Glucocorticoid drugs are widely used to treat immune-related diseases, but their use is limited by side effects and by resistance, which especially occurs in macrophage-dominated diseases. In order to improve glucocorticoid therapies, more research is required into the mechanisms of glucocorticoid action. In the present study, we have used a zebrafish model for inflammation to study glucocorticoid effects on the innate immune response. In zebrafish larvae, the migration of neutrophils towards a site of injury is inhibited by the synthetic glucocorticoid beclomethasone, while migration of macrophages is glucocorticoid resistant. We show that wounding-induced increases in expression of genes encoding neutrophil-specific chemoattractants (Il8 and Cxcl18b) are attenuated by beclomethasone, but that beclomethasone does not attenuate the induction of the genes encoding Ccl2 and Cxcl11aa, which we show to be required for macrophage recruitment. RNA sequencing on Fluorescence-Activated Cell Sorting (FACS)-sorted macrophages showed that the vast majority of the wounding-induced transcriptional changes in these cells are inhibited by beclomethasone, whereas a small subset is glucocorticoid-insensitive. As a result, beclomethasone decreases the number of macrophages that differentiate towards a pro-inflammatory (M1) phenotype, which we demonstrated using a tnfa:eGFP-F reporter line and analysis of macrophage morphology. We conclude that the glucocorticoid resistance of the wounding-induced macrophage migration is due to the insensitivity of the induction of macrophage-specific chemoattractants to glucocorticoid inhibition, which may explain the relative resistance of macrophage-dominated diseases to glucocorticoid therapy. However, the induction of pro-inflammatory genes in macrophages is strongly attenuated, which inhibits their differentiation to an M1 phenotype.