ABSTRACT With the rapid development of aquaculture, more and more fish species from wild environments are artificially domesticated and cultured. In the process of domestication, the fish develop some adaptations and phenotypic traits, namely selection signatures. However, it is still unclear about the biological process underlying these selection signatures. Here, we used grass carp ( Ctenopharyngodon idellus ), an aquaculture fish with the largest production worldwide, to detect its selection signatures and investigate the roles of DNA methylation in the emergence of selection signatures during domestication based on whole-genome bisulfite sequencing technology. Our results showed that domesticated grass carp demonstrated four selection signatures, including growth and metabolism, immunity, foraging and learning behaviors, and 38 candidate genes were associated with these traits. 16 of candidate genes, such as IGF-1, GK, GYS1, etc., were found to play major roles in the growth and metabolism. Immunity signature was related to 11 of candidate genes, including MHCI, MHCII, C1QA, etc. The GRM1, TAS1R1 and TAS1R3 genes were essential for the adaptation of domesticated grass carp to commercial feed in artificial rearing condition. The C-FOS, POMC and CBP genes might be responsible for the acquisition of novel feeding habits and contribute to faster growth indirectly by enhancing food intake. These findings would provide new insights to expand our understanding on the role of DNA methylation in shaping physiological phenotypes in fish, and also contribute to efficient breeding of aquaculture stocks and restocking programs.

Abstract Microbial transfer from the environment can influence a person’s health, but relevant studies often have confounding variables and short durations. Here, we used the unique environment of the International Space Station (ISS) to track movement of microbes between an astronaut’s commensal microbiomes and their environment. We identified several microbial taxa, including Serratia proteamaculans and Rickettsia australis which appear to have been transferred from the ISS to the commensal microbiomes of the astronaut. Strains were matched at the SNP and haplotype-level, and notably some strains persisted even after the astronaut’s return to Earth. Some transferred taxa correspond to secondary strains in the ISS environment, suggesting that transfer may be mediated by evolutionary selection. Finally, we show evidence that the T-Cell repertoire of the astronaut changes to become more specific to environmental taxa, suggesting that continual microbial and immune monitoring can help guide spaceflight mission planning, health monitoring, and habitat design.

Abstract The potential distribution of species offers important information for species management, especially for fruit trees with economic value. The sweet cherry is a tree species with higher economic value among deciduous fruit trees in north China. Herein, its potential distributions were modeled under current conditions. The performances of this model were excellent with AUCs of >0.9 for model training and testing. The key factors identified were the thermal factors (min temperature of coldest month (bio06) from -14.5 to 4.5°C, the mean temperature of warmest quarter (bio10) from 21.0 to 28.0°C), followed by water factor (the annual precipitation (bio12) from 500 to 1200 mm). Its suitable region in China mainly is located on 6 geographical regions including southwest China (eastern Sichuan, northeast and main urban areas of Chongqing, mid-western Guizhou and mid-northern Yunnan), northwest China (mid-southern Shaanxi, southern Ningxia mid-southern and eastern Gansu), northeast China (Coastal region of Liaoning), central China (most of Henan, mid-northern Hubei and central Hunan), north China (Beijing, Tianjing, mid-southern Shanxi), east China (Shanghai, Jiangsu, Shandong, central Zhejiang, central and northern Anhui and eastern Jiangxi) and south China (western Guangxi). Relative to their actual distributions, Hubei, Hunan and Anhui etc have been identified to have some potentially suitable areas for these sweet cherries. Among them, these 9 provinces or cities (Shaanxi, Beijing, Tianjing, Shanxi, Hebei, Henan, Shanghai, Jiangsu and Shandong) are main regions for its current development and utilization, followed by Sichuan, Guizhou,Yunnan, Gansu, Liaoning, Hubei, Zhejiang and Guangxi etc. The results can be adopted to identify the suitable areas for its introduction and cultivation to avoid the losses of human labor, material and financial resources due to improper decision, and to provide a scientific basis for its current introduction, cultivation and management.

Abstract The Nile rat ( Avicanthis niloticus ) is an important animal model for biomedical research, including the study of diurnal rhythms and type 2 diabetes. Here, we report a 2.5 Gb, chromosome-level reference genome assembly with fully resolved parental haplotypes, generated with the Vertebrate Genomes Project (VGP). The assembly is highly contiguous, with contig N50 of 11.1 Mb, scaffold N50 of 83 Mb, and 95.2% of the sequence assigned to chromosomes. We used a novel workflow to identify 3,613 segmental duplications and quantify duplicated genes. Comparative analyses revealed unique genomic features of the Nile rat, including those that affect genes associated with type 2 diabetes and metabolic dysfunctions. These include 14 genes that are heterozygous in the Nile rat or highly diverged from the house mouse. Our findings reflect the exceptional level of genomic detail present in this assembly, which will greatly expand the potential of the Nile rat as a model organism for genetic studies.