Zika virus (ZIKV) is an emergent threat provoking a worldwide explosive outbreak. Since January 2015, 41 countries reported autochthonous cases. In Brazil, an increase in Guillain-Barré syndrome and microcephaly cases was linked to ZIKV infections. A recent report describing low experimental transmission efficiency of its main putative vector, Ae. aegypti, in conjunction with apparent sexual transmission notifications, prompted the investigation of other potential sources of viral dissemination. Urine and saliva have been previously established as useful tools in ZIKV diagnosis. Here, we described the presence and isolation of infectious ZIKV particles from saliva and urine of acute phase patients in the Rio de Janeiro state, Brazil.Nine urine and five saliva samples from nine patients from Rio de Janeiro presenting rash and other typical Zika acute phase symptoms were inoculated in Vero cell culture and submitted to specific ZIKV RNA detection and quantification through, respectively, NAT-Zika, RT-PCR and RT-qPCR. Two ZIKV isolates were achieved, one from urine and one from saliva specimens. ZIKV nucleic acid was identified by all methods in four patients. Whenever both urine and saliva samples were available from the same patient, urine viral loads were higher, corroborating the general sense that it is a better source for ZIKV molecular diagnostic. In spite of this, from the two isolated strains, each from one patient, only one derived from urine, suggesting that other factors, like the acidic nature of this fluid, might interfere with virion infectivity. The complete genome of both ZIKV isolates was obtained. Phylogenetic analysis revealed similarity with strains previously isolated during the South America outbreak.The detection of infectious ZIKV particles in urine and saliva of patients during the acute phase may represent a critical factor in the spread of virus. The epidemiological relevance of this finding, regarding the contribution of alternative non-vectorial ZIKV transmission routes, needs further investigation.

Summary The resurgence of yellow fever in South America has prompted mitigation through vaccination against the etiologic agent, yellow fever virus (YFV). Current vaccines are based on a virulent African isolate, and their capacity to induce neutralizing antibodies against the vaccine strain is widely used as a surrogate for protection. However, the sensitivity of genetically distinct South American strains to vaccine-induced antibodies is unknown. Here, we show that antiviral potency of the polyclonal antibody response in both U.S. and Brazilian vaccinees is attenuated against an emergent Brazilian strain. This reduction was attributable to genetic changes at two sites in the central domain II of the glycoprotein E, including the acquisition of an N –linked glycosylation site, which are unique to and shared among most South American YFV strains. Our findings call for a reevaluation of current approaches to YFV immunological surveillance in South America and suggest approaches for designing updated vaccines.

Zika virus (ZIKV) is an emergent threat provoking a worldwide explosive outbreak. Since January 2015, 41 countries reported autochthonous cases. In Brazil, an increase in Guillain-Barré syndrome and microcephaly cases was linked to ZIKV infections. A recent report describing low experimental transmission efficiency of its main putative vector, Ae. aegypti, in conjunction with apparent sexual transmission notifications prompted the investigation of other potential sources of viral dissemination. Urine and saliva have been previously established as useful tools in ZIKV diagnosis. However, no evidence regarding the infectivity of ZIKV particles present in saliva and urine has been obtained yet. Nine urine and five saliva samples from nine patients from Rio de Janeiro presenting rash and other typical Zika acute phase symptoms were inoculated in Vero cell culture and submitted to specific ZIKV RNA detection and quantification through, respectively, NAT-Zika, RT-PCR and RT-qPCR. Two ZIKV isolates were achieved, one from urine and one from saliva specimens. ZIKV nucleic acid was identified by all methods in four patients. Whenever both urine and saliva samples were available from the same patient, urine viral loads were higher, corroborating the general sense that it is a better source for ZIKV molecular diagnostic. In spite of this, from the two isolated strains, each from one patient, only one derived from urine, suggesting that other factors, like the acidic nature of this fluid, might interfere with virion infectivity. The complete genome of both ZIKV isolates was obtained. Phylogenetic analysis revealed similarity with strains previously isolated during the South America outbreak. The detection of infectious ZIKV particles in urine and saliva of patients during the acute phase may represent a critical factor in the spread of virus. The epidemiological relevance of this finding, regarding the contribution of alternative non vectorial ZIKV transmission routes, needs further investigation.

The current outbreak of yellow fever virus (YFV) that is afflicting Brazil since the end of 2016 probably originated from a re-introduction of YFV from endemic areas into the non-endemic Southeastern Brazil. However, the lack of genomic sequences from endemic regions hinders the tracking of YFV's dissemination routes. We assessed the origin and spread of the ongoing YFV Brazilian outbreak analyzing a new set of YFV strains infecting humans, non-human primates (NHP) and mosquitoes sampled across five Brazilian states from endemic and non-endemic regions between 2015 and 2018. We found two YFV sub-clade 1E lineages circulating in NHP from Goiás state (GO), resulting from independent viral introductions into the Araguaia tributary river basin: while the strain from 2017 clustered intermingled with Venezuelan YFV strains from 2000, the YFV strain sampled in 2015 clustered with sequences of the current YFV outbreak in the Brazilian Southeastern region (named YFV2015-2018 lineage), displaying the same molecular signature associated to the current YFV outbreak. After its introduction in GO at around mid-2014, the YFV2015-2018 lineage followed two paths of dissemination outside GO, originating two major YFV sub-lineages: 1) the YFVMG/ES/RJ sub-lineage spread sequentially from the eastern area of Minas Gerais state to Espírito Santo and then to Rio de Janeiro states, following the Southeast Atlantic basin; 2) the YFVMG/SP sub-lineage spread from the southwestern area of Minas Gerais to the metropolitan region of São Paulo state, following the Paraná basin. These results indicate the ongoing YFV outbreak in Southeastern Brazil originated from a dissemination event from GO almost two years before its recognition at the end of 2016. From GO this lineage was introduced in Minas Gerais state at least two times, originating two sub-lineages that followed different routes towards densely populated areas. The spread of YFV outside endemic regions for at least four years stresses the imperative importance of the continuous monitoring of YFV to aid decision-making for effective control policies aiming the increase of vaccination coverage to avoid the YFV transmission in densely populated urban centers.