TM
Tapan Mondal
Author with expertise in Health Effects of Tea Polyphenols
Achievements
Open Access Advocate
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
4
(100% Open Access)
Cited by:
11
h-index:
26
/
i10-index:
54
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Draft genome sequence of a popular Indian tea genotype TV-1 [Camellia assamica L. (O). Kunze]

Tapan Mondal et al.Sep 9, 2019
ABSTRACT Camellia assamica L . ( O ). Kuntze. var. TV-1 from Assam, India is one of the most important tea cultivar of Indian Tea Industry which botanically belongs to Assam type and has distinct morphological as well as chemical constituent in leaf than China type of tea. We here present the first draft genome sequence of TV-1, assembled in 2.93 Gb size comprising of 14,824 scaffolds and covering 97.66% of the predicted genome size (3.0 Gb) as determined by flow cytometry. The N50 value, longest and average contig size for this draft genome was found to be as 538.96 Kb, 3.64 Mb and 197.99 Kb, respectively. There were 495,747 SSRs (Di- to Hexa-mers) in the genome and the repeat contents accounted for 71.87% of the genome. About 94.40% genome completeness was predicted with BUSCO, maximum among the published and reported tea genomes. The clustering of the assembled genome with Hi-C data resulted in 15 clusters ranging from the size of 631.46 Mb to 14.39 Mb and accounting 99.32% of assembled genome. This data will act as the starting point for unravelling the important genes and differentiating Indian tea from other commercially available tea varieties.
0
Citation9
0
Save
9

C4 photosynthesis with Kranz anatomy evolved in the Oryza coarctata Roxb

Soni Chowrasia et al.Jul 13, 2020
Abstract The C4 cycle is a complex biochemical pathway that has been evolved in plants to deal with the adverse environmental conditions. Mostly C4 plants grow in arid, water-logged area or poor nutrient habitats. Wild species, Oryza coarctata (genome type KKLL; chromosome number (4x) =48, genome size 665 Mb) belongs to the genus of Oryza which thrives well under high saline as well as submerged conditions. Here, we report for the first time that O. coarctata is a C4 plant by observing the increased biomass growth, morphological features such as vein density, anatomical features including ultrastuctural characteristics as well as expression patterns of C4 related genes. Leaves of O. coarctata have higher vein density and possess Kranz anatomy. The ultrastructural observation showed chloroplast dimorphism i.e. presence of agranal chloroplasts in bundle sheath cells whereas, mesophyll cells contain granal chloroplasts. The cell walls of bundle sheath cells contain tangential suberin lamella. The transcript level of C4 specific genes such as phosphoenolpyruvate carboxylase, pyruvate orthophosphate dikinase, NADP-dependent malic enzyme and malate dehydrogenase was higher in leaves of O. coarctata compare to high yielding rice cultivar (IR-29). These anatomical, ultra structural as well as molecular changes in O. coarctata for C4 photosynthesis adaptation might be might be due to its survival in wide diverse condition from aquatic to saline submerged condition. Being in the genus of Oryza , this plant could be potential donor for production of C4 rice in future through conventional breeding, as successful cross with rice has already been reported.
9
Citation1
0
Save