Background A century after its discovery, Chagas disease still represents a major neglected tropical threat. Accurate diagnostics tools as well as surrogate markers of parasitological response to treatment are research priorities in the field. The purpose of this study was to evaluate the performance of PCR methods in detection of Trypanosoma cruzi DNA by an external quality evaluation. Methodology/Findings An international collaborative study was launched by expert PCR laboratories from 16 countries. Currently used strategies were challenged against serial dilutions of purified DNA from stocks representing T. cruzi discrete typing units (DTU) I, IV and VI (set A), human blood spiked with parasite cells (set B) and Guanidine Hidrochloride-EDTA blood samples from 32 seropositive and 10 seronegative patients from Southern Cone countries (set C). Forty eight PCR tests were reported for set A and 44 for sets B and C; 28 targeted minicircle DNA (kDNA), 13 satellite DNA (Sat-DNA) and the remainder low copy number sequences. In set A, commercial master mixes and Sat-DNA Real Time PCR showed better specificity, but kDNA-PCR was more sensitive to detect DTU I DNA. In set B, commercial DNA extraction kits presented better specificity than solvent extraction protocols. Sat-DNA PCR tests had higher specificity, with sensitivities of 0.05–0.5 parasites/mL whereas specific kDNA tests detected 5.10−3 par/mL. Sixteen specific and coherent methods had a Good Performance in both sets A and B (10 fg/µl of DNA from all stocks, 5 par/mL spiked blood). The median values of sensitivities, specificities and accuracies obtained in testing the Set C samples with the 16 tests determined to be good performing by analyzing Sets A and B samples varied considerably. Out of them, four methods depicted the best performing parameters in all three sets of samples, detecting at least 10 fg/µl for each DNA stock, 0.5 par/mL and a sensitivity between 83.3–94.4%, specificity of 85–95%, accuracy of 86.8–89.5% and kappa index of 0.7–0.8 compared to consensus PCR reports of the 16 good performing tests and 63–69%, 100%, 71.4–76.2% and 0.4–0.5, respectively compared to serodiagnosis. Method LbD2 used solvent extraction followed by Sybr-Green based Real time PCR targeted to Sat-DNA; method LbD3 used solvent DNA extraction followed by conventional PCR targeted to Sat-DNA. The third method (LbF1) used glass fiber column based DNA extraction followed by TaqMan Real Time PCR targeted to Sat-DNA (cruzi 1/cruzi 2 and cruzi 3 TaqMan probe) and the fourth method (LbQ) used solvent DNA extraction followed by conventional hot-start PCR targeted to kDNA (primer pairs 121/122). These four methods were further evaluated at the coordinating laboratory in a subset of human blood samples, confirming the performance obtained by the participating laboratories. Conclusion/Significance This study represents a first crucial step towards international validation of PCR procedures for detection of T. cruzi in human blood samples.

While conventional pathogenic protists have been extensively studied, there is an underappreciated constitutive protist microbiota that is an integral part of the vertebrate microbiome. The impact of these species on the host and their potential contributions to mucosal immune homeostasis remain poorly studied. Here, we show that the protozoan Tritrichomonas musculis activates the host epithelial inflammasome to induce IL-18 release. Epithelial-derived IL-18 promotes dendritic cell-driven Th1 and Th17 immunity and confers dramatic protection from mucosal bacterial infections. Along with its role as a "protistic" antibiotic, colonization with T. musculis exacerbates the development of T-cell-driven colitis and sporadic colorectal tumors. Our findings demonstrate a novel mutualistic host-protozoan interaction that increases mucosal host defenses at the cost of an increased risk of inflammatory disease.

ABSTRACT Trypanosoma cruzi , a zoonotic kinetoplastid protozoan with a complex genome, is the causative agent of American trypanosomiasis (Chagas disease). The parasite uses a highly diverse repertoire of surface molecules, with roles in cell invasion, immune evasion and pathogenesis. Thus far, the genomic regions containing these genes have been impossible to resolve and it has been impossible to study the structure and function of the several thousand repetitive genes encoding the surface molecules of the parasite. We here present an improved genome assembly of a T. cruzi clade I (TcI) strain using high coverage PacBio single molecule sequencing, together with Illumina sequencing of 34 T. cruzi TcI isolates and clones from different geographic locations, sample sources and clinical outcomes. Resolution of the surface molecule gene structure reveals an unusual duality in the organisation of the parasite genome, a core genomic region syntenous with related protozoa flanked by unique and highly plastic subtelomeric regions encoding surface antigens. The presence of abundant interspersed retrotransposons in the subtelomeres suggests that these elements are involved in a recombination mechanism for the generation of antigenic variation and evasion of the host immune response. The comparative genomic analysis of the cohort of TcI strains revealed multiple cases of such recombination events involving surface molecule genes and has provided new insights into T. cruzi population structure.

Nonspecific acute tropical febrile illnesses (NEATFI) are common in the Latin American tropics. Dengue, Chikungunya, Zika, Mayaro, and Usutu, among others, can coexist in the American tropics. This study aimed to surveil the arboviruses that cause| acute febrile syndrome in patients in the Meta department, Colombia. Between June 2021 and February 2023, an epidemiological surveillance study was conducted in the Llanos of the Meta department in Eastern Colombia. One hundred patients in the acute phase with typical prodromal symptoms of NEATFI infection who attended the emergency department of the Villavicencio Departmental Hospital were included. ELISA tests were performed for Dengue, Usutu, Chikungunya, and Mayaro. RT-qPCR was performed to detect the arboviruses Usutu, Dengue, Zika, Mayaro, and Oropouche. The seroprevalence for the Chikungunya, Mayaro, and Usutu viruses was 41 % (28/68), 40 % (27/67), and 62 % (47/75), respectively. Seroconversion for Chikungunya was observed in one patient; two seroconverted to Mayaro and one to Usutu. The NS5 gene fragment of the Usutu virus was detected in nine febrile patients. RT-qPCR of the remaining arboviruses was negative. The clinical symptoms of the nine Usutu-positive patients were very similar to those of Dengue, Chikungunya, Zika, and Mayaro infections. The pervasive detection of unexpected viruses such as Usutu and Mayaro demonstrated the importance of searching for other viruses different from Dengue. Because Usutu infection and Mayaro fever have clinical features like Dengue, a new algorithm should be proposed to improve the accuracy of acute tropical fevers.

Abstract In this study, trypanosomatids commonly found in bats, including Trypanosoma cruzi marinkellei, T. dionisii, and Leishmania braziliensis, were identified. Additionally, T. wauwau was identified in one specimen of Anoura caudifer, and represents the first report of this parasite from the Central West region of Brazil. T. wauwau was previously identified by other researchers in the North of the country, in only three species of bats in the genus Pteronotus: P. parnellii (Pará and Rondônia states), and P. personatus and P. gymnonotus (Rondônia). The identification of T. wauwau indicates how different trypanosomatids are able to adapt to new host species of bats. This is owing to bats’ high mobility, wide geographic distribution, social behavior, and ability to coexist in large colonies. These characteristics may facilitate the transmission of infectious agents in nature, which are responsible for outbreaks of some zoonoses. Therefore, health authorities should focus on both vertebrates and vectors associated with the environments where these bats are found. Author summary The prevalence of Trypanosoma in bats is high, with T. cruzi, T. cruzi marinkellei , and T. dionisii as the most prevalent infective species. This study reports for the first time the presence of T. wauwau in the southeast region of Brazil in the bat Anoura caudifer. Although this species of Trypanosoma has been found in bats of the genus Pteronotus , it was not detected in any other genus, including in the bats that share the same shelter with Pteronotus . The species T. wauwau was found infecting bats only in Brazil. Its occurrence was restricted to the northern region of the country, in the states of Pará, infecting the species P. parnellii and in Rondônia infecting P. personatus, P. gymnonotus as well as P. parnellii . Although its morphology is similar to that of T. cruzi , little is known about the development of T. wauwau , both in its vertebrate host and the existence of a plausible invertebrate vector. Its characteristics include its inability to develop in mammalian cells and its non-infectiousness in mice and triatomine insects. Further research, through molecular studies, may provide important and valuable data for understanding the origin, evolution, and global distribution of, and the association between the different species of Trypanosoma and their hosts.

and

Influenza viruses have an excellent capacity for mutation and adaptation in mammalian hosts, which makes them viruses of medical and veterinary importance. Influenzaviruses have been studied mainly in birds but minor in bats. It is unknown whether Chiroptera are reservoirs of influenza viruses. However, circulation in bats showed molecular divergence from H17N10 (Guatemala) and H18N11 (Peru), and they were designated as new subtypes. The study aimed to characterize the influenza A virus detected in the fishing bat Noctilio albiventris. A surveillance study of pathogens of public health interest was carried out; rectal samples were taken from four fishing bats (N. albiventris) captured in Talaigua Nuevo, Bolivar, Colombia. The samples were sequenced by NGS using DNBseq (MGI-G50) and analyzed with bioinformatics tools. Eight viral contigs associated with the Orthomyxoviridae family were obtained. The identified segments showed around 90% similarity with H18N11, except for the neuraminidase (N). The phylogenetic analysis of the N protein showed the appearance of a basal branch to the N11 subtype, and the molecular clock indicates that it does not share a recent common ancestor. 3D modeling indicates that the N protein of N. albiventris presents three mutations (K363R, T242K, and I139V) near the hypothetical active site of the protein. These mutations potentially increase the interaction with the HLA-DR of bats, which could have significant implications for the virus's behavior. The phylogenetic, evolutionary, and antigenic divergence of the N protein of N. albiventris suggests a new subtype called H18N12. Its role as a pathogen must be studied.

We discuss the potential usefulness of molecular testing of soil, dust, and water samples to detect medically important parasites, and where such testing could be used to supplement stool sampling in humans. A wide variety of parasites including protozoa and helminths, many of which are zoonotic, have an important infection reservoir in the environment. In some cases, this environmental period is essential for further parasite development. We describe the progress in implementing methods for the molecular detection of these parasites in soil across eight collaborating centers in Latin America and represent a variety of potential applications in improving our understanding of parasite epidemiology and mapping, surveillance, and control of these parasites. This methodology offers new opportunities for improving our understanding of a wide variety of parasites of public health importance and novel tools for their control.

We describe a recent case of lymphatic filariasis in Colombia caused by Wuchereria bancrofti nematodes. Our study combines clinical-epidemiologic findings with phylogenetic data. Resurgence of lymphatic filariasis may be linked to increasing urbanization trends and migration from previously endemic regions. Fieldwork can be a beneficial tool for screening and containing transmission.