Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
WG
Wilhelm Gruissem
Author with expertise in Plant-Parasitic Nematodes in Molecular Plant Pathology
Achievements
This user has not unlocked any achievements yet.
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
5
(40% Open Access)
Cited by:
0
h-index:
30
/
i10-index:
48
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

A RETINOBLASTOMA-RELATED transcription factor network governs egg cell differentiation and stress response in Arabidopsis

Olga Kirioukhova-Johnston et al.Sep 18, 2019
The multicellular embryo, and ultimately the entire organism, is a derivative of the fertilized egg cell. Unlike in animals, transcription factor networks orchestrating faithful egg development are still largely unknown in plants. We have identified that egg cell differentiation in Arabidopsis require interplay between evolutionarily conserved onco-protein homologs RETINOBLASTOMA-RELATED (RBR) and redundant MYB proteins MYB64/MYB119. RBR physically interacts with the MYBs; and with plant-specific transcription factors belonging to the RWP-RK-domain (RKD) family and LEAFY COTYLEDON1 (LEC1), which participate in development of egg cells and inherent stress response. RBR binds to most of these egg cell-expressed loci at the DNA level, partially overlapping with sites of histone methylation H3K27me3. Since deregulation of RKDs phenocopies mutants of RBR and the MYBs in terms of cell proliferation in the egg cell spatial domain, all the corresponding proteins are likely required to restrict parthenogenetic cell divisions of the egg cells. Cross-talk among these transcription factors, and direct regulation by RBR, govern egg cell development and expression of egg-to-zygotic polarity factors of the WUSCHEL RELATED HOMEOBOX family. Together, a network of RBR-centric transcription factors underlies egg cell development and stress response, possibly, in combination with several other predicted nodes.
0

Photoperiodic control of the Arabidopsis proteome reveals a translational coincidence mechanism

Daniel Seaton et al.Aug 29, 2017
Plants respond to seasonal cues, such as the photoperiod, to adapt to current conditions and to prepare for environmental changes in the season to come. To assess photoperiodic responses at the protein level, we quantified the proteome of the model plant Arabidopsis thaliana by mass spectrometry across four photoperiods. This revealed coordinated changes of abundance in proteins of photosynthesis, primary and secondary metabolism, including pigment biosynthesis, consistent with higher metabolic activity in long photoperiods. Higher translation rates in the daytime than the night likely contribute to these changes via rhythmic changes in RNA abundance. Photoperiodic control of protein levels might be greatest only if high translation rates coincide with high transcript levels in some photoperiods. We term this proposed mechanism 'translational coincidence', mathematically model its components, and demonstrate its effect on the Arabidopsis proteome. Datasets from a green alga and a cyanobacterium suggest that translational coincidence contributes to seasonal control of the proteome in many phototrophic organisms. This may explain why many transcripts but not their cognate proteins exhibit diurnal rhythms.
7

Haplotype resolved DNA methylome of African cassava genome

Zhenhui Zhong et al.Sep 15, 2022
Cytosine DNA methylation is involved in biological processes such as transposable element (TE) silencing, imprinting, and X chromosome inactivation. Plant methylation is mediated by MET1 (mammalian DNMT1), DRM2 (mammalian DNMT3), and two plant-specific DNA methyltransferases, CMT2 and CMT3 (Law and Jacobsen, 2010). De novo DNA methylation in plants is established by DRM2 via the plant specific RNA-directed DNA methylation (RdDM) pathway that depends on two DNA-dependent RNA polymerases, Pol IV and Pol V (Gallego-Bartolome et al ., 2019; Law and Jacobsen, 2010; Stroud et al ., 2013). The DNA methylome of cassava has been previously documented based on its haploid collapsed genome (Wang et al ., 2015). Since the cassava genome is highly heterozygous, DNA methylome analysis of the haplotype-collapsed genome misses many features of the methylome. With the development of long read sequencing and chromosomal conformation capture techniques, haplotype resolved genomes are available for highly heterozygous genomes (Mansfeld et al ., 2021; Qi et al ., 2022; Zhou et al ., 2020), which provides high-quality reference genomes facilitating studies of haplotype resolved DNA methylomes.
3

The haplotype-resolved chromosome pairs and transcriptome of a heterozygous diploid African cassava cultivar

Weihong Qi et al.Nov 19, 2021
Abstract Background Cassava ( Manihot esculenta ) is an important clonally propagated food crop in tropical and sub-tropical regions worldwide. Genetic gain by molecular breeding is limited because cassava has a highly heterozygous, repetitive and difficult to assemble genome. Findings Here we demonstrate that Pacific Biosciences high-fidelity (HiFi) sequencing reads, in combination with the assembler hifiasm, produced genome assemblies at near complete haplotype resolution with higher continuity and accuracy compared to conventional long sequencing reads. We present two chromosome scale haploid genomes phased with Hi-C technology for the diploid African cassava variety TME204. Genome comparisons revealed extensive chromosome re-arrangements and abundant intra-genomic and inter-genomic divergent sequences despite high gene synteny, with most large structural variations being LTR-retrotransposon related. Allele-specific expression analysis of different tissues based on the haplotype-resolved transcriptome identified both stable and inconsistent alleles with imbalanced expression patterns, while most alleles expressed coordinately. Among tissue-specific differentially expressed transcripts, coordinately and biasedly regulated transcripts were functionally enriched for different biological processes. We use the reference-quality assemblies to build a cassava pan-genome and demonstrate its importance in representing the genetic diversity of cassava for downstream reference-guided omics analysis and breeding. Conclusions The haplotype-resolved genome allows the first systematic view of the heterozygous diploid genome organization in cassava. The completely phased and annotated chromosome pairs will be a valuable resource for cassava breeding and research. Our study may also provide insights into developing cost-effective and efficient strategies for resolving complex genomes with high resolution, accuracy and continuity.