CW
Chu Wang
Author with expertise in Role of Fibroblast Activation in Cancer Progression
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
7
(71% Open Access)
Cited by:
5
h-index:
40
/
i10-index:
159
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Base-resolution mapping reveals distinct m1A methylome in nuclear- and mitochondrial-encoded transcripts

Xiaoyu Li et al.Oct 13, 2017
SUMMARY Gene expression can be post-transcriptionally regulated via dynamic and reversible RNA modifications. N 1 -methyladenosine (m 1 A) is a recently identified mRNA modification; however, little is known about its precise location, regulation and function. Here, we develop a base-resolution m 1 A profiling method, based on m 1 A-induced misincorporation during reverse transcription, and report distinct classes of m 1 A methylome in the human transcriptome. m 1 A in 5’-UTR, particularly those at the first nucleotide of mRNA, associate with increased translation efficiency. A different subset of m 1 A exhibit a GUUCRA tRNA-like motif, are evenly distributed in the transcriptome and are dependent on the methyltransferase TRMT6/61A. Additionally, we show for the first time that m 1 A is prevalent in the mitochondrial-encoded transcripts. Manipulation of m 1 A level via TRMT61B, a mitochondria-localizing m 1 A methyltransferase, demonstrates that m 1 A in mitochondrial mRNA interferes with translation. Collectively, our approaches reveal distinct classes of m 1 A methylome and provide a resource for functional studies of m 1 A-mediated epitranscriptomic regulation.
0
Citation3
0
Save
0

Sulfopin, a selective covalent inhibitor of Pin1, blocks Myc-driven tumor initiation and growth in vivo

Christian Dubiella et al.Mar 21, 2020
The peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, Pin1, acts as a unified signaling hub that is exploited in cancer to activate oncogenes and inactivate tumor suppressors, in particular through up-regulation of c-Myc target genes. However, despite considerable efforts, Pin1 has remained an elusive drug target. Here, we screened an electrophilic fragment library to discover covalent inhibitors targeting Pin1's active site nucleophile - Cys113, leading to the development of Sulfopin, a double-digit nanomolar Pin1 inhibitor. Sulfopin is highly selective for Pin1, as validated by two independent chemoproteomics methods, achieves potent cellular and in vivo target engagement, and phenocopies genetic knockout of Pin1. Although Pin1 inhibition had a modest effect on viability in cancer cell cultures, Sulfopin induced downregulation of c-Myc target genes and reduced tumor initiation and tumor progression in murine and zebrafish models of MYCN-driven neuroblastoma. Our results suggest that Sulfopin is a suitable chemical probe for assessing Pin1-dependent pharmacology in cells and in vivo. Moreover, these studies indicate that Pin1 should be further investigated as a potential cancer target.
1

Augmenting Neutralization breadth against Diverse HIV-1 by increasing the Ab-Ag interface on V2

Nan Gao et al.Aug 8, 2021
SUMMARY Understanding maturation pathways of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against HIV-1 in non-human primates can be highly informative for HIV-1 vaccine development. We now obtained a lineage of J038 from Chinese rhesus macaques after 7-years of SHIV infection. J038 has short complementary determining loops and neutralizes 54% of global circulating HIV-1 strains. Its binding induces a unique “up” conformation for one of the V2 loops in the trimeric envelope glycoprotein (Env) and is heavily dependent on glycan, which provides nearly half of the binding surface. The unmutated common ancestor of the J038 lineage antibodies binds monomeric gp120 and neutralizes the autologous virus. Continuous maturation enhances neutralization potency and breadth of J038 lineage antibodies via expanding antibody-Env contact areas surrounding the core region contacted by germline-encoded residues. Developmental details and recognition features of J038 lineage antibodies revealed here provide a new pathway for maturation elicitation of V2-targeting bnAbs. Highlights • Long-term infected NHPs develop antibodies neutralizing up to 54% of HIV-1 strains • Antibody J038 binds one V2 loop on HIV-1 Env trimer in a unique “up” position • UCA of the J038 lineage effectively neutralizes the autologous virus • J038 lineage antibodies mature through gradually increased contact to glycans
1

Synthesis of 4-methylvaleric acid, a precursor of pogostone, involves a 2-isobutylmalate synthase related to 2-isopropylmalate synthase of leucine biosynthesis

Chu Wang et al.Sep 30, 2021
SUMMARY We show here that the side chain of pogostone, one of the major components of patchouli oil obtained from Pogostemon cablin and possessing a variety of pharmacological activities, is derived from 4-methylvaleric acid. We also show that 4-methylvaleric acid is produced through the one-carbon α- ketoacid elongation pathway with the involvement of the key enzyme 2- isobutylmalate synthase (IBMS), a newly identified enzyme related to isopropylmalate synthase (IPMS) of Leu biosynthesis. Site-directed mutagenesis identified Met 132 in the N-terminal catalytic region as affecting the substrate specificity of PcIBMS1. And even though PcIBMS1 possesses the C-terminal domain that in IPMS serves to mediate Leu inhibition, it is insensitive to Leu. The observation of the evolution of IBMS from IPMS, as well as previously reported examples of IPMS-related genes involved in making glucosinolates in Brassicaceae, acylsugars in Solanaceae, and flavor compounds in apple, indicate that IPMS genes represent an important pool for the independent evolution of genes for specialized metabolism. One Sentence Summary We describe a novel enzyme, 2-isobutylmalate synthase, that is related to 2-isopropylmalate synthase and is able to efficiently convert 4-methyl-2- oxovalerate to 2-isobutylmalate, a key intermediate in the synthesis of the pogostone precursor 4-methylvaleric acid.
11

Fast and accurate DNASeq Variant Calling workflow composed of LUSH toolkit

Taifu Wang et al.Mar 2, 2023
Abstract Background Whole genome sequencing (WGS) is becoming increasingly prevalent for molecular diagnosis, staging and prognosis because of its declining costs and the ability to detect nearly all genes associated with a patient’s disease. The currently widely accepted variant calling pipeline, GATK, is limited in terms of its computational speed and efficiency, which cannot meet the growing analysis needs. Methods In this study, we propose a fast and accurate DNASeq variant calling workflow that is purely composed of tools from LUSH toolkit. The LUSH pipeline is highly optimized for the WGS pipeline based on SOAPnuke, BWA and GATK which can be deployed on any general-purpose CPU-based computing system. We validated the accuracy, speed and scalability of the LUSH pipeline on several standard WGS datasets. Results Our test results show that the LUSH pipeline and the GATK pipeline are highly consistent in terms of accuracy, achieving over 99% precision and recall on NA12878. For speed, the LUSH pipeline completes 30x WGS data in 1.6 hours, which is about 17x faster than the GATK pipeline. From BAM to VCF, LUSH_HC even takes only 12 minutes, about 76x faster than GATK. Moreover, the LUSH pipeline shows favorable scalability in terms of thread and sequencing depth. Conclusion The LUSH pipeline provides far superior computational speed to GATK while maintaining a high level of accuracy comparable to that of GATK, which greatly facilitates bedside analysis of acute patients, large-scale cohort data analysis, and variant calling in crop breeding programs.