HIV release requires TSG101, a cellular factor that sorts proteins into vesicles that bud into multivesicular bodies (MVB). To test whether other proteins involved in MVB biogenesis (the class E proteins) also participate in HIV release, we identified 22 candidate human class E proteins. These proteins were connected into a coherent network by 43 different protein-protein interactions, with AIP1 playing a key role in linking complexes that act early (TSG101/ESCRT-I) and late (CHMP4/ESCRT-III) in the pathway. AIP1 also binds the HIV-1 p6Gag and EIAV p9Gag proteins, indicating that it can function directly in virus budding. Human class E proteins were found in HIV-1 particles, and dominant-negative mutants of late-acting human class E proteins arrested HIV-1 budding through plasmal and endosomal membranes. These studies define a protein network required for human MVB biogenesis and indicate that the entire network participates in the release of HIV and probably many other viruses.

A mycotic aneurysm of the aorta and adjacent arteries is a dreadful condition, threatening life, organs, and limbs. With regard to the aortic segment involved, repair by either in situ replacement or extra-anatomic reconstruction can be quite challenging. Even when surgery has been successful, the prognosis is described as very poor because of the weakened health status of the patient who has developed this type of aneurysm. The aim of our study was to find out whether any progress could be achieved in a single center over a long time period (18 years) through use of surgical techniques and antiseptic adjuncts.From January 1983 to December 1999, a total of 2520 patients with aneurysms of the thoracic and abdominal aorta and iliac arteries underwent surgery for aortic or iliac replacement at our institution. During that period, 33 (1.31%) of these patients (mean age, 64.3 years) were treated for mycotic aneurysms of the lower descending and thoracoabdominal (n = 13), suprarenal (n = 4), and infrarenal (n = 10) aorta and iliac arteries (n = 6). Twenty (61%) of these 33 patients had histories of various septic diseases; in the other 13 (39%), the etiology remained uncertain. Preoperative signs of infection, such as leukocytosis and elevated C-reactive protein, were found in 79% of the patients, and fever was apparent in 48%; 76% of the patients complained of pain. At the time of surgery, eight (24%) mycotic aneurysms were already ruptured, and 20 (61%) had penetrated into the periaortic tissues, forming a contained rupture. Five (15%) aneurysms were completely intact. The predominant microorganisms found in the aneurysm sac were Staphylococcus aureus and Salmonella species. Careful debridement of all infected tissue was essential. In the infrarenal aortic and iliac vascular bed, in situ reconstruction was performed only in cases of anticipated "low-grade" infection. Alternative revascularization with extra-anatomic procedures (axillobifemoral or femorofemoral crossover bypass graft) was carried out in eight of 16 cases. All four suprarenal and all 13 mycotic aneurysms of the thoracoabdominal aortic segment were repaired in situ. Antibiotics were administered perioperatively, and all patients were subsequently treated with long-term antibiotics.In-hospital mortality was 36% (n = 12). Because of the smallness and heterogeneity of the sample, we could not demonstrate significant evidence for any influence of aneurysm location or type of reconstruction on patients' outcome. However, survival was clearly influenced by the status of rupture. During long-term follow-up (mean, 30 months; range, 1-139 months), 10 patients (48%) died-one (4.8%) probably as a consequence of the mycotic aneurysm, the others for unrelated reasons. Eleven patients (52%) are alive and well today, with no signs of persistent or recurrent infection.A mycotic aneurysm of the aortic iliac region remains a life-threatening condition, especially if the aneurysm has already ruptured by the time of surgery. Although the content of the aneurysm sac is considered septic, as was proved by positive cultures in 85% of our patients, in situ reconstruction is feasible and, surprisingly, was not more closely related to higher morbidity and mortality in our series than ligation and extra-anatomic reconstruction, although most of the aneurysms repaired in situ were located at the suprarenal and thoracoabdominal aorta. We assume that our operative mortality rate of 36%, which relates to a rupture rate of 85%, could be substantially lowered if the diagnosis of mycotic aneurysm were established before rupture.

Abstract Background Long COVID is defined as the persistence of symptoms beyond 3 months after severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection. To better understand the long-term course and etiology of symptoms we analyzed a cohort of patients with COVID-19 prospectively. Methods Patients were included at 5 months after acute COVID-19 in this prospective, noninterventional, follow-up study. Patients followed until 12 months after COVID-19 symptom onset (n = 96; 32.3% hospitalized, 55.2% females) were included in this analysis of symptoms, quality of life (based on an SF-12 survey), laboratory parameters including antinuclear antibodies (ANAs), and SARS-CoV-2 antibody levels. Results At month 12, only 22.9% of patients were completely free of symptoms and the most frequent symptoms were reduced exercise capacity (56.3%), fatigue (53.1%), dyspnea (37.5%), and problems with concentration (39.6%), finding words (32.3%), and sleeping (26.0%). Females showed significantly more neurocognitive symptoms than males. ANA titers were ≥1:160 in 43.6% of patients at 12 months post–COVID-19 symptom onset, and neurocognitive symptom frequency was significantly higher in the group with an ANA titer ≥1:160 versus <1:160. Compared with patients without symptoms, patients with ≥1 long-COVID symptom at 12 months did not differ significantly with respect to their SARS-CoV-2 antibody levels but had a significantly reduced physical and mental life quality compared with patients without symptoms. Conclusions Neurocognitive long-COVID symptoms can persist ≥1 year after COVID-19 symptom onset and reduce life quality significantly. Several neurocognitive symptoms were associated with ANA titer elevations. This may indicate autoimmunity as a cofactor in etiology of long COVID.

IntroductionAt the prior data cutoff (February 9, 2017) the ALEX trial showed superior investigator-assessed progression-free survival (PFS) for alectinib versus crizotinib in untreated, anaplastic lymphoma kinase (ALK)-positive, advanced NSCLC (hazard ratio = 0.47, 95% confidence interval: 0.34–0.65, p < 0.001). The median PFS in the alectinib arm was not reached versus 11.1 months with crizotinib. Retrospective analyses suggest that the echinoderm microtubule-associated protein-like 4 gene-ALK variant (EML4-ALK) may influence ALK-inhibitor treatment benefit. We present updated analyses, including exploratory subgroup analysis by EML4-ALK variant, after an additional 10 months’ follow-up (cutoff December 1, 2017).MethodsPatients were randomized to receive twice-daily alectinib, 600 mg, or crizotinib, 250 mg, until disease progression, toxicity, death, or withdrawal. PFS was determined by the investigators. Baseline plasma and tissue biomarker samples were analyzed by using hybrid-capture, next-generation sequencing to determine EML4-ALK variant.ResultsBaseline characteristics were balanced. Investigator-assessed PFS was prolonged with alectinib (stratified hazard ratio = 0.43, 95% confidence interval: 0.32–0.58). The median PFS times were 34.8 months with alectinib and 10.9 months with crizotinib. EML4-ALK fusions were detectable in 129 patient plasma samples and 124 tissue samples; variants 1, 2, and 3/ab did not affect PFS, objective response rate, or duration of response. Investigator-assessed PFS was longer for alectinib than for crizotinib across EML4-ALK variants 1, 2, and 3a/b in plasma and tissue. Despite longer treatment duration (27.0 months in the case of alectinib versus 10.8 months in the case of crizotinib), the safety of alectinib compared favorably with that of crizotinib.ConclusionAlectinib continues to demonstrate superior investigator-assessed PFS versus crizotinib in untreated ALK-positive NSCLC, irrespective of EML4-ALK variant.

Switching on HIV Newly assembled human immunodeficiency virus (HIV) virions bud from the host cell as immature particles. Proteolysis of the Gag protein, which forms a structural lattice below the viral membrane, leads to the formation of mature infectious HIV. Fusion of mature HIV virions with a target cell is mediated by viral envelope (Env) proteins that occur in trimeric “spikes” on the surface of the virion. Chojnacki et al. (p. 524 ) used subdiffraction microscopy to show that the spikes were dispersed on the immature virion but clustered into a single focus on the mature virion. The clustering was important for infectivity. Coupling Gag proteolysis with clustering may ensure that only particles whose interior has switched to the entry mode are competent for membrane fusion.

Human immunodeficiency virus (HIV-1) remains a major health threat. Viral capsid uncoating and nuclear import of the viral genome are critical for productive infection. The size of the HIV-1 capsid is generally believed to exceed the diameter of the nuclear pore complex (NPC), indicating that capsid uncoating has to occur prior to nuclear import. Here, we combined correlative light and electron microscopy with subtomogram averaging to capture the structural status of reverse transcription-competent HIV-1 complexes in infected T cells. We demonstrated that the diameter of the NPC in cellulo is sufficient for the import of apparently intact, cone-shaped capsids. Subsequent to nuclear import, we detected disrupted and empty capsid fragments, indicating that uncoating of the replication complex occurs by breaking the capsid open, and not by disassembly into individual subunits. Our data directly visualize a key step in HIV-1 replication and enhance our mechanistic understanding of the viral life cycle.

Abstract Human immunodeficiency virus (HIV-1) remains a major health threat. Viral capsid uncoating and nuclear import of the viral genome are critical for productive infection. The size of the HIV-1 capsid is generally believed to exceed the diameter of the nuclear pore complex (NPC), indicating that capsid uncoating has to occur prior to nuclear import. Here, we combined correlative light and electron microscopy with subtomogram averaging to capture the structural status of reverse transcription-competent HIV-1 complexes in infected T cells. We demonstrate that the diameter of the NPC in cellulo is sufficient for the import of apparently intact, coneshaped capsids. Subsequent to nuclear import, we detected disrupted and empty capsid fragments, indicating that uncoating of the replication complex occurs by breaking the capsid open, and not by disassembly into individual subunits. Our data directly visualize a key step in HIV-1 replication and enhance our mechanistic understanding of the viral life cycle.

Abstract Emergence of the novel pathogenic coronavirus SARS-CoV-2 and its rapid pandemic spread presents numerous questions and challenges that demand immediate attention. Among these is the urgent need for a better understanding of humoral immune response against the virus as a basis for developing public health strategies to control viral spread. For this, sensitive, specific and quantitative serological assays are required. Here we describe the development of a semi-quantitative high-content microscopy-based assay for detection of three major classes (IgG, IgA and IgM) of SARS-CoV-2 specific antibodies in human samples. The possibility to detect antibodies against the entire viral proteome together with a robust semi-automated image analysis workflow resulted in specific, sensitive and unbiased assay which complements the portfolio of SARS-CoV-2 serological assays. The procedure described here has been used for clinical studies and provides a general framework for the application of quantitative high-throughput microscopy to rapidly develop serological assays for emerging virus infections.

Abstract HIV-1 replication commences inside the cone-shaped viral capsid, but timing, localization and mechanism of uncoating are under debate. We adapted a strategy to visualize individual reverse-transcribed HIV-1 cDNA molecules and their association with viral and cellular proteins using fluorescence and correlative-light-and-electron-microscopy (CLEM). We specifically detected HIV-1 cDNA inside nuclei, but not in the cytoplasm. Nuclear cDNA initially co-localized with a fluorescent integrase fusion (IN-FP) and the viral CA (capsid) protein, but cDNA-punctae separated from IN-FP/CA over time. This phenotype was conserved in primary HIV-1 target cells, with nuclear HIV-1 complexes exhibiting strong CA-signals in all cell types. CLEM revealed cone-shaped HIV-1 capsid-like structures and apparently broken capsid-remnants at the position of IN-FP signals and elongated chromatin-like structures in the position of viral cDNA punctae lacking IN-FP. Our data argue for nuclear uncoating by physical disruption rather than cooperative disassembly of the CA-lattice, followed by physical separation from the pre-integration complex.