Abstract As newer variants of SARS-CoV-2 continue to pose major threats to global human health and economy, identifying novel druggable antiviral targets is the key towards sustenance. Here, we identify an evolutionary conserved “E-L-L” motif present within the HR2 domain of all human and non-human coronavirus spike (S) proteins that play a crucial role in stabilizing the post-fusion six-helix bundle (6-HB) structure and thus, fusion-mediated viral entry. Mutations within this motif reduce the fusogenicity of the S protein without affecting its stability or membrane localization. We found that posaconazole, an FDA-approved drug, binds to this “E-L-L” motif resulting in effective inhibition of SARS-CoV-2 infection in cells. While posaconazole exhibits high efficacy towards blocking S protein-mediated viral entry, mutations within the “E-L-L” motif rendered the protein completely resistant to the drug, establishing its specificity towards this motif. Our data demonstrate that posaconazole restricts early stages of infection through specific inhibition of membrane fusion and viral genome release into the host cell and is equally effective towards all major variants of concerns of SARS-CoV-2 including beta, kappa, delta, and omicron. Together, we show that this conserved essential “E-L-L” motif is an ideal target for the development of prophylactic and therapeutic interventions against SARS-CoV-2.

Matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry (MALDI-MS), useful for the detection of macromolecules, is generally not suitable for recording the mass spectrum of small molecules, especially within the range of m/z 500, because of the appearance of matrix cluster peaks in the small molecular weight range. To circumvent this problem, a matrix-free variant of MALDI-MS, namely Label-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry (LALDI-MS) has been developed in recent years where analytes get covalently attached to a laser absorbing label which induces the desorption/ionization process thus facilitating the recording the mass spectra and avoiding the problem of formation of cluster peaks. In general, the probes used for such detections are all pyrene-based scaffolds which despite being a good laser-active chromophore have both reactivity and solubility problems. Inspired by the right chromophoric nature, we have undertaken a systematic study to design and optimize cinnamaldehyde derivatives and have found that p-methoxy cinnamaldehyde (PMC) as a simpler, cost-effective, less hydrophobic laser-active label, which can detect a series of primary amines, including the neurotransmitters and amino acids. The label PMC can also discriminate between aliphatic and aromatic primary amines.