ABSTRACT Camellia assamica L . ( O ). Kuntze. var. TV-1 from Assam, India is one of the most important tea cultivar of Indian Tea Industry which botanically belongs to Assam type and has distinct morphological as well as chemical constituent in leaf than China type of tea. We here present the first draft genome sequence of TV-1, assembled in 2.93 Gb size comprising of 14,824 scaffolds and covering 97.66% of the predicted genome size (3.0 Gb) as determined by flow cytometry. The N50 value, longest and average contig size for this draft genome was found to be as 538.96 Kb, 3.64 Mb and 197.99 Kb, respectively. There were 495,747 SSRs (Di- to Hexa-mers) in the genome and the repeat contents accounted for 71.87% of the genome. About 94.40% genome completeness was predicted with BUSCO, maximum among the published and reported tea genomes. The clustering of the assembled genome with Hi-C data resulted in 15 clusters ranging from the size of 631.46 Mb to 14.39 Mb and accounting 99.32% of assembled genome. This data will act as the starting point for unravelling the important genes and differentiating Indian tea from other commercially available tea varieties.

Abstract Tea is an important plantation crop of some Asian and African countries. Based upon the morphological characteristics, tea is classified botanically into 2 main types i.e. Assam and China, which are morphologically very distinct. Further, they are so easily pollinated among themselves, that a third category, Cambod type is also described. Although the general consensus of origin of tea is India, Burma and China joining area, yet specific origin of China and Assam tea are not yet clear. In the present study, we made an attempt to understand the origin of Indian tea through the comparative analysis of different chloroplast (cp) genomes under the Camellia genus. Cp genome based phylogenetic analysis indicated that Indian Assam Tea, TV-1 formed a different group from that of China tea, indicating that TV-1 might have undergone different domestication and hence owe different origin. The simple sequence repeats (SSRs) analysis and codon usage distribution pattern also supported the clustering order in the cp genome based phylogenetic tree.