The goal of this study was to better estimate the prevalence and severity of childhood food allergy in the United States.A randomized, cross-sectional survey was administered electronically to a representative sample of US households with children from June 2009 to February 2010. Eligible participants included adults (aged 18 years or older) able to complete the survey in Spanish or English who resided in a household with at least 1 child younger than 18 years. Data were adjusted using both base and poststratification weights to account for potential biases from sampling design and nonresponse. Data were analyzed as weighted proportions to estimate prevalence and severity of food allergy. Multiple logistic regression models were constructed to identify characteristics significantly associated with outcomes.Data were collected for 40 104 children; incomplete responses for 1624 children were excluded, which yielded a final sample of 38 480. Food allergy prevalence was 8.0% (95% confidence interval [CI]: 7.6-8.3). Among children with food allergy, 38.7% had a history of severe reactions, and 30.4% had multiple food allergies. Prevalence according to allergen among food-allergic children was highest for peanut (25.2% [95% CI: 23.3-27.1]), followed by milk (21.1% [95% CI: 19.4-22.8]) and shellfish (17.2% [95% CI: 15.6-18.9]). Odds of food allergy were significantly associated with race, age, income, and geographic region. Disparities in food allergy diagnosis according to race and income were observed.Findings suggest that the prevalence and severity of childhood food allergy is greater than previously reported. Data suggest that disparities exist in the clinical diagnosis of disease.

BackgroundAsthma is an inflammatory condition often punctuated by episodic symptomatic worsening, and accordingly, patients with asthma might have waxing and waning adherence to controller therapy.ObjectiveWe sought to measure changes in inhaled corticosteroid (ICS) adherence over time and to estimate the effect of this changing pattern of use on asthma exacerbations.MethodsICS adherence was estimated from electronic prescription and fill information for 298 participants in the Study of Asthma Phenotypes and Pharmacogenomic Interactions by Race-Ethnicity. For each patient, we calculated a moving average of ICS adherence for each day of follow-up. Asthma exacerbations were defined as the need for oral corticosteroids, an asthma-related emergency department visit, or an asthma-related hospitalization. Proportional hazard models were used to assess the relationship between ICS medication adherence and asthma exacerbations.ResultsAdherence to ICS medications began to increase before the first asthma exacerbation and continued afterward. Adherence was associated with a reduction in exacerbations but was only statistically significant among patients whose adherence was greater than 75% of the prescribed dose (hazard ratio, 0.61; 95% CI, 0.41-0.90) when compared with patients whose adherence was 25% or less. This pattern was largely confined to patients whose asthma was not well controlled initially. An estimated 24% of asthma exacerbations were attributable to ICS medication nonadherence.ConclusionsICS adherence varies in the time period leading up to and after an asthma exacerbation, and nonadherence likely contributes to a large number of these exacerbations. High levels of adherence are likely required to prevent these events. Asthma is an inflammatory condition often punctuated by episodic symptomatic worsening, and accordingly, patients with asthma might have waxing and waning adherence to controller therapy. We sought to measure changes in inhaled corticosteroid (ICS) adherence over time and to estimate the effect of this changing pattern of use on asthma exacerbations. ICS adherence was estimated from electronic prescription and fill information for 298 participants in the Study of Asthma Phenotypes and Pharmacogenomic Interactions by Race-Ethnicity. For each patient, we calculated a moving average of ICS adherence for each day of follow-up. Asthma exacerbations were defined as the need for oral corticosteroids, an asthma-related emergency department visit, or an asthma-related hospitalization. Proportional hazard models were used to assess the relationship between ICS medication adherence and asthma exacerbations. Adherence to ICS medications began to increase before the first asthma exacerbation and continued afterward. Adherence was associated with a reduction in exacerbations but was only statistically significant among patients whose adherence was greater than 75% of the prescribed dose (hazard ratio, 0.61; 95% CI, 0.41-0.90) when compared with patients whose adherence was 25% or less. This pattern was largely confined to patients whose asthma was not well controlled initially. An estimated 24% of asthma exacerbations were attributable to ICS medication nonadherence. ICS adherence varies in the time period leading up to and after an asthma exacerbation, and nonadherence likely contributes to a large number of these exacerbations. High levels of adherence are likely required to prevent these events.

Self-identified race or ethnic group is used to determine normal reference standards in the prediction of pulmonary function. We conducted a study to determine whether the genetically determined percentage of African ancestry is associated with lung function and whether its use could improve predictions of lung function among persons who identified themselves as African American.

Rationale: Air pollution is a known asthma trigger and has been associated with short-term asthma symptoms, airway inflammation, decreased lung function, and reduced response to asthma rescue medications.Objectives: To assess a causal relationship between air pollution and childhood asthma using data that address temporality by estimating air pollution exposures before the development of asthma and to establish the generalizability of the association by studying diverse racial/ethnic populations in different geographic regions.Methods: This study included Latino (n = 3,343) and African American (n = 977) participants with and without asthma from five urban regions in the mainland United States and Puerto Rico. Residential history and data from local ambient air monitoring stations were used to estimate average annual exposure to five air pollutants: ozone, nitrogen dioxide (NO2), sulfur dioxide, particulate matter not greater than 10 μm in diameter, and particulate matter not greater than 2.5 μm in diameter. Within each region, we performed logistic regression to determine the relationship between early-life exposure to air pollutants and subsequent asthma diagnosis. A random-effects model was used to combine the region-specific effects and generate summary odds ratios for each pollutant.Measurements and Main Results: After adjustment for confounders, a 5-ppb increase in average NO2 during the first year of life was associated with an odds ratio of 1.17 for physician-diagnosed asthma (95% confidence interval, 1.04–1.31).Conclusions: Early-life NO2 exposure is associated with childhood asthma in Latinos and African Americans. These results add to a growing body of evidence that traffic-related pollutants may be causally related to childhood asthma.

Bronchial airway expression profiling has identified inflammatory subphenotypes of asthma, but the invasiveness of this technique has limited its application to childhood asthma.

In clinical practice and biomedical research populations are often divided categorically into distinct racial/ethnic groups. In reality, these categories, which are based on social rather than biological constructs, comprise diverse groups with highly heterogeneous histories, cultures, traditions, religions, social and environmental exposures and ancestral backgrounds. Their use is thus widely debated and genetic ancestry has been suggested as a complement or alternative to this categorization. However, few studies have examined the relative contributions of racial/ethnic identity, genetic ancestry, and environmental exposures on well-established and fundamental biological processes. We examined the associations between ethnicity, ancestry, and environmental exposures and DNA methylation. We typed over 450,000 CpG sites in primary whole blood of 573 individuals of diverse Hispanic descent who also had high-density genotype data. We found that both self-identified ethnicity and genetically determined ancestry were significantly associated with methylation levels at a large number of CpG sites (916 and 194, respectively). Among loci differentially methylated between ethnic groups, a median of 75.7% (IQR 45.8% to 92%) of the variance in methylation associated with ethnicity could be accounted for by shared genomic ancestry accounts. We also found significant enrichment (p = 4.2 × 10-64) of ethnicity-associated sites amongst loci previously associated with environmental and social exposures, particularly maternal smoking during pregnancy. Our study suggests that although differential methylation between ethnic groups can be partially explained by the shared genetic ancestry, a significant effect of ethnicity is likely due to environmental, social, or cultural factors, which differ between ethnic groups.

Asthma is the most common chronic disease of children, with significant racial/ethnic differences in prevalence, morbidity, mortality and therapeutic response. Albuterol, a bronchodilator medication, is the first-line therapy for asthma treatment worldwide. We performed the largest whole genome sequencing (WGS) pharmacogenetics study to date using data from 1,441 minority children with asthma who had extremely high or low bronchodilator drug response (BDR). We identified population-specific and shared pharmacogenetic variants associated with BDR, including genome-wide significant (p < 3.53 x 10-7) and suggestive (p < 7.06 x 10-6) loci near genes previously associated with lung capacity (DNAH5), immunity (NFKB1 and PLCB1), and β-adrenergic signaling pathways (ADAMTS3 and COX18). Functional analyses centered on NFKB1 revealed potential regulatory function of our BDR-associated SNPs in bronchial smooth muscle cells. Specifically, these variants are in linkage disequilibrium with SNPs in a functionally active enhancer, and are also expression quantitative trait loci (eQTL) for a neighboring gene, SLC39A8. Given the lack of other asthma study populations with WGS data on minority children, replication of our rare variant associations is infeasible. We attempted to replicate our common variant findings in five independent studies with GWAS data. The age-specific associations previously found in asthma and asthma-related traits suggest that the over-representation of adults in our replication populations may have contributed to our lack of statistical replication, despite the functional relevance of the NFKB1 variants demonstrated by our functional assays. Our study expands the understanding of pharmacogenetic analyses in racially/ethnically diverse populations and advances the foundation for precision medicine in at-risk and understudied minority populations.

BACKGROUND: Asthma is a complex disease with striking disparities across racial and ethnic groups, which may be partly attributable to genetic factors. One of the main goals of the Consortium on Asthma among African-ancestry Populations in the Americas (CAAPA) is to discover genes conferring risk to asthma in populations of African descent. METHODS: We performed a genome-wide meta-analysis of asthma across 11 CAAPA datasets (4,827 asthma cases and 5,397 controls), genotyped on the African Diaspora Power Chip (ADPC) and including existing GWAS array data. The genotype data were imputed up to a whole genome sequence reference panel from n=880 African ancestry individuals for a total of 61,904,576 SNPs. Statistical models appropriate to each study design were used to test for association, and results were combined using the weighted Z-score method. We also used admixture mapping as a complementary approach to identify loci involved in asthma pathogenesis in subjects of African ancestry. RESULTS: SNPs rs787160 and rs17834780 on chromosome 2q22·3 were significantly associated with asthma (p=6 ·57×10−9 and 2·97 × 10−8 respectively). These SNPs lie in the intergenic region between the Rho GTPase Activating Protein 15 (ARHGAP15) and Glycosyltransferase Like Domain Containing 1 (GTDC1) genes. Four low frequency variants on chromosome 1q21.3, which may be involved in the "atopic march" and which are not polymorphic in Europeans, also showed evidence for association with asthma (1·18 × 10−6 ≤p≤3·06 ×10 −6). SNP rs11264909 on chromosome 1q23·1, close to a region previously identified by the EVE asthma meta-analysis as having a putative African ancestry specific effect, only showed differences in counts in subjects homozygous for alleles of African ancestry. Admixture mapping also identified a significantly associated region on chromosome 6q23·2, which includes the Transcription Factor 21 (TCF21) gene, previously shown to be differentially expressed in bronchial tissues of asthmatics and non-asthmatics. CONCLUSIONS: We have identified a number of novel asthma association signals warranting further investigation.

Coronavirus disease 2019 (COVID-19) outcomes vary from asymptomatic infection to death. This disparity may reflect different airway levels of the SARS-CoV-2 receptor, ACE2, and the spike protein activator, TMPRSS2. Here we explore the role of genetics and co-expression networks in regulating these genes in the airway, through the analysis of nasal airway transcriptome data from 695 children. We identify expression quantitative trait loci (eQTL) for both ACE2 and TMPRSS2, that vary in frequency across world populations. Importantly, we find TMPRSS2 is part of a mucus secretory network, highly upregulated by T2 inflammation through the action of interleukin-13, and that interferon response to respiratory viruses highly upregulates ACE2 expression. Finally, we define airway responses to coronavirus infections in children, finding that these infections upregulate IL6 while also stimulating a more pronounced cytotoxic immune response relative to other respiratory viruses. Our results reveal mechanisms likely influencing SARS-CoV-2 infectivity and COVID-19 clinical outcomes.### Competing Interest StatementThe authors have declared no competing interest.

Abstract Telomere length genome-wide association studies (GWAS) have become well-powered to detect novel genes in telomere length regulation. However, no prior work has validated these putative novel genes to confirm the contribution of GWAS loci to telomere length regulation. We conducted a trans-ancestry meta-analysis of 211,369 individuals. Through enrichment analyses of chromatin state and cell-type heritability we identified blood and immune cells as the most relevant cell type to examine telomere length association signals. We validated specific GWAS associations by overexpressing KBTBD6 , a component of an E3 ubiquitin ligase complex, and POP5 , a component of the Ribonuclease P/MRP complex, and demonstrating that both lengthened telomeres as predicted by our statistical analyses. CRISPR/Cas9 deletion of the predicted causal regions of these association peaks in K562 immortalized blood cells reduced expression of these genes, demonstrating that these loci are related to transcriptional regulation of KBTBD6 and POP5 , respectively. Together our results demonstrate the utility of telomere length GWAS in the identification of novel telomere length regulation mechanisms and highlight the importance of the proteasome-ubiquitin pathway in telomere length regulation.