The complete nucleotide sequence of the genome of a symbiotic bacterium Bradyrhizobium japonicum USDA110 was determined. The genome of B. japonicum was a single circular chromosome 9,105,828 bp in length with an average GC content of 64.1%. No plasmid was detected. The chromosome comprises 8317 potential protein-coding genes, one set of rRNA genes and 50 tRNA genes. Fifty-two percent of the potential protein genes showed sequence similarity to genes of known function and 30% to hypothetical genes. The remaining 18% had no apparent similarity to reported genes. Thirty-four percent of the B. japonicum genes showed significant sequence similarity to those of both Mesorhizobium loti and Sinorhizobium meliloti , while 23% were unique to this species. A presumptive symbiosis island 681 kb in length, which includes a 410-kb symbiotic region previously reported by Göttfert et al., was identified. Six hundred fifty-five putative protein-coding genes were assigned in this region, and the functions of 301 genes, including those related to symbiotic nitrogen fixation and DNA transmission, were deduced. A total of 167 genes for transposases/104 copies of insertion sequences were identified in the genome. It was remarkable that 100 out of 167 transposase genes are located in the presumptive symbiotic island. DNA segments of 4 to 97 kb inserted into tRNA genes were found at 14 locations in the genome, which generates partial duplication of the target tRNA genes. These observations suggest plasticity of the B. japonicum genome, which is probably due to complex genome rearrangements such as horizontal transfer and insertion of various DNA elements, and to homologous recombination.

The whole genome of Jatropha curcas was sequenced, using a combination of the conventional Sanger method and new-generation multiplex sequencing methods. Total length of the non-redundant sequences thus obtained was 285 858 490 bp consisting of 120 586 contigs and 29 831 singlets. They accounted for ∼95% of the gene-containing regions with the average G + C content was 34.3%. A total of 40 929 complete and partial structures of protein encoding genes have been deduced. Comparison with genes of other plant species indicated that 1529 (4%) of the putative protein-encoding genes are specific to the Euphorbiaceae family. A high degree of microsynteny was observed with the genome of castor bean and, to a lesser extent, with those of soybean and Arabidopsis thaliana. In parallel with genome sequencing, cDNAs derived from leaf and callus tissues were subjected to pyrosequencing, and a total of 21 225 unigene data have been generated. Polymorphism analysis using microsatellite markers developed from the genomic sequence data obtained was performed with 12 J. curcas lines collected from various parts of the world to estimate their genetic diversity. The genomic sequence and accompanying information presented here are expected to serve as valuable resources for the acceleration of fundamental and applied research with J. curcas, especially in the fields of environment-related research such as biofuel production. Further information on the genomic sequences and DNA markers is available at http://www.kazusa.or.jp/jatropha/.

Abstract Cultivated strawberry ( Fragaria × ananassa ) is an octoploid species (2n = 8x= 56) that is widely consumed around the world as both fresh and processed fruit. In this study, we report a chromosome-scale strawberry genome assembly of a Japanese variety, Reikou. The Illumina short reads derived from paired-end, mate-pair, and 10X Genomics libraries were assembled using Denovo MAGIC 3.0. The generated phased scaffolds consisted of 32,715 sequences with a total length of 1.4 Gb and an N50 length of 3.9 Mb. A total of 63 pseudomolecules including chr0 were created by aligning the scaffolds onto the Reikou S1 linkage maps with the IStraw90 Axiom SNP array and ddRAD-Seq. Meanwhile, genomes of diploid Fragaria species were resequenced and compared with the most similar chromosome-scale scaffolds to investigate the possible progenitor of each subgenome. Clustering analysis suggested that the most likely progenitors were F. vesca and F. iinumae . The phased pseudomolecules were assigned the scaffolds names with Av, Bi, and X, representing sequence similarity with F. vesca (Av), F. iinumae (Bi), and others (X), respectively. The result of a comparison with the Camerosa genome suggested the possibility of subgenome structure differences between the two varieties.