The Ehlers–Danlos syndromes (EDS) are a clinically and genetically heterogeneous group of heritable connective tissue disorders (HCTDs) characterized by joint hypermobility, skin hyperextensibility, and tissue fragility. Over the past two decades, the Villefranche Nosology, which delineated six subtypes, has been widely used as the standard for clinical diagnosis of EDS. For most of these subtypes, mutations had been identified in collagen‐encoding genes, or in genes encoding collagen‐modifying enzymes. Since its publication in 1998, a whole spectrum of novel EDS subtypes has been described, and mutations have been identified in an array of novel genes. The International EDS Consortium proposes a revised EDS classification, which recognizes 13 subtypes. For each of the subtypes, we propose a set of clinical criteria that are suggestive for the diagnosis. However, in view of the vast genetic heterogeneity and phenotypic variability of the EDS subtypes, and the clinical overlap between EDS subtypes, but also with other HCTDs, the definite diagnosis of all EDS subtypes, except for the hypermobile type, relies on molecular confirmation with identification of (a) causative genetic variant(s). We also revised the clinical criteria for hypermobile EDS in order to allow for a better distinction from other joint hypermobility disorders. To satisfy research needs, we also propose a pathogenetic scheme, that regroups EDS subtypes for which the causative proteins function within the same pathway. We hope that the revised International EDS Classification will serve as a new standard for the diagnosis of EDS and will provide a framework for future research purposes. © 2017 Wiley Periodicals, Inc.

Recent advances in genome sequencing technologies provide unprecedented opportunities to characterize individual genomic landscapes and identify mutations relevant for diagnosis and therapy. Specifically, whole-exome sequencing using next-generation sequencing (NGS) technologies is gaining popularity in the human genetics community due to the moderate costs, manageable data amounts and straightforward interpretation of analysis results. While whole-exome and, in the near future, whole-genome sequencing are becoming commodities, data analysis still poses significant challenges and led to the development of a plethora of tools supporting specific parts of the analysis workflow or providing a complete solution. Here, we surveyed 205 tools for whole-genome/whole-exome sequencing data analysis supporting five distinct analytical steps: quality assessment, alignment, variant identification, variant annotation and visualization. We report an overview of the functionality, features and specific requirements of the individual tools. We then selected 32 programs for variant identification, variant annotation and visualization, which were subjected to hands-on evaluation using four data sets: one set of exome data from two patients with a rare disease for testing identification of germline mutations, two cancer data sets for testing variant callers for somatic mutations, copy number variations and structural variations, and one semi-synthetic data set for testing identification of copy number variations. Our comprehensive survey and evaluation of NGS tools provides a valuable guideline for human geneticists working on Mendelian disorders, complex diseases and cancers.

Abstract Deficient ether lipid biosynthesis in rhizomelic chondrodysplasia punctata and other disorders is associated with a wide range of severe symptoms including small stature with proximal shortening of the limbs, contractures, facial dysmorphism, congenital cataracts, ichthyosis, spasticity, microcephaly, and mental disability. Mouse models are available but show less severe symptoms. In both humans and mice it has remained elusive which of the symptoms can be attributed to lack of plasmanyl or plasmenyl ether lipids. The latter compounds, better known as plasmalogens, harbor a vinyl ether double bond conferring special chemical and physical properties. Discrimination between plasmanyl and plasmenyl ether lipids is a major analytical challenge, especially in complex lipid extracts with many isobaric species. Consequently, these lipids are often neglected also in recent lipidomic studies. Here we present a comprehensive LC-MS/MS based approach that allows unequivocal distinction of these two lipid subclasses based on their chromatographic properties. The method was validated using a novel plasmalogen-deficient mouse model which lacks plasmanylethanolamine desaturase and therefore cannot form plasmenyl ether lipids. We demonstrate that plasmanylethanolamine desaturase deficiency causes an accumulation of plasmanyl species, a little studied but biologically important substance class.

mGEC is associated with poor overall survival (OS) of approximately 4–10 months. CtDNA is emerging as a promising prognostic biomarker with high potential for early relapse detection. However, until now, there was little knowledge on serial ctDNA detection and its impact on early treatment evaluation and prognosis in mGEC. Methods: ctDNA detection (ddPCR) was carried out serially in 37 matched tissue (NGS) patients with mGEC prior to systemic treatment initiation and every two weeks thereafter until restaging (n = 173 samples). The results have been correlated with response to treatment (restaging CT), overall survival (OS), and progression-free survival (PFS). Results: The pretherapeutic detection rate was 77.8%. Response to treatment assessment was correct in 54.2% (pretherapeutically pos./neg.) and 85.7% (dynamics at week 4). Moreover, a decline in ctDNA (MAF in %) below 57.1% of the pretherapeutic value after 2 weeks of systemic treatment was accompanied by a sensitivity of 57.1% and a specificity of 90% (AUC = 0.73) for correct restaging assessment (response evaluation by CT after 3 months) evaluating 76.5% of patients correctly after only 2 weeks. In contrast to mere pretherapeutic ctDNA positivity (p = 0.445), a decline in ctDNA dynamics to under 57.1% of its initial value was significantly associated with OS (4.1 (95% Cl 2.1–6.1) vs. 13.6 (95% CI 10.4–16.6) months, p < 0.001) and PFS (3.2 (1.9–4.5) vs. 9.5 (95% CI 5.5–13.5) months, p = 0.001) after two weeks of treatment. Additionally, the change in detectability from positive pretherapeutic levels to negative during treatment was associated with similar survival as for patients who were always regarded as ctDNA-negative (9.5 (95%Cl 0.4–18.5) vs. 9.6 (95%Cl 1.3–17.9)). The absence of becoming undetectable was associated with worse survival (4.7 months). Conclusions: ctDNA is a promising additional biomarker allowing for early evaluation of response to treatment and saving unevaluated treatment time for patients with mGEC, and could allow for an early change in treatment with anticipated prognostic benefit in the future.

Abstract With increased application of Next Generation Sequencing (NGS) in the diagnosis of monogenic Ehlers-Danlos syndromes, there is an increased probability to identify variants of unknown significance. Additionally, in some cases no genetic alteration may be identified whilst there is a strong clinical suspicion on a monogenic EDS type. The diagnostic value of non-genetic investigations, which prior to NGS were quite commonly used to support the clinical diagnosis of monogenic EDS types, is explored. In addition, new structural/functional investigations that could deliver evidence towards pathogenicity are discussed. It appears that certain functional and/or structural investigations used frequently in the past can remain helpful and can provide additional evidence that may confirm a clinical diagnosis of a monogenic EDS type. However, there is a need for the development of novel structural/functional studies for monogenic types of EDS. The level of evidence of such studies for application in the established diagnostic DNA variant classification criteria remains to be determined.

Abstract Monogenic Ehlers-Danlos syndromes (EDS) are a group of inherited connective tissue conditions that are clinically characterised by joint hypermobility, skin hyperextensibility and/or fragility, and generalised tissue fragility. Gene panel testing with massively parallel sequencing is currently gold standard to confirm diagnoses of the monogenic EDS types. We aim to report on the (combination of) clinical features of the monogenic EDS types through text and photographs, to aid clinical diagnosis as despite the significant progress in genetic testing possibilities, a thorough clinical assessment which includes medical history, family history and physical examination remains important in the diagnostic process. In addition, in those cases where no molecular diagnosis is possible, a clinical diagnosis can still guide management and surveillance.

Abstract In 2019, the Medical University of Innsbruck introduced the first Genetic and Genomic Counseling master's program in the German‐speaking countries. A major challenge of this process was the absence of practicing Genetic Counselors (GC) in these countries, leading to a lack of experience with GCs in medical genetic services and the absence of a legal framework for the profession. Consequently, student placements within the program commenced with neither the students nor their supervising consultants having any previous experience of collaborative teamwork between clinical geneticists and GCs. To share insights from the initial implementation phase, supervising consultants from the seven student placement institutes were invited to participate in semi‐structured interviews guided by open‐ended questions. From these interviews, three models of interprofessional teamwork between GCs and clinical geneticists emerged: (1) the alternating or tandem model, (2) qualified preliminary and follow‐up patient interviews, and (3) the provision of genetic (counseling) services without genetic counseling in the legal sense. In addition, the interviewees provided recommendations for addressing legal concerns and for the effective establishment of appropriate compensation structures for GCs within the German‐speaking countries. Clinical geneticists taking part in the study estimated that the integration of GCs could potentially enhance their counseling capacity by as much as 50%. Importantly, they did not foresee any reduction in counseling quality caused by the inclusion of GCs. This study provides evidence that the GC profession can provide additional skills to human genetic services and positively impact both patient support and overall capacity of genetic services also in the German‐speaking countries.