Xylella fastidiosa is a fastidious, xylem-limited bacterium that causes a range of economically important plant diseases. Here we report the complete genome sequence of X. fastidiosa clone 9a5c, which causes citrus variegated chlorosis—a serious disease of orange trees. The genome comprises a 52.7% GC-rich 2,679,305-base-pair (bp) circular chromosome and two plasmids of 51,158 bp and 1,285 bp. We can assign putative functions to 47% of the 2,904 predicted coding regions. Efficient metabolic functions are predicted, with sugars as the principal energy and carbon source, supporting existence in the nutrient-poor xylem sap. The mechanisms associated with pathogenicity and virulence involve toxins, antibiotics and ion sequestration systems, as well as bacterium–bacterium and bacterium–host interactions mediated by a range of proteins. Orthologues of some of these proteins have only been identified in animal and human pathogens; their presence in X. fastidiosa indicates that the molecular basis for bacterial pathogenicity is both conserved and independent of host. At least 83 genes are bacteriophage-derived and include virulence-associated genes from other bacteria, providing direct evidence of phage-mediated horizontal gene transfer.

Many hypotheses have been proposed to explain high species diversity in Amazonia, but few generalizations have emerged. In part, this has arisen from the scarcity of rigorous tests for mechanisms promoting speciation, and from major uncertainties about palaeogeographic events and their spatial and temporal associations with diversification. Here, we investigate the environmental history of Amazonia using a phylogenetic and biogeographic analysis of trumpeters (Aves: Psophia ), which are represented by species in each of the vertebrate areas of endemism. Their relationships reveal an unforeseen ‘complete’ time-slice of Amazonian diversification over the past 3.0 Myr. We employ this temporally calibrated phylogeny to test competing palaeogeographic hypotheses. Our results are consistent with the establishment of the current Amazonian drainage system at approximately 3.0–2.0 Ma and predict the temporal pattern of major river formation over Plio-Pleistocene times. We propose a palaeobiogeographic model for the last 3.0 Myr of Amazonian history that has implications for understanding patterns of endemism, the temporal history of Amazonian diversification and mechanisms promoting speciation. The history of Psophia , in combination with new geological evidence, provides the strongest direct evidence supporting a role for river dynamics in Amazonian diversification, and the absence of such a role for glacial climate cycles and refugia.

Taxa with disjunct distributions are common in montane biotas and offer excellent opportunities to investigate historical processes underlying genetic and phenotypic divergence. In this context, subgenomic datasets offer novel opportunities to explore historical demography in detail, which is key to better understand the origins and maintenance of diversity in montane regions. Here we used a large ultraconserved elements dataset to get insights into the main biogeographic processes driving the evolution of the Montane Atlantic Forest biota. Specifically, we studied two species of warbling finches disjunctly distributed across a region of complex geological and environmental history. We found that a scenario of three genetically differentiated populations is best supported by genomic clustering methods. Also, demographic simulations support simultaneous isolation of these populations at ~10 kya, relatively stable population sizes over recent time, and recent gene flow. Our results suggest a dual role of climate: population divergence, mediated by isolation in mountain tops during warm periods, as well as population maintance - allowing persistence mediated by shifts in elevation distribution during periods of climate change, and promoting episodic contact and gene flow. Additional support for the role of climate comes from evidence of their contact in a recent past. We propose that two major gaps, which we call Sao Paulo and Caparao subtropical gaps, have been historically important in the divergence of cold adapted organisms in the Atlantic Forest, and could be associated to cryptic diversity. Finally, our results suggest that shallow divergence and past gene flow may be common in montane organisms, but complex demographic histories may be detectable only when using subgenomic or genomic datasets.

Abstract Aim We tested if historical demographic changes of populations occurring on the floodplains of a major Amazon Basin tributary could be associated with range expansions from upper and middle sections of the river, following the establishment of widespread river-created environments during the Late Pleistocene and Holocene. Location Solimoes River, Western Amazon, South America Taxon Myrmoborus lugubris, Thamnophilus cryptoleucus and Myrmotherula assimilis Methods : We analyzed thousands of UltraConserved Elements to explore spatial patterns of genetic diversity and connectivity between individuals. Range expansions were tested with alternative methods. We quantified habitat preference for the analyzed species in order to test if the occupation of dynamic habitats could predict spatial patterns of genetic diversity. Results Our study did not support shared population range expansions related to historical regionalized changes in habitat availability. We found considerable variation in the spatial distribution of the genetic diversity between studied taxa, and that species with higher levels of specialization to dynamic environments have a more heterogeneous distribution of genetic diversity and reduced levels of gene flow across space. Main conclusions Our results suggest that demographic expansions along the Solimões River might be linked to geographic homogeneous oscillation in the distribution of floodplain environments, promoting effective population size changes but not range expansion. We found that habitat specificity might be a good predictor of population connectivity along the Amazonian floodplains.