SD
Sudeb Dalai
Author with expertise in RNA Sequencing Data Analysis
Achievements
Open Access Advocate
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
2
(50% Open Access)
Cited by:
39
h-index:
15
/
i10-index:
21
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
16

Next-generation sequencing of microbial cell-free DNA for rapid noninvasive diagnosis of infectious diseases in immunocompromised hosts

José Camargo et al.Jan 6, 2020
Background: Cell-free DNA (cfDNA) sequencing has emerged as an effective laboratory method for rapid and noninvasive diagnosis in prenatal screening testing, organ transplant rejection screening, and oncology liquid biopsies but clinical experience for use of this technology in diagnostic evaluation of infections in immunocompromised hosts is limited.  Methods: We conducted an exploratory study using next-generation sequencing (NGS) for detection of microbial cfDNA in a cohort of ten immunocompromised patients with febrile neutropenia, pneumonia or intra-abdominal infection.  Results: Pathogen identification by cfDNA NGS demonstrated positive agreement with conventional diagnostic laboratory methods in 7 (70%) cases, including patients with proven/probable invasive aspergillosis, Pneumocystis jirovecii pneumonia, Stenotrophomonas maltophilia bacteremia, Cytomegalovirus and Adenovirus viremia. NGS results were discordant in 3 (30%) cases including two patients with culture negative sepsis who had undergone hematopoietic stem cell transplant in whom cfDNA testing identified the potential etiological agent of sepsis; and one kidney transplant recipient with invasive aspergillosis who had received >6 months of antifungal therapy prior to NGS testing. Conclusion: These observations support the clinical utility of measurement of microbial cfDNA sequencing from peripheral blood for rapid noninvasive diagnosis of infections in immunocompromised hosts. Larger studies are needed.
16
Citation39
0
Save
0

Combined use of metagenomic sequencing and host response profiling for the diagnosis of suspected sepsis

Henry Cheng et al.Nov 25, 2019
Background Current diagnostic techniques are inadequate for rapid microbial diagnosis and optimal management of patients with suspected sepsis. We assessed the clinical impact of three powerful molecular diagnostic methods.Methods With blood samples from 200 consecutive patients with suspected sepsis, we evaluated 1) metagenomic shotgun sequencing together with a Bayesian inference approach for contaminant sequence removal, for detecting bacterial DNA; 2) viral capture sequencing; and 3) transcript-based host response profiling for classifying patients as infected or not, and if infected, with bacteria or viruses. We then evaluated changes in diagnostic decision-making among three expert physicians by unblinding the results of these methods in a staged fashion.Results Metagenomic shotgun sequencing confirmed positive blood culture results in 14 of 26 patients. In 17 of 200 patients, metagenomic sequencing and viral capture sequencing revealed organisms that were 1) not detected by conventional hospital tests within 5 days after presentation, and 2) classified as of probable clinical relevance by physician consensus. Host response profiling led at least two of three physicians to change their diagnostic decisions in 46 of 100 patients. The data suggested possible bacterial DNA translocation in 8 patients who were originally classified by physicians as noninfected and illustrate how host response profiling can guide interpretation of metagenomic shotgun sequencing results.Conclusions The integration of host response profiling, metagenomic shotgun sequencing, and viral capture sequencing enhances the utility of each, and may improve the diagnosis and management of patients with suspected sepsis.