We describe the assembly and annotation of a chemogenomic set of protein kinase inhibitors as an open science resource for studying kinase biology. The set only includes inhibitors that show potent kinase inhibition and a narrow spectrum of activity when screened across a large panel of kinase biochemical assays. Currently, the set contains 187 inhibitors that cover 215 human kinases. The kinase chemogenomic set (KCGS) is the most highly annotated set of selective kinase inhibitors available to researchers for use in cell-based screens.

Abstract Small molecule modulators are important tools to study both basic biology and the complex signaling of protein kinases. The cdc2-like kinases (CLK) are a family of four kinases that have garnered recent interest for their involvement in a diverse set of diseases such as neurodegeneration, autoimmunity, and many cancers. Targeted medicinal chemistry around a CLK inhibitor hit identified through screening of a kinase inhibitor set against a large panel of kinases allowed us to identify a potent and selective inhibitor of CLK1, 2 and 4. Here, we present the synthesis, selectivity, and potential binding site of this compound – SGC-CLK-1. We further show CLK2 has the highest binding affinity, and high CLK2 expression correlates with a lower IC 50 in a screen of multiple cancer cell lines. Finally, we show that SGC-CLK-1 not only reduces serine arginine rich (SR) protein phosphorylation, but also alters SR protein and CLK2 subcellular localization in a reversible way. Therefore, we anticipate that this compound will be a valuable tool for increasing our understanding of CLKs and their targets, SR proteins, at the level of phosphorylation and subcellular localization.