Abstract Suppressed recombination around a sex-determining locus allows divergence between homologous sex chromosomes and the functionality of their genes. Here, we reveal patterns of the earliest stages of sex-chromosome evolution in the diploid dioecious herb Mercurialis annua on the basis of cytological analysis, de novo genome assembly and annotation, genetic mapping, exome resequencing of natural populations, and transcriptome analysis. Both genetic mapping and exome resequencing of individuals across the species range independently identified the largest linkage group, LG1, as the sex chromosome. Although the sex chromosomes of M. annua are karyotypically homomorphic, we estimate that about a third of the Y chromosome has ceased recombining, a region containing 568 transcripts and spanning 22.3 cM in the corresponding female map. Patterns of gene expression hint at the possible role of sexually antagonistic selection in having favored suppressed recombination. In total, the genome assembly contained 34,105 expressed genes, of which 10,076 were assigned to linkage groups. There was limited evidence of Y-chromosome degeneration in terms of gene loss and pseudogenization, but sequence divergence between the X and Y copies of many sex-linked genes was higher than between M. annua and its dioecious sister species M. huetii with which it shares a sex-determining region. The Mendelian inheritance of sex in interspecific crosses, combined with the other observed pattern, suggest that the M. annua Y chromosome has at least two evolutionary strata: a small old stratum shared with M. huetii , and a more recent larger stratum that is probably unique to M. annua and that stopped recombining about one million years ago. Article summary Plants that evolved separate sexes (dioecy) recently are ideal models for studying the early stages of sex-chromosome evolution. Here, we use karyological, whole genome and transcriptome data to characterize the homomorphic sex chromosomes of the annual dioecious plant Mercurialis annua . Our analysis reveals many typical hallmarks of dioecy and sex-chromosome evolution, including sex-biased gene expression and high X/Y sequence divergence, yet few premature stop codons in Y-linked genes and very little outright gene loss, despite 1/3 of the sex chromosome having ceased recombination in males. Our results confirm that the M. annua species complex is a fertile system for probing early stages in the evolution of sex chromosomes.

Chronic lymphocytic leukaemia (CLL) is characterised by considerable clinical and biological heterogeneity, with specific recurrent genomic alterations, including TP53 mutations, deletions of chromosome 17p, and IgHV mutational status, impacting on response to chemo-immunotherapy and targeted agents. Consequently, diagnostic screening for these predictive biomarkers is recommended in both national and international clinical guidelines. Current conventional methods, including fluorescent in-situ hybridisation and Sanger sequencing, exhibit shortcomings in terms of cost, speed and sensitivity, and even second-generation sequencing methods encounter technical limitations imposed by short-read lengths and bio-informatics analysis. The MinION platform from Oxford Nanopore Technologies generates exceptionally long (1-100kbp) read lengths in a short period of time and at low cost, making it a good candidate for diagnostic testing. In this paper, we present a nanopore-based CLL-specific screening assay, to simultaneously screen for both TP53 mutations and del17p13.1, as well as determining the IgHV mutation status for a single patient in one sequencing run. We sequenced 11 CLL patients and were able to generate a full diagnostic dataset for all. We identified somatic SNVs and indels in the coding region of TP53, and demonstrate that, following error correction of the data, we could accurately define the somatically hypermutated IgHV region in all patients. We also demonstrated the ability of the MinION platform to detect large-scale genomic deletions through low-coverage whole-genome sequencing. We conclude that nanopore sequencing has the potential to provide accurate, low-cost and rapid diagnostic information, which could be applied to other cancer types.

Epstein-Barr virus (EBV)-positive Burkitt lymphoma (BL) affects children in sub-Saharan Africa, but diagnosis via tissue biopsy is challenging. We explored a liquid biopsy approach using targeted next-generation sequencing to detect the The panel included targets for the characteristic The next-generation sequencing panel detected three of four This analysis demonstrates the potential of liquid biopsy to improve BL diagnosis in settings with limited pathology resources. Validation of our approach in a larger data set is needed.