Abstract The cBio Cancer Genomics Portal (http://cbioportal.org) is an open-access resource for interactive exploration of multidimensional cancer genomics data sets, currently providing access to data from more than 5,000 tumor samples from 20 cancer studies. The cBio Cancer Genomics Portal significantly lowers the barriers between complex genomic data and cancer researchers who want rapid, intuitive, and high-quality access to molecular profiles and clinical attributes from large-scale cancer genomics projects and empowers researchers to translate these rich data sets into biologic insights and clinical applications. Cancer Discov; 2(5); 401–4. ©2012 AACR.

The cBioPortal for Cancer Genomics (http://cbioportal.org) provides a Web resource for exploring, visualizing, and analyzing multidimensional cancer genomics data. The portal reduces molecular profiling data from cancer tissues and cell lines into readily understandable genetic, epigenetic, gene expression, and proteomic events. The query interface combined with customized data storage enables researchers to interactively explore genetic alterations across samples, genes, and pathways and, when available in the underlying data, to link these to clinical outcomes. The portal provides graphical summaries of gene-level data from multiple platforms, network visualization and analysis, survival analysis, patient-centric queries, and software programmatic access. The intuitive Web interface of the portal makes complex cancer genomics profiles accessible to researchers and clinicians without requiring bioinformatics expertise, thus facilitating biological discoveries. Here, we provide a practical guide to the analysis and visualization features of the cBioPortal for Cancer Genomics.

P Levéen, M Pekny, S Gebre-Medhin, B Swolin, E Larsson, and C Betsholtz Department of Medical Biochemistry, University of Göteborg, Sweden.

The antioxidants acetylcysteine and vitamin E accelerate tumor progression and reduce survival in mouse models of lung cancer by disrupting the ROS-p53 axis.

Abstract Summary: Although small non-coding RNAs, such as microRNAs, have well-established functions in the cell, long non-coding RNAs (lncRNAs) have only recently started to emerge as abundant regulators of cell physiology, and their functions may be diverse. A small number of studies describe interactions between small and lncRNAs, with lncRNAs acting either as inhibitory decoys or as regulatory targets of microRNAs, but such interactions are still poorly explored. To facilitate the study of microRNA–lncRNA interactions, we implemented miRcode: a comprehensive searchable map of putative microRNA target sites across the complete GENCODE annotated transcriptome, including 10 419 lncRNA genes in the current version. Availability: http://www.mircode.org Contact: erik.larsson@gu.se Supplementary Information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.

Polarization of tumor-associated macrophages (TAMs) to a proangiogenic/immune-suppressive (M2-like) phenotype and abnormal, hypoperfused vessels are hallmarks of malignancy, but their molecular basis and interrelationship remains enigmatic. We report that the host-produced histidine-rich glycoprotein (HRG) inhibits tumor growth and metastasis, while improving chemotherapy. By skewing TAM polarization away from the M2- to a tumor-inhibiting M1-like phenotype, HRG promotes antitumor immune responses and vessel normalization, effects known to decrease tumor growth and metastasis and to enhance chemotherapy. Skewing of TAM polarization by HRG relies substantially on downregulation of placental growth factor (PlGF). Besides unveiling an important role for TAM polarization in tumor vessel abnormalization, and its regulation by HRG/PlGF, these findings offer therapeutic opportunities for anticancer and antiangiogenic treatment.

Abstract Twenty monoclonal antibodies reactive with type II collagen were characterized as to their determinant specificity and their reactivity with cartilage‐derived components. The monoclonal antibodies reacted with 7 different epitopes on the native type II collagen triple helical structure. Antibodies defining 3 of these epitopes occurred more frequently in sera from arthritic mice than in sera from nonarthritic mice. In vivo injection of some selected autoreactive antibodies caused synovitis, but in no case did it give rise to full‐blown arthritis.

Background

 The gut microbiota has profound effects on host physiology but local host–microbial interactions in the gut are only poorly characterised and are likely to vary from the sparsely colonised duodenum to the densely colonised colon. Microorganisms are recognised by pattern recognition receptors such as Toll-like receptors, which signal through the adaptor molecule MyD88. 

Methods

 To identify host responses induced by gut microbiota along the length of the gut and whether these required MyD88, transcriptional profiles of duodenum, jejunum, ileum and colon were compared from germ-free and conventionally raised wild-type and Myd88−/− mice. The gut microbial ecology was assessed by 454-based pyrosequencing and viruses were analysed by PCR. 

Results

 The gut microbiota modulated the expression of a large set of genes in the small intestine and fewer genes in the colon but surprisingly few microbiota-regulated genes required MyD88 signalling. However, MyD88 was essential for microbiota-induced colonic expression of the antimicrobial genes Reg3β and Reg3γ in the epithelium, and Myd88 deficiency was associated with both a shift in bacterial diversity and a greater proportion of segmented filamentous bacteria in the small intestine. In addition, conventionally raised Myd88−/− mice had increased expression of antiviral genes in the colon, which correlated with norovirus infection in the colonic epithelium. 

Conclusion

 This study provides a detailed description of tissue-specific host transcriptional responses to the normal gut microbiota along the length of the gut and demonstrates that the absence of MyD88 alters gut microbial ecology.

The FET family proteins FUS, EWSR1 and TAF15 are RNA-binding proteins with diverse nuclear functions. PAR-CLIP analyses now reveal the genome-wide RNA targets of all three human FET proteins and of two FUS mutants that cause amyotrophic lateral sclerosis. Although the RNA-binding properties of the mutants remain unchanged, the spectrum of RNA targets is altered because of the changed subcellular localization of the mutants. FUS, EWSR1 and TAF15, constituting the FET protein family, are abundant, highly conserved RNA-binding proteins with important roles in oncogenesis and neuronal disease, yet their RNA targets and recognition elements are unknown. Using PAR-CLIP, we defined global RNA targets for all human FET proteins and two ALS-causing human FUS mutants. FET members showed similar binding profiles, whereas FUS mutants showed a drastically altered binding pattern, consistent with changes in subcellular localization.