The benefits of childhood vaccines are critically dependent on vaccination coverage. We used a vaccine registry (as gold standard) in Kenya to quantify errors in routine coverage methods (surveys and administrative reports), to estimate the magnitude of survivor bias, contrast coverage with timeliness and use both measures to estimate population immunity. We found coverage surveys in the 2nd year of life overestimate coverage by 2%. Compared to mean coverage in infants, static coverage at 12 months was exaggerated by 7-8% for third doses of oral polio, pentavalent (Penta3) and pneumococcal conjugate vaccines, and by 24% for the measles vaccine. Surveys and administrative coverage also underestimated the proportion of the fully immunised child by 10-14%. For BCG, Penta3 and measles, timeliness was 23-44% higher in children born in a health facility but 20-37% lower in those who first attended during vaccine stock outs. Coverage surveys in 12-23 month old children overestimate protection by ignoring timeliness, and survivor and recall biases.

Background: Pneumococcal conjugate vaccines (PCV) are highly protective against invasive pneumococcal disease caused by vaccine serotypes but the burden of pneumococcal disease in developing countries is dominated by pneumonia, most of which is non-bacteraemic. We examined the impact of PCV on pneumonia incidence. Methods: We linked prospective hospital surveillance for clinically-defined WHO severe or very-severe pneumonia at Kilifi County Hospital from 2002-2015 to population surveillance at Kilifi Health and Demographic Surveillance System, comprising 45,000 children aged <5 years. Chest radiographs were read according to a WHO standard. A 10-valent pneumococcal non-typeable Haemophilus influenzae protein D conjugate vaccine (PCV10) was introduced in Kenya in January 2011. In Kilifi, there was a catch-up campaign for children aged <5 years. We estimated the impact of PCV10 on pneumonia incidence through interrupted time series analysis accounting for seasonal and temporal trends. Findings: The incidence of admission with clinically-defined pneumonia in 2002/3 was 21.7/1000/year in children aged 2-59 months. This declined progressively over 13 years. By the end of March 2011, 61.1% of children aged 2-11 months received >=2 doses and 62.3% of children aged 12-59 months received >=1 dose of PCV10. Adjusted incidence rate ratios for admissions with radiologically-confirmed pneumonia, clinically-defined pneumonia, and diarrhoea (control condition), associated with PCV10 introduction, were 0.52 (95% CI 0.32-0.86), 0.73 (95% CI 0.54-0.97) and 0.63, (95% CI 0.31-1.26), respectively. The annual incidence of clinically-defined pneumonia in December 2010 was 12.2/1000; this was reduced by 3.3/1000 with PCV10 introduction. Interpretation: Over 13 years, hospitalisations for clinically-defined pneumonia declined progressively at Kilifi County Hospital but fell abruptly by 27% in association with PCV10 introduction. The incidence of radiologically-confirmed pneumonia fell by 48%. The burden of childhood pneumonia in Kilifi, Kenya, has been reduced substantially by PCV10. Funding: Gavi, Wellcome Trust

Background: 10-valent pneumococcal conjugate vaccine (PCV10), delivered at 6, 10 and 14 weeks of age, was introduced in Kenya in January 2011, accompanied by a catch-up campaign in Kilifi County for children <5 years. Coverage with ≥2 PCV10 doses in children 2-11 months was 80% in 2011 and 84% in 2016; coverage with ≥1 dose in children 12-59 months was 66% and 87%, respectively. Methods: Clinical and microbiological surveillance for invasive pneumococcal disease (IPD) among admissions of all ages at Kilifi County Hospital was linked to the Kilifi Health and Demographic Surveillance System from 1999-2016. We calculated the incidence rate ratio (IRR) comparing the pre-vaccine and post-vaccine eras, adjusted for confounding, and reported percent reduction in IPD as 1-IRR. Annual cross-sectional surveys of nasopharyngeal carriage were conducted from 2009-2016. Findings: Surveillance identified 667 IPD cases in 3,211,403 person-years of observation. IPD incidence in children <5 years fell sharply in 2011 following PCV10 introduction, and remained low (PCV10-type IPD: 60.8 vs 3.2/100,000 [92% reduction; 95% CI: 78, 97]; overall IPD: 81.6 vs 15.3/100,000 [68% reduction; 95% CI: 40, 83]; 1999-2010 vs 2012-2016). PCV10-type IPD also declined significantly in unvaccinated age groups (<2 months, 5-14 years, ≥15 years), with estimated reductions of 100%, 74%, and 81%, respectively. There was no significant change in the incidence of non-PCV10 type IPD. In children aged <5 years, PCV10-type carriage declined by 74% and non-PCV10-type carriage increased by 71%. Interpretation: Introduction of PCV10 in Kenya resulted in a substantial reduction in PCV10-type IPD in children and adults without significant replacement disease. These findings suggest that routine infant PCV10 immunization programmes with catch-up campaigns will provide substantial direct and indirect protection in low-income settings in tropical Africa. Funding: Gavi, The Vaccine Alliance; The Wellcome Trust of Great Britain