TH
Ting Han
Author with expertise in Medicinal Mushrooms: Antitumor and Immunomodulating Properties
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
7
(57% Open Access)
Cited by:
199
h-index:
50
/
i10-index:
158
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Endophyte Chaetomium globosum D38 and its elicitors promote tanshinones accumulation of Salvia miltiorrhiza

Xin Zhai et al.Jul 21, 2017
Due to the low yield of tanshinones and their analogues in Salvia miltiorrhiza, there are all kinds of stimulation strategies having been applied to improve tanshinones output in plant tissue cultures. Endophytic fungi have formed various different relationships with their host plants withstanding host and environmental factors, including symbiotic, mutualistic, commensalistic, and parasitic. Thus we take the assumption that endophytic fungi may be an emerging microbial tool used to promote secondary metabolism, which will promote the production of active compounds through endophyte-based biology method. Our study therefore aimed to examine the effects of live endophytic fungus Chaetomium globosum D38 and its elicitors on the accumulation of tanshinones in hairy root cultures of Salvia miltiorrhiza. C. globosum D38 mainly colonized in the intercellular gap of xylem parenchyma cells of S. miltiorrhiza hairy root, during long term co-existence without any toxicity against S. miltiorrhiza hairy root. Moreover, both of the live fungus and its mycelia extracts could induce the production of tanshinones, in special dihydrotanshinone I and cryptotanshinone. The effects of mycelia extracts were much stronger than that of the live fungus on tanshinones synthesis, which increased the transcriptional activity of genes with repect to tanshinone biosynthetic pathway obviously. Our results indicated that both of the live C. globosum D38 and its mycelia extracts could be utilized for tanshinones accumulation in S. miltiorrhiza hairy root. What's more, D38 also could be made into biotic fertilizer applying into S.miltiorrhiza seddlings, which not only promoted host growth but the tanshinones and phenylpropionic acid accumulation. In the soil environment, D38 had formed bitrophic and mutual beneficial relationship with the host and enhanced the primary metabolism on the whole so as to have facilitative effects on phenylpropionic acid accumulation. To sum up, Chaetomium globosum D38 was a highly effective endophytic fungus for S. miltiorrhiza.
0

A stable beneficial symbiotic relationship between endophytic fungus Schizophyllum commune and host plant Panax ginseng

Xin Zhai et al.Aug 14, 2017
Endophytes and plants can establish specific long-term symbiosis through the accumulation of secondary metabolites. Interactions between microbial inhabitants represent a novel area of study for natural products research. In this study, a strain of endophyte 3R-2 that can enhance the biomass and contents of ginsenoside Rc, ginsenoside Rg2 and ginsenoside Rg3 of Panax ginseng hairy roots was screened out via HPLC, which was identified as Schizophyllum commune through the morphological and molecular identification. On the base, we found the infection of the endophyte were obviously observed widely in the P. ginseng and the strain formed a stable relationship with P. ginseng hairy roots in parenchyma cells around through tissues embedding slicing, HE ammonium silver staining and immunofluorescence staining. On the other hand, elicitors of fungus 3R-2 can also significantly promote hairy root growth and contents of several ginsenosides, even several times higher than 3R-2 mycelium did. Moreover, S. commune 3R-2 mycelium and its elicitor could enhance the transcriptional activity of key genes during the ginsenosides biosynthetic pathway dramatically. Thus, endophyte S. commune 3R-2 and its elicitor change the chemical substance content by regulating the expression of genes involved in the secondary metabolite biosynthetic pathway.
21

Design and performance of a long-read sequencing panel for pharmacogenomics

Maaike Lee et al.Oct 26, 2022
Abstract Pharmacogenomics (PGx)-guided drug treatment is one of the cornerstones of personalized medicine. However, the genes involved in drug response are highly complex and known to carry many (rare) variants. Current technologies (short-read sequencing and SNP panels) are limited in their ability to resolve these genes and characterize all variants. Moreover, these technologies cannot always phase variants to their allele of origin. Recent advance in long-read sequencing technologies have shown promise in resolving these problems. Here we present a long-read sequencing panel-based approach for PGx using PacBio HiFi sequencing. A capture based approach was developed using a custom panel of clinically-relevant pharmacogenes including up- and downstream regions. A total of 27 samples were sequenced and panel accuracy was determined using benchmarking variant calls for 3 Genome in a Bottle samples and GeT-RM star(*)-allele calls for 21 samples.. The coverage was uniform for all samples with an average of 94% of bases covered at >30×. When compared to benchmarking results, accuracy was high with an average F1 score of 0.89 for INDELs and 0.98 for SNPs. Phasing was good with an average of 68% the target region phased (compared to ~20% for short-reads) and an average phased haploblock size of 6.6kbp. Using Aldy 4, we compared our variant calls to GeT-RM data for 8 genes ( CYP2B6, CYP2C19, CYP2C9, CYP2D6, CYP3A4, CYP3A5, SLCO1B1, TPMT ), and observed highly accurate star(*)-allele calling with 98.2% concordance (165/168 calls), with only one discordance in CYP2C9 leading to a different predicted phenotype. We have shown that our long-read panel-based approach results in high accuracy and target phasing for SNVs as well as for clinical star(*)-alleles.