Importance

 The clinical management ofBRCA1andBRCA2mutation carriers requires accurate, prospective cancer risk estimates. 

Objectives

 To estimate age-specific risks of breast, ovarian, and contralateral breast cancer for mutation carriers and to evaluate risk modification by family cancer history and mutation location. 

Design, Setting, and Participants

 Prospective cohort study of 6036BRCA1and 3820BRCA2female carriers (5046 unaffected and 4810 with breast or ovarian cancer or both at baseline) recruited in 1997-2011 through the InternationalBRCA1/2Carrier Cohort Study, the Breast Cancer Family Registry and the Kathleen Cuningham Foundation Consortium for Research into Familial Breast Cancer, with ascertainment through family clinics (94%) and population-based studies (6%). The majority were from large national studies in the United Kingdom (EMBRACE), the Netherlands (HEBON), and France (GENEPSO). Follow-up ended December 2013; median follow-up was 5 years. 

Exposures

 BRCA1/2mutations, family cancer history, and mutation location. 

Main Outcomes and Measures

 Annual incidences, standardized incidence ratios, and cumulative risks of breast, ovarian, and contralateral breast cancer. 

Results

 Among 3886 women (median age, 38 years; interquartile range [IQR], 30-46 years) eligible for the breast cancer analysis, 5066 women (median age, 38 years; IQR, 31-47 years) eligible for the ovarian cancer analysis, and 2213 women (median age, 47 years; IQR, 40-55 years) eligible for the contralateral breast cancer analysis, 426 were diagnosed with breast cancer, 109 with ovarian cancer, and 245 with contralateral breast cancer during follow-up. The cumulative breast cancer risk to age 80 years was 72% (95% CI, 65%-79%) forBRCA1and 69% (95% CI, 61%-77%) forBRCA2carriers. Breast cancer incidences increased rapidly in early adulthood until ages 30 to 40 years forBRCA1and until ages 40 to 50 years forBRCA2carriers, then remained at a similar, constant incidence (20-30 per 1000 person-years) until age 80 years. The cumulative ovarian cancer risk to age 80 years was 44% (95% CI, 36%-53%) forBRCA1and 17% (95% CI, 11%-25%) forBRCA2carriers. For contralateral breast cancer, the cumulative risk 20 years after breast cancer diagnosis was 40% (95% CI, 35%-45%) forBRCA1and 26% (95% CI, 20%-33%) forBRCA2carriers (hazard ratio [HR] for comparingBRCA2vsBRCA1,0.62; 95% CI, 0.47-0.82;P=.001 for difference). Breast cancer risk increased with increasing number of first- and second-degree relatives diagnosed as having breast cancer for bothBRCA1(HR for ≥2 vs 0 affected relatives, 1.99; 95% CI, 1.41-2.82;P<.001 for trend) andBRCA2carriers (HR, 1.91; 95% CI, 1.08-3.37;P=.02 for trend). Breast cancer risk was higher if mutations were located outside vs within the regions bounded by positions c.2282-c.4071 inBRCA1(HR, 1.46; 95% CI, 1.11-1.93;P=.007) and c.2831-c.6401 inBRCA2(HR, 1.93; 95% CI, 1.36-2.74;P<.001). 

Conclusions and Relevance

 These findings provide estimates of cancer risk based onBRCA1 and BRCA2 mutation carrier status using prospective data collection and demonstrate the potential importance of family history and mutation location in risk assessment.

OBJECTIVE Proinsulin is a precursor of mature insulin and C-peptide. Higher circulating proinsulin levels are associated with impaired β-cell function, raised glucose levels, insulin resistance, and type 2 diabetes (T2D). Studies of the insulin processing pathway could provide new insights about T2D pathophysiology. RESEARCH DESIGN AND METHODS We have conducted a meta-analysis of genome-wide association tests of ∼2.5 million genotyped or imputed single nucleotide polymorphisms (SNPs) and fasting proinsulin levels in 10,701 nondiabetic adults of European ancestry, with follow-up of 23 loci in up to 16,378 individuals, using additive genetic models adjusted for age, sex, fasting insulin, and study-specific covariates. RESULTS Nine SNPs at eight loci were associated with proinsulin levels (P &lt; 5 × 10−8). Two loci (LARP6 and SGSM2) have not been previously related to metabolic traits, one (MADD) has been associated with fasting glucose, one (PCSK1) has been implicated in obesity, and four (TCF7L2, SLC30A8, VPS13C/C2CD4A/B, and ARAP1, formerly CENTD2) increase T2D risk. The proinsulin-raising allele of ARAP1 was associated with a lower fasting glucose (P = 1.7 × 10−4), improved β-cell function (P = 1.1 × 10−5), and lower risk of T2D (odds ratio 0.88; P = 7.8 × 10−6). Notably, PCSK1 encodes the protein prohormone convertase 1/3, the first enzyme in the insulin processing pathway. A genotype score composed of the nine proinsulin-raising alleles was not associated with coronary disease in two large case-control datasets. CONCLUSIONS We have identified nine genetic variants associated with fasting proinsulin. Our findings illuminate the biology underlying glucose homeostasis and T2D development in humans and argue against a direct role of proinsulin in coronary artery disease pathogenesis.

Roger Milne and colleagues conduct a genome-wide association study for estrogen receptor (ER)-negative breast cancer combined with BRCA1 mutation carriers in a large cohort. They identify ten new risk variants and find high genetic correlation between breast cancer risk for BRCA1 mutation carriers and risk of ER-negative breast cancer in the general population. Most common breast cancer susceptibility variants have been identified through genome-wide association studies (GWAS) of predominantly estrogen receptor (ER)-positive disease1. We conducted a GWAS using 21,468 ER-negative cases and 100,594 controls combined with 18,908 BRCA1 mutation carriers (9,414 with breast cancer), all of European origin. We identified independent associations at P < 5 × 10−8 with ten variants at nine new loci. At P < 0.05, we replicated associations with 10 of 11 variants previously reported in ER-negative disease or BRCA1 mutation carrier GWAS and observed consistent associations with ER-negative disease for 105 susceptibility variants identified by other studies. These 125 variants explain approximately 16% of the familial risk of this breast cancer subtype. There was high genetic correlation (0.72) between risk of ER-negative breast cancer and breast cancer risk for BRCA1 mutation carriers. These findings may lead to improved risk prediction and inform further fine-mapping and functional work to better understand the biological basis of ER-negative breast cancer.

Background Germline pathogenic variants in SDHB/SDHC / SDHD are the most frequent causes of inherited phaeochromocytomas/paragangliomas. Insufficient information regarding penetrance and phenotypic variability hinders optimum management of mutation carriers. We estimate penetrance for symptomatic tumours and elucidate genotype–phenotype correlations in a large cohort of SDHB/SDHC / SDHD mutation carriers. Methods A retrospective survey of 1832 individuals referred for genetic testing due to a personal or family history of phaeochromocytoma/paraganglioma. 876 patients (401 previously reported) had a germline mutation in SDHB/SDHC / SDHD (n=673/43/160). Tumour risks were correlated with in silico structural prediction analyses. Results Tumour risks analysis provided novel penetrance estimates and genotype–phenotype correlations. In addition to tumour type susceptibility differences for individual genes, we confirmed that the SDHD: p.Pro81Leu mutation has a distinct phenotype and identified increased age-related tumour risks with highly destabilising SDHB missense mutations. By Kaplan-Meier analysis, the penetrance (cumulative risk of clinically apparent tumours) in SDHB and (paternally inherited) SDHD mutation-positive non-probands (n=371/67 with detailed clinical information) by age 60 years was 21.8% (95% CI 15.2% to 27.9%) and 43.2% (95% CI 25.4% to 56.7%), respectively. Risk of malignant disease at age 60 years in non-proband SDHB mutation carriers was 4.2%(95% CI 1.1% to 7.2%). With retrospective cohort analysis to adjust for ascertainment, cumulative tumour risks for SDHB mutation carriers at ages 60 years and 80 years were 23.9% (95% CI 20.9% to 27.4%) and 30.6% (95% CI 26.8% to 34.7%). Conclusions Overall risks of clinically apparent tumours for SDHB mutation carriers are substantially lower than initially estimated and will improve counselling of affected families. Specific genotype–tumour risk associations provides a basis for novel investigative strategies into succinate dehydrogenase-related mechanisms of tumourigenesis and the development of personalised management for SDHB/SDHC / SDHD mutation carriers.

ABSTRACT Genome-wide association studies have identified breast cancer risk variants in over 150 genomic regions, but the mechanisms underlying risk remain largely unknown. These regions were explored by combining association analysis with in silico genomic feature annotations. We defined 205 independent risk-associated signals with the set of credible causal variants (CCVs) in each one. In parallel, we used a Bayesian approach (PAINTOR) that combines genetic association, linkage disequilibrium, and enriched genomic features to determine variants with high posterior probabilities (HPPs) of being causal. Potentially causal variants were significantly over-represented in active gene regulatory regions and transcription factor binding sites. We applied our INQUSIT pipeline for prioritizing genes as targets of potentially causal variants, using gene expression (eQTL), chromatin interaction and functional annotations. Known cancer drivers, transcription factors and genes in the developmental, apoptosis, immune system and DNA integrity checkpoint gene ontology pathways, were over-represented among the 178 highest confidence target genes.

Abstract Background Whether carriers of BRCA1 or BRCA2 (BRCA1/2) pathogenic variants (PVs) have increased risks of childhood, adolescent, and young adult (CAYA) cancers is controversial. We aimed to evaluate this risk and to inform clinical care of young BRCA1/2 PV carriers and genetic testing for CAYA cancer patients. Methods Using data from 47,117 individuals from 3,086 BRCA1/2 families, we conducted pedigree analysis to estimate relative risks (RRs) for cancers diagnosed before age 30. Results Our data included 274 cancers diagnosed before age 30: 139 breast cancers, 10 ovarian cancers, and 125 non-breast non-ovarian cancers. Associations for breast cancer in young adulthood (20-29 years) were found with RRs of 11.4 (95% CI: 5.5, 23.7) and 5.2 (95% CI: 1.6, 17.7) for BRCA1 and BRCA2 PV carriers, respectively. No association was found for any other investigated CAYA cancer, nor for all non-breast non-ovarian cancers combined: the RRs were 0.4 (95% CI: 0.1, 1.4) and 1.4 (95% CI: 0.7, 3.0) in BRCA1 or BRCA2 PV carriers, respectively. Conclusion We found no evidence that BRCA1/2 PV carriers have an increased CAYA cancer risk aside from breast cancer in women in their 20’s. Our results, along with a critical evaluation of previous germline sequencing studies, suggest that the childhood and adolescent cancer risk conferred by BRCA1/2 PV would be low (ie, RR &lt; 2) if it existed. Our findings do not support PV testing for offspring of BRCA1/2 PV carriers at ages &lt;18 years, nor for conducting BRCA1/2 PV testing for childhood and adolescent cancer patients.

Background: Smoking and alcohol use behaviors in humans have been associated with common genetic variants within multiple genomic loci. Investigation of rare variation within these loci holds promise for identifying causal variants impacting biological mechanisms in the etiology of disordered behavior. Microarrays have been designed to genotype rare nonsynonymous and putative loss of function variants. Such variants are expected to have greater deleterious consequences on gene function than other variants, and significantly contribute to disease risk. Methods: In the present study, we analyzed ~250,000 rare variants from 17 independent studies. Each variant was tested for association with five addiction-related phenotypes: cigarettes per day, pack years, smoking initiation, age of smoking initiation, and alcoholic drinks per week. We conducted single variant tests of all variants, and gene-based burden tests of nonsynonymous or putative loss of function variants with minor allele frequency less than 1%. Results: Meta-analytic sample sizes ranged from 70,847 to 164,142 individuals, depending on the phenotype. Known loci tagged by common variants replicated, but there was no robust evidence for individually associated rare variants, either in gene based or single variant tests. Using a modified method-of-moment approach, we found that all low frequency coding variants, in aggregate, contributed 1.7% to 3.6% of the phenotypic variation for the five traits (p<.05). Conclusions: The findings indicate that rare coding variants contribute to phenotypic variation, but that much larger samples and/or denser genotyping of rare variants will be required to successfully identify associations with these phenotypes, whether individual variants or gene- based associations.

Quantifying the genetic correlation between cancers can provide important insights into the mechanisms driving cancer etiology. Using genome-wide association study summary statistics across six cancer types based on a total of 296,215 cases and 301,319 controls of European ancestry, we estimate the pair-wise genetic correlations between breast, colorectal, head/neck, lung, ovary and prostate cancer, and between cancers and 38 other diseases. We observed statistically significant genetic correlations between lung and head/neck cancer (rg=0.57, p=4.6x10-8), breast and ovarian cancer (rg=0.24, p=7x10-5), breast and lung cancer (rg=0.18, p=1.5x10-6) and breast and colorectal cancer (rg=0.15, p=1.1x10-4). We also found that multiple cancers are genetically correlated with non-cancer traits including smoking, psychiatric diseases and metabolic characteristics. Functional enrichment analysis revealed a significant excess contribution of conserved and regulatory regions to cancer heritability. Our comprehensive analysis of cross-cancer heritability suggests that solid tumors arising across tissues share in part a common germline genetic basis.