I. Summary Almond ( Prunus dulcis [Mill.] D.A.Webb) exhibits an age-related disorder called non-infectious bud-failure (BF) affecting vegetative bud development and nut yield. The underlying cause of BF remains unknown but is hypothesized to be associated with heritable epigenetic mechanisms. To address this disorder and its epigenetic components, we utilized a monozygotic twin study model profiling genome-wide DNA methylation and gene expression in two sets of twin almonds discordant for BF-exhibition. Analysis of DNA methylation patterns show that BF-exhibition and methylation, namely hypomethylation, are not independent phenomena. Transcriptomic data generated from the twin pairs also shows genome-wide differential gene expression associated with BF-exhibition. After identifying differentially methylated regions (DMRs) in each twin pair, a comparison revealed 170 shared DMRs between the two twin pairs. These DMRs and the associated genetic components may play a role in BF-exhibition. A subset of 52 shared DMRs are in close proximity to genes involved in meristem maintenance, cell cycle regulation, and response to heat stress. Annotation of specific genes included involvement in processes like cell wall development, calcium ion signaling, and DNA methylation. Results of this work support the hypothesis that BF-exhibition is associated with hypomethylation in almond, and identified DMRs and differentially expressed genes can serve as potential biomarkers to assess BF-potential in almond germplasm. Our results contribute to an understanding of the contribution of epigenetic disorders in agricultural performance and biological fitness of perennials. II. Significance This study examines epigenetic components underlying noninfectious bud failure, an aging-related disorder affecting almond. Results from this work contribute to our understanding of the implications of DNA methylation on agricultural production, namely perennial fruit and nut production, due to effects on growth, development, and reproduction. Describing the methylome of discordant, monozygotic twin almonds enables the study of genomic features underlying noninfectious bud failure in this economically important crop.

Abstract While it is well known that all organisms age, our understanding of how aging occurs varies dramatically among species. The aging process in perennial plants is not well defined, yet can have implications on production and yield of valuable fruit and nut crops. Almond, a relevant nut crop, exhibits an age-related disorder known as non-infectious bud failure (BF) that affects vegetative bud development, indirectly affecting kernel-yield. This species and disorder present an opportunity to address aging in a commercially-relevant and vegetatively-propagated, perennial crop threatened by an aging-related disorder. In this study, we tested the hypothesis that telomere length and/or TERT expression can serve as biomarkers of aging in almond using both whole-genome sequencing data and leaf samples collected from distinct age cohorts over a two-year period. To measure telomere lengths, we employed both in silico and molecular approaches. We also measured expression of TERT , a subunit of the enzyme telomerase, which is responsible for maintaining telomere lengths. Results from this work show a marginal but significant association between both telomere length measured by monochrome multiplex quantitative PCR and TERT expression, and age of almond seedlings. These results suggest that as almonds age, TERT expression decreases and telomeres shorten. This work provides valuable information on potential biomarkers of perennial plant aging, contributing to our limited knowledge of this process. In addition, translation of this information will provide opportunities to address BF in almond breeding and nursery propagation.

Summary The focus of this study is to profile changes in DNA methylation and small RNA expression occurring with increased age in almond breeding germplasm to identify possible biomarkers of age that can be used to assess the potential of individuals to develop aging-related disorders. To profile DNA methylation in almond germplasm, 70 methylomes were generated from almond individuals representing three age cohorts (11, 7, and 2 years old) using an enzymatic methyl-seq approach followed by analysis to call differentially methylated regions (DMRs) within these cohorts. Small RNA (sRNA) expression was profiled in three breeding selections, each from two age cohorts (1 and 6 years old) using sRNA-Seq followed by differential expression analysis. Weighted chromosome-level methylation analysis reveals hypermethylation in 11-year old almond breeding selections when compared to 2-year-old selections in the CG and CHH contexts. Seventeen consensus DMRs were identified in all age contrasts. sRNA expression differed significantly between the two age cohorts tested, with significantly decreased expression in sRNAs in the 6-year-old selections compared to the 1-year-old. Almond shows a pattern of hypermethylation and decreased sRNA expression with increased age. Identified DMRs and differentially expressed sRNAs could function as putative biomarkers of age following validation in additional age groups.

Abstract Almond ( Prunus dulcis [Mill.] D.A. Webb) is an economically important, specialty nut crop grown almost exclusively in the United States. Breeding and improvement efforts worldwide have led to the development of key, productive cultivars, including ‘Nonpareil,’ which is the most widely grown almond cultivar. Thus far, genomic resources for this species have been limited, and a whole-genome assembly for ‘Nonpareil’ is not currently available despite its economic importance and use in almond breeding worldwide. We generated a 615.89X coverage genome sequence using Illumina, PacBio, and optical mapping technologies. Gene prediction revealed 27,487 genes using MinION Oxford nanopore and Illumina RNA sequencing, and genome annotation found that 68% of predicted models are associated with at least one biological function. Further, epigenetic signatures of almond, namely DNA cytosine methylation, have been implicated in a variety of phenotypes including self-compatibility, bud dormancy, and development of non-infectious bud failure. In addition to the genome sequence and annotation, this report also provides the complete methylome of several key almond tissues, including leaf, flower, endocarp, mesocarp, fruit skin, and seed coat. Comparisons between methylation profiles in these tissues revealed differences in genome-wide weighted percent methylation and chromosome-level methylation enrichment. The raw sequencing data are available on NCBI Sequence Read Archive, and the complete genome sequence and annotation files are available on NCBI Genbank. All data can be used without restriction.