Abstract Plants must quickly adapt to a changing environment in order to maintain their fitness. One rapid adaptation mechanism that promotes plasticity is epigenetic memory, which may provide long-lived organisms the precious time needed to adapt to climate change. In this study, we used the perennial plant Fragaria vesca as a model to determine how the methylome and transcriptome adapt to elevated temperatures (28 vs. 18 °C) over three asexual generations. Changes in flowering time, stolon number, and petiole length were induced in responses to temperature treatment in one or more ecotypes after three asexual generations in a manner indicative of an epigenetic memory. Induced methylome changes differed between four different ecotypes from Norway, Iceland, Italy, and Spain, but there were also some shared responses. Elevated temperature conditions induced significant phenotypic and methylation changes, particularly in the Norwegian ecotype. Most of the differentially methylated regions (DMRs) were in the CHG context, and most CHG and CHH DMRs were hypermethylated. Notably, the four ecotypes shared only eight CHG DMR peaks. Several differentially methylated genes (DMGs) also showed a change in gene expression. Ecotype-specific methylation and expression patterns were observed for genes related to gibberellin metabolism, flowering time, epigenetics. Furthermore, when repetitive elements (REs) were found near (±2 kb) or inside a gene, they showed a negative correlation with gene expression. In conclusion, phenotypic changes induced by elevated temperatures during asexual reproduction were accompanied by changes in DNA methylation patterns. Also, positional influences of REs impacted gene expression, indicating that DNA methylation may be involved in both general and ecotype-specific phenotypic plasticity in F. vesca .

Strawberry is a high-value crop that suffers huge losses from diseases such as grey mould caused by the necrotrophic fungal pathogen Botrytis cinerea. Pesticides are heavily used to protect the strawberry crop, which raises environmental and human health concerns and promotes the evolution of pesticide resistant strains. Upregulating or priming the plants' defences may be a more environmentally sustainable way of increasing disease resistance. Using Fragaria vesca as a model for the commercially grown octaploid strawberry Fragaria x ananassa, we investigated the transcriptional reprogramming of strawberry upon B. cinerea infection and the effectiveness of four priming chemicals in protecting strawberry against grey mould. First, we found that the transcriptional reprogramming of strawberry upon B. cinerea infection overlapped substantially with the transcriptome responses induced by Phytophthora cactorum (Toljamo et al., 2016), including the genes involved in jasmonic acid (JA), salicylic acid (SA), ethylene (ET) and terpenoid pathways. Furthermore, we investigated the effectiveness of previously identified priming chemicals in protecting strawberry against B. cinerea. The level of upregulated or primed resistance depended on the priming chemical itself (β-aminobutyric acid (BABA), methyl jasmonate (MeJ), (R)-β-homoserine (RBH), prohexadione-calcium (ProCa)) and the application method used (foliar spray, soil drench, seed treatment). Overall, RBH effectively primed strawberry defences against B. cinerea, whereas BABA and ProCa were not effective and MeJ showed mixed effects. Our results not only identify ways to effectively upregulate or prime strawberry defences against B. cinerea, but also provide novel insights about strawberry defences that may be applied in future crop protection schemes.