The novel coronavirus SARS-CoV-2 is responsible for the ongoing COVID-19 pandemic and has caused a major health and economic burden worldwide. Understanding how SARS-CoV-2 viral proteins behave in host cells can reveal underlying mechanisms of pathogenesis and assist in development of antiviral therapies. Here we use BioID to map the SARS-CoV-2 virus-host interactome using human lung cancer derived A549 cells expressing individual SARS-CoV-2 viral proteins. Functional enrichment analyses revealed previously reported and unreported cellular pathways that are in association with SARS-CoV-2 proteins. We have also established a website to host the proteomic data to allow for public access and continued analysis of host-viral protein associations and whole-cell proteomes of cells expressing the viral-BioID fusion proteins. Collectively, these studies provide a valuable resource to potentially uncover novel SARS-CoV-2 biology and inform development of antivirals.

Abstract Batten disease is unique among lysosomal storage disorders for the early and profound manifestation in the central nervous system, but little is known regarding potential neuron-specific roles for the disease-associated proteins. We demonstrate substantial overlap in the protein interactomes of three transmembrane Batten proteins (CLN3, CLN6, and CLN8), and that their absence leads to synaptic depletion of key partners (i.e. SNAREs and tethers) and aberrant synaptic SNARE dynamics in vivo , demonstrating a novel shared etiology.

Summary The E3 ubiquitin ligase RNF12/RLIM controls developmental gene expression and is mutated in the X-linked intellectual disability disorder Tonne-Kalscheuer syndrome (TOKAS). However, the mechanisms by which RNF12 E3 ubiquitin ligase activity controls specific gene expression signatures are not known. Here, we show that chromatin forms a regulatory platform for RNF12 substrate ubiquitylation and transcriptional patterning. RNF12 is recruited to specific genomic regions via a distinct consensus sequence motif, which enables targeting to key transcription factor substrate REX1. Mechanistically, RNF12 chromatin recruitment is largely REX1 independent, but is achieved via the conserved basic region (BR) adjacent to the RING domain. This region is critical for REX1 ubiquitylation on chromatin and downstream RNF12-dependent gene regulation. Furthermore, we find that RNF12 N-terminal sequences suppress chromatin recruitment and substrate ubiquitylation, uncovering a previously unappreciated autoinhibitory mechanism that governs genome targeting. Taken together, our results provide insight into mechanisms by which selective substrate targeting of an E3 ubiquitin ligase enables specific programming of gene expression.