Effects were estimated as odds ratios, with logistic-regression models adjusted for possible confounders. Findings 1465 of 1561 (94%) patients with ICC, 211 of 292 (72%) with ISC, and 255 of 1916 (13%) controls were positive for HPV DNA. Compared with never-users, patients who had used oral contraceptives for fewer than 5 years did not have increased risk of cervical cancer (odds ratio 0·73; 95% Cl 0·52–1·03). The odds ratio for use of oral contraceptives was 2·82 (95% Cl 1·46–5·42) for 5–9 years, and 4·03 (2·09–8·02) for use for 10 years or longer, and these risks did not vary by time since first or last use. Interpretation Long-term use of oral contraceptives could be a cofactor that increases risk of cervical carcinoma by up to four-fold in women who are positive for cervical HPV DNA. In the absence of worldwide information about HPV status, extra effort should be made to include long-term users of oral contraceptives in cervical screening programmes. Published online March 27, 2002. http://image.thelancet.com/extras/01art3030web.pdf

Summary

Background

 High parity has long been suspected of being associated with an increased risk of cervical cancer, but previous analyses of this association have not taken the strong effect of human papillomavirus (HPV) into account. To assess the role of reproductive factors in the progression from HPV infection to cancer, we did a pooled analysis including only HPV-positive women. 

Methods

 We pooled data from eight case-control studies on invasive cervical carcinoma (ICC) and two on in-situ carcinoma (ISC) from four continents. 1465 patients with squamous-cell ICCs, 211 with ISCs, 124 with adenocarcinomas or adenosquamous ICCs, and 255 control women, all positive for HPV DNA by PCR-based assays, were analysed. We calculated pooled odds ratios by means of unconditional multiple logistic regression models, and adjusted them for sexual and non-sexual confounding factors. The 95% Cl were estimated by treating the odds ratio as floating absolute risk. 

Findings

 We found a direct association between the number of full-term pregnancies and squamous-cell cancer risk: the odds ratio for seven full-term pregnancies or more was 3·8 (95% Cl 2·7–5·5) compared with nulliparous women, and 2·3 (1·6–3·2) compared with women who had one or two full-term pregnancies. There was no significant association between risk of adenocarcinoma or adenosquamous carcinoma and number of full-term pregnancies. 

Interpretation

 High parity increases the risk of squamous-cell carcinoma of the cervix among HPV-positive women. A general decline in parity might therefore partly explain the reduction in cervical cancer recently seen in most countries. Published online March 27, 2002. http://image.thelancet.com/extras/01art3030web.pdf

In a genome-wide association study to identify loci associated with colorectal cancer (CRC) risk, we genotyped 555,510 SNPs in 1,012 early-onset Scottish CRC cases and 1,012 controls (phase 1). In phase 2, we genotyped the 15,008 highest-ranked SNPs in 2,057 Scottish cases and 2,111 controls. We then genotyped the five highest-ranked SNPs from the joint phase 1 and 2 analysis in 14,500 cases and 13,294 controls from seven populations, and identified a previously unreported association, rs3802842 on 11q23 (OR = 1.1; P = 5.8 × 10−10), showing population differences in risk. We also replicated and fine-mapped associations at 8q24 (rs7014346; OR = 1.19; P = 8.6 × 10−26) and 18q21 (rs4939827; OR = 1.2; P = 7.8 × 10−28). Risk was greater for rectal than for colon cancer for rs3802842 (P < 0.008) and rs4939827 (P < 0.009). Carrying all six possible risk alleles yielded OR = 2.6 (95% CI = 1.75–3.89) for CRC. These findings extend our understanding of the role of common genetic variation in CRC etiology.

Purpose This study aims to develop a robust gene expression classifier that can predict disease relapse in patients with early-stage colorectal cancer (CRC). Patients and Methods Fresh frozen tumor tissue from 188 patients with stage I to IV CRC undergoing surgery was analyzed using Agilent 44K oligonucleotide arrays. Median follow-up time was 65.1 months, and the majority of patients (83.6%) did not receive adjuvant chemotherapy. A nearest mean classifier was developed using a cross-validation procedure to score all genes for their association with 5-year distant metastasis–free survival. Results An optimal set of 18 genes was identified and used to construct a prognostic classifier (ColoPrint). The signature was validated on an independent set of 206 samples from patients with stage I, II, and III CRC. The signature classified 60% of patients as low risk and 40% as high risk. Five-year relapse-free survival rates were 87.6% (95% CI, 81.5% to 93.7%) and 67.2% (95% CI, 55.4% to 79.0%) for low- and high-risk patients, respectively, with a hazard ratio (HR) of 2.5 (95% CI, 1.33 to 4.73; P = .005). In multivariate analysis, the signature remained one of the most significant prognostic factors, with an HR of 2.69 (95% CI, 1.41 to 5.14; P = .003). In patients with stage II CRC, the signature had an HR of 3.34 (P = .017) and was superior to American Society of Clinical Oncology criteria in assessing the risk of cancer recurrence without prescreening for microsatellite instability (MSI). Conclusion ColoPrint significantly improves the prognostic accuracy of pathologic factors and MSI in patients with stage II and III CRC and facilitates the identification of patients with stage II disease who may be safely managed without chemotherapy.

OLORECTAL CANCER (CRC) is the third most common cancer worldwide and the second leading cause of cancer-related death. 1 Lynch syndrome, also known as hereditary nonpolyposis colorectal cancer (HNPCC), is the most common form of hereditary CRC, accounting for 1% to 3% of all these tumors.It is an autosomaldominant disorder caused by germline mutations in DNA mismatch repair (MMR) genes (ie, MSH2, MLH1, MSH6, and PMS2).