Abstract For the information content of microscopy images to be appropriately interpreted, reproduced, and meet FAIR (Findable Accessible Interoperable and Reusable) principles, they should be accompanied by detailed descriptions of microscope hardware, image acquisition settings, image pixel and dimensional structure, and instrument performance. Nonetheless, the thorough documentation of imaging experiments is significantly impaired by the lack of community-sanctioned easy-to-use software tools to facilitate the extraction and collection of relevant microscopy metadata. Here we present Micro-Meta App , an intuitive open-source software designed to tackle these issues that was developed in the context of nascent global bioimaging community organizations, including B io I maging N orth A merica (BINA) and QUA lity Assessment and REP roducibility in Li ght Mi croscopy (QUAREP-LiMi), whose goal is to improve reproducibility, data quality and sharing value for imaging experiments. The App provides a user-friendly interface for building comprehensive descriptions of the conditions utilized to produce individual microscopy datasets as specified by the recently proposed 4DN-BINA-OME tiered-system of Microscopy Metadata model. To achieve this goal the App provides a visual guide for a microscope-user to: 1) interactively build diagrammatic representations of hardware configurations of given microscopes that can be easily reused and shared with colleagues needing to document similar instruments. 2) Automatically extracts relevant metadata from image files and facilitates the collection of missing image acquisition settings and calibration metrics associated with a given experiment. 3) Output all collected Microscopy Metadata to interoperable files that can be used for documenting imaging experiments and shared with the community. In addition to significantly lowering the burden of quality assurance, the visual nature of Micro-Meta App makes it particularly suited for training users that have limited knowledge of the intricacies of light microscopy experiments. To ensure wide-adoption by microscope-users with different needs Micro-Meta App closely interoperates with MethodsJ2 and OMERO.mde , two complementary tools described in parallel manuscripts.

Abstract The design of supramolecular hydrogels comprising aligned domains is important for the fabrication of biomimetic materials and applications in optoelectronics. One way to access such materials is by the self-assembly of small molecules into long fibres, which can be aligned using an external stimulus. Out-of-equilibrium supramolecular gels can also be designed, where pre-programmed changes of state can be induced by the addition of chemical fuels. Here we exploit these dynamic properties to form materials with aligned domains through a ‘forging’ approach: an external force is used to rearrange the underlying network from random to aligned fibres as the system undergoes a pre-programmed gel-to-sol-to-gel transition. We show that we can predictably organize the supramolecular fibres, leading to controllable formation of materials with aligned domains through a high degree of temporal control.

The peritrophic matrix (PM) of haematophagus insects is a chitinous structure that surrounds the bloodmeal, forming a protective barrier against oral pathogens and abrasive particles. To establish an infection in the tsetse midgut, Trypanosoma brucei must colonise the ectoperitrophic space (ES), located between the PM and gut epithelium. Although unproven, it is generally accepted that trypanosomes reach the ES by directly penetrating the PM in the anterior midgut. Here we revisited this event by employing novel fluorescence and electron microscopy methodologies and found that instead, trypanosomes reach the ES via the newly secreted PM in the tsetse proventriculus. Within this model, parasites colonising the proventriculus can either migrate to the ES or become trapped within PM layers forming cysts that move along the entire gut as the PM gets remodelled. Early proventricular colonisation appears to be promoted by unidentified factors in trypanosome-infected blood, resulting in higher salivary gland infections and potentially increasing parasite transmission.

Peroxisomes are essential organelles involved in critical metabolic processes in animals such as fatty acid oxidation, ether phospholipid production and reactive oxygen species detoxification. We have generated transgenic Drosophila melanogaster models expressing fluorescent reporters for the selective autophagy of peroxisomes, a process known as pexophagy. Using light sheet microscopy, we have been able to obtain a global overview of pexophagy levels, across the entire organism at different stages of development. Tissue specific control of pexophagy is exemplified by areas of peroxisome abundance but minimal pexophagy observed in clusters of oenocytes, which are the major site of long chain fatty acid synthesis. They are surrounded by epithelial cells where pexophagy is much more evident. Enhancement of pexophagy was achieved by feeding flies with the iron chelator deferiprone, in line with past results using mammalian cells. Specific drivers were used to visualise pexophagy in neurons, in which we tested the role of two proteins proposed to regulate pexophagy. Firstly, depletion of CG8814, the Drosophila homologue of the yeast protein Atg37, had no noticeable impact on pexophagy. In contrast, specific depletion in the larval central nervous system of Hsc70-5, the Drosophila homologue of the chaperone HSPA9/Mortalin, led to a substantial elevation in pexophagy.