YT
Yun Tian
Author with expertise in Coronavirus Disease 2019 Research
Achievements
Open Access Advocate
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
7
(100% Open Access)
Cited by:
514
h-index:
18
/
i10-index:
35
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Expansion of Human-Specific GGC Repeat in Neuronal Intranuclear Inclusion Disease-Related Disorders

Yun Tian et al.Jun 6, 2019
Neuronal intranuclear inclusion disease (NIID) is a slowly progressing neurodegenerative disease characterized by eosinophilic intranuclear inclusions in the nervous system and multiple visceral organs. The clinical manifestation of NIID varies widely, and both familial and sporadic cases have been reported. Here we have performed genetic linkage analysis and mapped the disease locus to 1p13.3-q23.1; however, whole-exome sequencing revealed no potential disease-causing mutations. We then performed long-read genome sequencing and identified a large GGC repeat expansion within human-specific NOTCH2NLC. Expanded GGC repeats as the cause of NIID was further confirmed in an additional three NIID-affected families as well as five sporadic NIID-affected case subjects. Moreover, given the clinical heterogeneity of NIID, we examined the size of the GGC repeat among 456 families with a variety of neurological conditions with the known pathogenic genes excluded. Surprisingly, GGC repeat expansion was observed in two Alzheimer disease (AD)-affected families and three parkinsonism-affected families, implicating that the GGC repeat expansions in NOTCH2NLC could also contribute to the pathogenesis of both AD and PD. Therefore, we suggest defining a term NIID-related disorders (NIIDRD), which will include NIID and other related neurodegenerative diseases caused by the expanded GGC repeat within human-specific NOTCH2NLC. Neuronal intranuclear inclusion disease (NIID) is a slowly progressing neurodegenerative disease characterized by eosinophilic intranuclear inclusions in the nervous system and multiple visceral organs. The clinical manifestation of NIID varies widely, and both familial and sporadic cases have been reported. Here we have performed genetic linkage analysis and mapped the disease locus to 1p13.3-q23.1; however, whole-exome sequencing revealed no potential disease-causing mutations. We then performed long-read genome sequencing and identified a large GGC repeat expansion within human-specific NOTCH2NLC. Expanded GGC repeats as the cause of NIID was further confirmed in an additional three NIID-affected families as well as five sporadic NIID-affected case subjects. Moreover, given the clinical heterogeneity of NIID, we examined the size of the GGC repeat among 456 families with a variety of neurological conditions with the known pathogenic genes excluded. Surprisingly, GGC repeat expansion was observed in two Alzheimer disease (AD)-affected families and three parkinsonism-affected families, implicating that the GGC repeat expansions in NOTCH2NLC could also contribute to the pathogenesis of both AD and PD. Therefore, we suggest defining a term NIID-related disorders (NIIDRD), which will include NIID and other related neurodegenerative diseases caused by the expanded GGC repeat within human-specific NOTCH2NLC.
0
Citation249
0
Save
5

Epigenetic Evolution of ACE2 and IL-6 Genes as Non-Canonical Interferon-Stimulated Genes Correlate to COVID-19 Susceptibility in Vertebrates

Eric Sang et al.Sep 10, 2020
Abstract Current novel coronavirus disease (COVID-19) has spread globally within a matter of months. The virus establishes a success in balancing its deadliness and contagiousness, and causes substantial differences in susceptibility and disease progression in people of different ages, genders and pre-existing comorbidities. Since these host factors are subjected to epigenetic regulation, relevant analyses on some key genes underlying COVID-19 pathogenesis were performed to longitudinally decipher their epigenetic correlation to COVID-19 susceptibility. The genes of host angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2, as the major virus receptor) and interleukin (IL)-6 (a key immune-pathological factor triggering cytokine storm) were shown to evince active epigenetic evolution via histone modification and cis/trans-factors interaction across different vertebrate species. Extensive analyses revealed that ACE2 ad IL-6 genes are among a subset of non-canonical interferon-stimulated genes (non-ISGs), which have been designated recently for their unconventional responses to interferons (IFNs) and inflammatory stimuli through an epigenetic cascade. Furthermore, significantly higher positive histone modification markers and position weight matrix (PWM) scores of key cis -elements corresponding to inflammatory and IFN signaling, were discovered in both ACE2 and IL6 gene promoters across representative COVID-19-susceptible species compared to unsusceptible ones. Findings characterize ACE2 and IL-6 genes as non-ISGs that respond differently to inflammatory and IFN signaling from the canonical ISGs and their epigenetic properties may serve as biomarkers to longitudinally predict COVID-19 susceptibility in vertebrates and partially explain COVID-19 inequality in people of different subgroups.
5
Citation6
0
Save
4

Virus-Targeted Transcriptomic Analyses Implicate Ranaviral Interaction with Host Interferon Response in Frog Virus 3-infected Frog Tissues

Yun Tian et al.Apr 30, 2021
Abstract Frog Virus 3 (FV3) is a large dsDNA virus that cause global infections in amphibians, fish and reptiles, and contribute to amphibian declines. FV3’s genome contains near 100 putative open reading frames (ORFs). Previous studies have classified these coding genes into temporal classes as immediate early, delayed early and late viral transcripts based on their sequential expression during FV3 infection. To genome-wide characterize ranaviral gene expression, we performed a whole transcriptomic analysis (RNA-Seq) using total RNA samples containing both viral and cellular transcripts from FV3-infected Xenopus laevis adult tissues using two FV3 strains, a wild type (FV3-WT) and an ORF64R-deleted recombinant (FV3-Δ64R). In samples from the infected intestine, liver, spleen, lung and especially kidney, a FV3-targeted transcriptomic analysis mapped reads spanning the full-genome coverage at ∼10× depth on both positive and negative strands. By contrast, reads were only mapped to partial genomic regions in samples from the infected thymus, skin and muscle. Extensive analyses validated the expression of almost all annotated 98 ORFs and profiled their differential expression in a tissue-, virus-, and temporal class-dependent manners. Further studies identified several putative ORFs that encode hypothetical proteins containing viral mimicking conserved domains found in host interferon (IFN) regulatory factors (IRFs) and IFN receptors. This study provides the first comprehensive genome-wide viral transcriptome profiling during infection and across multiple amphibian host tissues that will serve as instrumental reference. It also presents evidence implying that ranaviruses like FV3 have acquired previously unknown molecular mimics interfering with host IFN signaling during evolution. Importance Frog Virus 3 (FV3), are large dsDNA viruses that cause devastating infections globally in amphibians, fish and reptiles, and contribute to catastrophic amphibian declines. FV3’s large genome encodes near 100 coding genes, of which most have been functionally uncharacterized in the viral pathogenesis. Using a whole transcriptomic analysis (RNA-Seq) in FV3-infected amphibian samples, we determined a genome-wide virus transcriptome and profiled their differential expression in a tissue-, virus-, and temporal class-dependent manners. Further studies identified several putative ORFs that encode hypothetical proteins containing viral mimicking conserved domains found in host interferon (IFN) regulatory factors (IRFs) and IFN receptors. This study provides the first comprehensive genome-wide viral transcriptome profiling during infection and across multiple amphibian host tissues that will serve as instrumental reference. It also presents evidence implying that ranaviruses like FV3 have acquired previously unknown molecular mimics interfering with host IFN signaling during evolution.
4
Citation2
0
Save
10

Integrate Structural Analysis, Isoform Diversity, and Interferon-Inductive Propensity of ACE2 to Refine SARS-CoV2 Susceptibility Prediction in Vertebrates

Eric Sang et al.Jun 28, 2020
Abstract The current new coronavirus disease (COVID-19) has caused globally near 0.4/6 million confirmed deaths/infected cases across more than 200 countries. As the etiological coronavirus (a.k.a. SARS-CoV2) may putatively have a bat origin, our understanding about its intermediate reservoir between bats and humans, especially its tropism in wild and domestic animals, are mostly unknown. This constitutes major concerns in public health for the current pandemics and potential zoonosis. Previous reports using structural analysis of the viral spike protein (S) binding its cell receptor of angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2), indicate a broad SARS-CoV2 susceptibility in wild and particularly domestic animals. Through integration of key immunogenetic factors, including the existence of S-binding-void ACE2 isoforms and the disparity of ACE2 expression upon early innate immune response, we further refine the SARS-CoV2 susceptibility prediction to fit recent experimental validation. In addition to showing a broad susceptibility potential across mammalian species based on structural analysis, our results also reveal that domestic animals including dogs, pigs, cattle and goats may evolve ACE2-related immunogenetic diversity to restrict SARS-CoV2 infections. Thus, we propose that domestic animals may be unlikely to play a role as amplifying hosts unless the virus has further species-specific adaptation. These findings may relieve relevant public concerns regarding COVID-19-like risk in domestic animals, highlight virus-host coevolution, and evoke disease intervention through targeting ACE2 molecular diversity and interferon optimization.
10
Citation1
0
Save
0

Familial adult-onset neuronal intranuclear inclusion disease: A case report and literature review

Luhua Wei et al.Nov 1, 2024
Rationale: Neuronal intranuclear inclusion disease (NIID) is a rare neurodegenerative disorder with highly variable clinical manifestations, making diagnosis challenging. Recent advancements in genetic and pathological testing, such as the identification of GGC repeat expansions in the NOTCH2NLC gene, have improved diagnostic accuracy, but familial cases remain underreported. Patient concerns: This report details 3 cases of familial adult-onset NIID in 2 sisters and 1 brother. The older sister experienced episodic encephalopathy and autonomic dysfunction for over 40 years, while the younger sister presented similar symptoms 5 years ago. The brother also developed episodic encephalopathy 5 years ago. Brain diffusion-weighted imaging (DWI) for all 3 patients revealed hyperintensity at the corticomedullary junction and corpus callosum. Skin biopsies from the older sister and brother confirmed the presence of p62 antibody-positive intranuclear inclusion bodies in sweat gland cells and fibroblasts. Genetic testing showed 146 and 133 GGC repeats in the NOTCH2NLC gene in the older sister and brother, respectively. Diagnoses: All 3 patients were diagnosed with NIID based on clinical, radiological, and genetic findings. Interventions: The patients received hormonal therapy, circulation-enhancing treatments, and rehydration therapy during acute episodes. Outcomes: All 3 patients showed significant improvement in symptoms following treatment, with a return to baseline function after hospital discharge. Lessons: Proper management of NIID includes prompt recognition of symptoms, adequate rest, and avoidance of triggers such as fatigue, infections, and stress, which may reduce the frequency of episodic attacks. Early diagnosis and targeted symptomatic treatment are essential for improving patient outcomes.
0

Correlation between the mechanism of arteriopathy in IgA nephropathy and blood stasis syndrome: A cohort study

Ruiqi Wang et al.Jan 1, 2024
To investigate the correlation between blood stasis syndrome and arteriopathy in immunoglobulin A nephropathy (IgAN). Wall thickness/outer vessel diameter, intimal thickness/outer vessel diameter, and medial thickness/outer vessel diameter were measured using ImageJ software. Vascular endothelial-derived growth factor (VEGF), matrix metalloproteinase-9 (MMP-9), proliferating cell nuclear antigen (PCNA), extracellular signal-regulated kinase (ERK) 1/2, and nuclear factor kappa B (NF-κB) were detected by immunohistochemical staining. Twenty-four-hour urine protein quantification, serum creatinine, urea nitrogen, and uric acid were collected. Blood stasis syndrome and vessel scores were calculated based on Katafuchi's grade. Intimal thickness/outer vessel diameter (0.2725 ± 0.0932 μm), medial thickness/outer vessel diameter (0.2747 ± 0.1139 μm), and wall thickness/outer vessel diameter (0.6136 ± 0.1120 μm) were the largest in IgAN with arteriopathy group. VEGF (0.35 ± 0.90), MMP-9 (0.38 ± 0.12), PCNA (0.43 ± 0.12), ERK1/2 (0.31 ± 0.11), and NF-κB (0.37 ± 0.14) were the highest in IgAN with arteriopathy group. Intimal thickening of IgAN was moderately positively correlated with VEGF, MMP-9, PCNA, ERK1/2, and NF-κB (0.5 <