A colorimetric, microplate-based Alamar Blue assay (MABA) method was used to determine the MICs of isoniazid (INH), rifampin, streptomycin (SM), and ethambutol (EMB) for 34 Peruvian Mycobacterium tuberculosis isolates (including both pansensitive and multidrug-resistant strains) and the H37Rv strain by using bacterial suspensions prepared directly from solid media. Results for all isolates were available within 8 days. Discordant results were observed on initial tests for 3 of 16 INH-susceptible isolates, 5 of 31 EMB-susceptible isolates, and 2 of 4 SM-resistant isolates (by the BACTEC 460 system). The overall agreements between the MICs obtained by MABA and the results obtained with the BACTEC 460 system were 87.9% for initial results and 93.6% after retesting 12 of 17 samples with discrepant results. Interpretation of MABA endpoints improved with technical experience. The MABA is a simple, rapid, low-cost, appropriate technology which does not require expensive instrumentation and which makes use of a nontoxic, temperature-stable reagent.

Background Chronic malnutrition during infancy, marked by stunting, has been associated with poor cognitive function. We assessed the effect of stunting, diarrhoeal disease, and parasitic infections during infancy on cognitive function in late childhood. Methods We followed up from birth to 2 years, a cohort of 239 Peruvian children for anthropometrics, stool samples, and diarrhoeal status. At 9 years of age, we assessed cognitive function in 143 (69%) with the full-scale intelligence quotient of the Wechsler intelligence scale for children-revised (WISC-R). Findings All findings were adjusted for socioeconomic status and schooling; in addition, findings related to diarrhoea prevalence, Giardia lamblia, and Cryptosporidium parvum were adjusted for severe stunting. During the first 2 years of life, 46 (32%) of 143 children were stunted. Children with severe stunting in the second year of life scored 10 points lower on the WISC-R test (95% Cl 2·4–17·5) than children without severe stunting. Children with more than one episode of G lamblia per year scored 4·1 points (0·2–8·0) lower than children with one episode or fewer per year. Neither diarrhoea prevalence nor C parvum infection was associated with WISC-R scores. Interpretation Malnutrition in early childhood, indexed by stunting, and potentially G lamblia, are associated with poor cognitive function at age 9 years. If the observed associations are causal, then intervention programmes designed to prevent malnutrition and G lamblia early in life could lead to significant improvement in cognitive function of children in similar lower-income communities throughout the less-developed world.

Antibiotic-resistant infections annually claim hundreds of thousands of lives worldwide. This problem is exacerbated by exchange of resistance genes between pathogens and benign microbes from diverse habitats. Mapping resistance gene dissemination between humans and their environment is a public health priority. Here we characterized the bacterial community structure and resistance exchange networks of hundreds of interconnected human faecal and environmental samples from two low-income Latin American communities. We found that resistomes across habitats are generally structured by bacterial phylogeny along ecological gradients, but identified key resistance genes that cross habitat boundaries and determined their association with mobile genetic elements. We also assessed the effectiveness of widely used excreta management strategies in reducing faecal bacteria and resistance genes in these settings representative of low- and middle-income countries. Our results lay the foundation for quantitative risk assessment and surveillance of resistance gene dissemination across interconnected habitats in settings representing over two-thirds of the world’s population. An analysis of bacterial community structure and antibiotic resistance gene content of interconnected human faecal and environmental samples from two low-income communities in Latin America was carried out using a combination of functional metagenomics, 16S sequencing and shotgun sequencing; resistomes across habitats are generally structured along ecological gradients, but key resistance genes can cross these boundaries, and the authors assessed the usefulness of excreta management protocols in the prevention of resistance gene dissemination. Mapping the distribution and dissemination of antibiotic resistance genes is a public health priority. Gautam Dantas and colleagues have characterized the bacterial community structure and resistance gene exchange networks from two low-income Latin American communities — a rural village of subsistence farmers 35 km south of San Salvador, El Salvador and a shanty town in the desert hills about 15 km southwest of Lima, Peru. Using functional genomics and whole-metagenome sequencing of hundreds of interconnected human faecal and environmental samples, the authors find that resistomes across habitats are generally structured by bacterial phylogeny along ecological gradients, but that key resistance genes can cross these boundaries. They also assess the usefulness of excreta management protocols in the prevention of resistance gene dissemination. Collectively, this work lays the foundation for quantitative risk assessment and surveillance of antibiotic resistance gene transmission across diverse environments.

New diagnostic tools are urgently needed to interrupt the transmission of tuberculosis and multidrug-resistant tuberculosis. Rapid, sensitive detection of tuberculosis and multidrug-resistant tuberculosis in sputum has been demonstrated in proof-of-principle studies of the microscopic-observation drug-susceptibility (MODS) assay, in which broth cultures are examined microscopically to detect characteristic growth.

To examine the impact of tropical rain-forest destruction on malaria, we conducted a year-long study of the rates at which the primary malaria vector in the Amazon, Anopheles darlingi, fed on humans in areas with varying degrees of ecological alteration in the Peruvian Amazon. Mosquitoes were collected by human biting catches along the Iquitos-Nauta road at sites selected for type of vegetation and controlled for human presence. Deforested sites had an A. darlingi biting rate that was more than 278 times higher than the rate determined for areas that were predominantly forested. Our results indicate that A. darlingi displays significantly increased human-biting activity in areas that have undergone deforestation and development associated with road development.

Organisms referred to as “cyanobacterium-like bodies” have now been identified worldwide in the feces of both immunocompetent and immunocompromised patients with diarrhea. Organisms with a similar appearance have been isolated from Peruvian patients since 1985. From 1988 to 1991 we studied prospectively two cohorts of infants and young children infected with this organism. We now attempt to identify it.

Adherence by Helicobacter pylori increases the risk of gastric disease. Here, we report that more than 95% of strains that bind fucosylated blood group antigen bind A, B, and O antigens (generalists), whereas 60% of adherent South American Amerindian strains bind blood group O antigens best (specialists). This specialization coincides with the unique predominance of blood group O in these Amerindians. Strains differed about 1500-fold in binding affinities, and diversifying selection was evident in babA sequences. We propose that cycles of selection for increased and decreased bacterial adherence contribute to babA diversity and that these cycles have led to gradual replacement of generalist binding by specialist binding in blood group O–dominant human populations.

Background Institutional transmission of airborne infections such as tuberculosis (TB) is an important public health problem, especially in resource-limited settings where protective measures such as negative-pressure isolation rooms are difficult to implement. Natural ventilation may offer a low-cost alternative. Our objective was to investigate the rates, determinants, and effects of natural ventilation in health care settings. Methods and Findings The study was carried out in eight hospitals in Lima, Peru; five were hospitals of “old-fashioned” design built pre-1950, and three of “modern” design, built 1970–1990. In these hospitals 70 naturally ventilated clinical rooms where infectious patients are likely to be encountered were studied. These included respiratory isolation rooms, TB wards, respiratory wards, general medical wards, outpatient consulting rooms, waiting rooms, and emergency departments. These rooms were compared with 12 mechanically ventilated negative-pressure respiratory isolation rooms built post-2000. Ventilation was measured using a carbon dioxide tracer gas technique in 368 experiments. Architectural and environmental variables were measured. For each experiment, infection risk was estimated for TB exposure using the Wells-Riley model of airborne infection. We found that opening windows and doors provided median ventilation of 28 air changes/hour (ACH), more than double that of mechanically ventilated negative-pressure rooms ventilated at the 12 ACH recommended for high-risk areas, and 18 times that with windows and doors closed (p < 0.001). Facilities built more than 50 years ago, characterised by large windows and high ceilings, had greater ventilation than modern naturally ventilated rooms (40 versus 17 ACH; p < 0.001). Even within the lowest quartile of wind speeds, natural ventilation exceeded mechanical (p < 0.001). The Wells-Riley airborne infection model predicted that in mechanically ventilated rooms 39% of susceptible individuals would become infected following 24 h of exposure to untreated TB patients of infectiousness characterised in a well-documented outbreak. This infection rate compared with 33% in modern and 11% in pre-1950 naturally ventilated facilities with windows and doors open. Conclusions Opening windows and doors maximises natural ventilation so that the risk of airborne contagion is much lower than with costly, maintenance-requiring mechanical ventilation systems. Old-fashioned clinical areas with high ceilings and large windows provide greatest protection. Natural ventilation costs little and is maintenance free, and is particularly suited to limited-resource settings and tropical climates, where the burden of TB and institutional TB transmission is highest. In settings where respiratory isolation is difficult and climate permits, windows and doors should be opened to reduce the risk of airborne contagion.

Neurocysticercosis is the main cause of adult-onset seizures in the developing world. Whether therapy with antiparasitic agents results in improved seizure control has been questioned because of the lack of adequate, controlled studies.

To investigate three possible causes of the acute hemolysis in the hemolytic-uremic syndrome, we studied prospectively 207 children and 34 adults with shigellosis in Bangladesh. Nineteen children showed acute hemolytic anemia, a leukemoid reaction, thrombocytopenia and oliguria; nine other had, in addition, a serum urea nitrogen level of over 100 mg per diciliter. Eight of the nine had pseudomembranous colitis, and six of the nine died. The frequency of bacteremia was similar in all grades of shigellosis. Circulating immune complexes were found in 10 of 20 patients with uncomplicated shigellosis and in four of six with severe hemolytic-uremic syndrome. Limulus assay for endotoxemia was positive in nine of 18 patients with hemolysis (50 per cent) and three of 61 with uncomplicated shigellosis (5 per cent) (P less than 0.001). These data support the hypothesis that severe colitis in shigellosis is associated with circulating endotoxin from the colon producing coagulopathy, renal microangiopathy and hemolytic anemia.