The deep sea is one of the most extreme environments on earth, with low oxygen, high hydrostatic pressure and high levels of toxins. Species of the family Vesicomyidae are among the dominant chemosymbiotic bivalves found in this harsh habitat. Mitochondria play a vital role in oxygen usage and energy metabolism; thus, they may be under selection during the adaptive evolution of deep-sea vesicomyids. In this study, the mitochondrial genome (mitogenome) of the vesicomyid bivalve Calyptogena marissinica was sequenced with Illumina sequencing. The mitogenome of C. marissinica is 17,374 bp in length and contains 13 protein-coding genes, 2 ribosomal RNA genes (rrnS and rrnL) and 22 transfer RNA genes. All of these genes are encoded on the heavy strand. Some special elements, such as tandem repeat sequences, “G(A)nT” motifs and AT-rich sequences, were observed in the control region of the C. marissinica mitogenome, which is involved in the regulation of replication and transcription of the mitogenome and may be helpful in adjusting the mitochondrial energy metabolism of organisms to adapt to the deep-sea environment. The gene arrangement of protein-coding genes was identical to that of other sequenced vesicomyids. Phylogenetic analyses clustered C. marissinica with previously reported vesicomyid bivalves with high support values. Positive selection analysis revealed evidence of adaptive change in the mitogenome of Vesicomyidae. Ten potentially important adaptive residues were identified, which were located in cox1, cox3, cob, nad2, nad4 and nad5. Overall, this study sheds light on the mitogenomic adaptation of vesicomyid bivalves that inhabit the deep-sea environment.

When and how the syncontractional N-S−trending rifts formed in the Himalayan-Tibetan Plateau are crucial, yet unsolved issues that could help establish the interplay between geodynamic evolution and uplift of the plateau. Recent geophysical observations indicate that although Indian lithosphere tearing is the most likely trigger for rift formation, the timing of this tearing remains uncertain. To address this issue, we studied the Woka rift, which represents a typical N-S−trending rift in southern Tibet. Our results show that granitoids from the hanging wall and footwall of the Woka rift have significantly different magma crystallization temperatures (770−860 °C versus 650−750 °C) and crustal thickness (∼40 km versus ∼60 km) during the Eocene. These differences were most likely linked to tearing of the Indian lithosphere. The integration of crustal thickness trends and bedrock emplacement depth from the Eocene to the Oligocene suggest that the hanging wall exhumed at a faster rate than the footwall. From this information, it is clear that the Woka rift did not undergo E-W extension during this period. Integrating data from geophysics, thermochronology, mantle-derived, N-S−trending dikes, and adakitic rocks, we propose that Indian lithospheric tearing and fragmentation during the Eocene caused weakening of the Tibetan middle-lower crust rather than directly triggering surface extension of the Woka rift. This study has significant implications for the deep lithospheric processes and surface responses in the Himalayan-Tibetan Plateau.