Abstract Population isolates such as those in Finland benefit genetic research because deleterious alleles are often concentrated on a small number of low-frequency variants (0.1% ≤ minor allele frequency < 5%). These variants survived the founding bottleneck rather than being distributed over a large number of ultrarare variants. Although this effect is well established in Mendelian genetics, its value in common disease genetics is less explored 1,2 . FinnGen aims to study the genome and national health register data of 500,000 Finnish individuals. Given the relatively high median age of participants (63 years) and the substantial fraction of hospital-based recruitment, FinnGen is enriched for disease end points. Here we analyse data from 224,737 participants from FinnGen and study 15 diseases that have previously been investigated in large genome-wide association studies (GWASs). We also include meta-analyses of biobank data from Estonia and the United Kingdom. We identified 30 new associations, primarily low-frequency variants, enriched in the Finnish population. A GWAS of 1,932 diseases also identified 2,733 genome-wide significant associations (893 phenome-wide significant (PWS), P < 2.6 × 10 –11 ) at 2,496 (771 PWS) independent loci with 807 (247 PWS) end points. Among these, fine-mapping implicated 148 (73 PWS) coding variants associated with 83 (42 PWS) end points. Moreover, 91 (47 PWS) had an allele frequency of <5% in non-Finnish European individuals, of which 62 (32 PWS) were enriched by more than twofold in Finland. These findings demonstrate the power of bottlenecked populations to find entry points into the biology of common diseases through low-frequency, high impact variants.

Hyaluronan (HA) is an extracellular matrix polysaccharide that promotes cell migration through its cell surface receptors and by effecting changes in the physical environment. HA expression is frequently increased in malignant tumors, whereas its association with the invasive potential and patient outcome in breast cancer has not been reported. The localization and signal intensity of HA was analyzed in 143 paraffin-embedded tumor samples of human breast carcinoma using a biotinylated HA-specific probe. In the immediate peritumoral stroma, HA signal was moderately or strongly increased in 39% and 56% of the cases, respectively. Normal ductal epithelium showed no HA, whereas in 57% of the tumors at least some of the carcinoma cells were HA positive. The intensity of the stromal HA signal and the presence of cell-associated HA were both significantly related to poor differentiation of the tumors, axillary lymph node positivity, and short overall survival of the patients. In Cox's multivariate analysis, both the intensity of stromal HA signal alone and that combined with the HA positivity in tumor cells were independent prognostic factors for overall survival. These results suggest that HA is directly involved in the spreading of breast cancer and may offer a potential target for new therapies. Hyaluronan (HA) is an extracellular matrix polysaccharide that promotes cell migration through its cell surface receptors and by effecting changes in the physical environment. HA expression is frequently increased in malignant tumors, whereas its association with the invasive potential and patient outcome in breast cancer has not been reported. The localization and signal intensity of HA was analyzed in 143 paraffin-embedded tumor samples of human breast carcinoma using a biotinylated HA-specific probe. In the immediate peritumoral stroma, HA signal was moderately or strongly increased in 39% and 56% of the cases, respectively. Normal ductal epithelium showed no HA, whereas in 57% of the tumors at least some of the carcinoma cells were HA positive. The intensity of the stromal HA signal and the presence of cell-associated HA were both significantly related to poor differentiation of the tumors, axillary lymph node positivity, and short overall survival of the patients. In Cox's multivariate analysis, both the intensity of stromal HA signal alone and that combined with the HA positivity in tumor cells were independent prognostic factors for overall survival. These results suggest that HA is directly involved in the spreading of breast cancer and may offer a potential target for new therapies. Hyaluronan (HA) is an ubiquitous extracellular matrix component of connective, epithelial, and neural tissues.1Toole B Glycosaminoglycans in morphogenesis.in: Hay ED Cell Biology of the Extracellular Matrix. Plenum Press, New York1981: 259-294Crossref Google Scholar, 2Laurent T Fraser J Hyaluronan.FASEB J. 1992; 6: 2397-2404Crossref PubMed Scopus (2095) Google Scholar, 3Tammi R Ripellino JA Margolis RU Tammi M Localization of epidermal hyaluronic acid using the hyaluronate binding region of cartilage proteoglycan as a specific probe.J Invest Dermatol. 1988; 90: 412-414Abstract Full Text PDF PubMed Google Scholar Its expression is increased during active tissue remodeling, eg, during morphogenesis and wound healing.1Toole B Glycosaminoglycans in morphogenesis.in: Hay ED Cell Biology of the Extracellular Matrix. Plenum Press, New York1981: 259-294Crossref Google Scholar Elevated amounts of HA are also frequently found in malignant tumors, especially in the stroma of malignant areas,4Knudson W Biswas C Li X-Q Nemec R Toole B The role and regulation of tumour-associated hyaluronan. The Biology of Hyaluronan. Edited by D Evered, J Whelan.Ciba Found Symp. 1989; 143: 150-169PubMed Google Scholar, 5Toole B Biswas C Gross J Hyaluronate and invasiveness of the rabbit V2 carcinoma.Proc Natl Acad Sci USA. 1979; 76: 6299-6303Crossref PubMed Scopus (201) Google Scholar but also in the most aggressive cancer cells.6Kimata K Honma Y Okayama M Oguri K Hozumi M Suzuki S Increased synthesis of hyaluronic acid by mouse mammary carcinoma cell variants with high metastatic potential.Cancer Res. 1983; 43: 1347-1354PubMed Google Scholar, 7Ropponen K Tammi M Parkkinen J Eskelinen M Tammi R Lipponen P Ågren U Alhava E Kosma V-M Tumor cell-associated hyaluronan as an unfavorable prognostic factor in colorectal cancer.Cancer Res. 1998; 58: 342-347PubMed Google Scholar, 8Setälä L Tammi M Tammi R Eskelinen M Lipponen P A˚gren U Parkkinen J Alhava E Kosma V-M Hyaluronan expression in gastric cancer cells is associated with local and nodal spread and reduced survival rate.Br J Cancer. 1999; 79: 1133-1138Crossref PubMed Scopus (137) Google Scholar HA may support tumor growth and spread by regulating cell proliferation1Toole B Glycosaminoglycans in morphogenesis.in: Hay ED Cell Biology of the Extracellular Matrix. Plenum Press, New York1981: 259-294Crossref Google Scholar, 9Brecht M Mayer U Schlosser E Prehm P Increased hyaluronate synthesis is required for fibroblast detachment and mitosis.Biochem J. 1986; 239: 445-450Crossref PubMed Scopus (282) Google Scholar or by enhancing tumor neovascularization through fragmentation into angiogenic oligosaccharides.10Rooney P Kumar S Ponting J Wang M The role of hyaluronan in tumour neovascularization (review).Int J Cancer. 1995; 60: 632-636Crossref PubMed Scopus (263) Google Scholar HA likely promotes cell migration by effecting changes in the physical environment so that the accumulation of HA creates expanded gel-filled spaces where cells can migrate.1Toole B Glycosaminoglycans in morphogenesis.in: Hay ED Cell Biology of the Extracellular Matrix. Plenum Press, New York1981: 259-294Crossref Google Scholar, 11Pauli B Knudson W Tumor invasion: A consequence of destructive and compositional matrix alterations.Hum Pathol. 1988; 19: 628-639Abstract Full Text PDF PubMed Scopus (122) Google Scholar In addition, HA can, through its cell surface receptors for hyaluronan (HA)-mediated motility (RHAMM) and CD44, give motogenic signals that are mediated, at least in part, by the activation of focal adhesion kinase and mitogen-activated protein kinases.12Ohta S Yoshida J Iwata H Hamaguchi M Hyaluronate activates tyrosine phosphorylation of cellular proteins including focal adhesion kinase via CD44 in human glioma cells.Int J Oncol. 1997; 10: 561-564PubMed Google Scholar, 13Turley E Hyaluronan and cell locomotion.Cancer Met Rev. 1992; 11: 21-30Crossref PubMed Scopus (194) Google Scholar HA on the cell surface may also increase the probability of metastasis by facilitating the attachment of the disseminating carcinoma cells to lymph nodes or the endothelial cells in distant organs.14Zhang L Underhill C Chen L Hyaluronan on the surface of tumor cells is correlated with metastatic behavior.Cancer Res. 1995; 55: 428-433PubMed Google Scholar Several lines of evidence indicate that HA metabolism is altered in breast cancer and that this may play an important role in tumor progression. Biochemical15Takeuchi J Sobue M Sato E Shamoto M Miura K Nakagaki S Variation in glycosaminoglycan components of breast tumors.Cancer Res. 1976; 36: 2133-2139PubMed Google Scholar, 16Bertrand P Girard N Delpech B Duval C d'Anjou J Dauce JP Hyaluronan and hyaluronectin in the extracellular matrix of human breast carcinomas: comparison between invasive and non-invasive areas.Int J Cancer. 1992; 52: 1-6Crossref PubMed Scopus (132) Google Scholar and histochemical17Ponting J Kumar S Pye D Co-localisation of hyaluronan and hyaluronectin in normal and neoplastic breast tissues.Int J Oncol. 1993; 2: 889-893PubMed Google Scholar, 18Shuster S Smith HS Thor AD Stern R Enhanced deposition of hyaluronan in the stroma of human breast cancers.Proc Am Assoc Cancer Res. 1993; 34: 2Google Scholar, 19de la Torre M Wells A Bergh J Lindgren A Localization of hyaluronan in normal breast tissue, radial scar, and tubular breast carcinoma.Hum Pathol. 1993; 24: 1294-1297Abstract Full Text PDF PubMed Scopus (43) Google Scholar, 20Auvinen P Parkkinen J Johansson R Ågren U Tammi R Eskelinen M Kosma V-M Expression of hyaluronan in benign and malignant breast lesions.Int J Cancer (Pred Oncol). 1997; 74: 477-481Crossref PubMed Scopus (87) Google Scholar studies have shown that malignant breast tissue contains more HA than normal breast tissue or benign lesions. The stroma at the invading edge of the breast carcinomas is especially enriched in HA.16Bertrand P Girard N Delpech B Duval C d'Anjou J Dauce JP Hyaluronan and hyaluronectin in the extracellular matrix of human breast carcinomas: comparison between invasive and non-invasive areas.Int J Cancer. 1992; 52: 1-6Crossref PubMed Scopus (132) Google Scholar, 17Ponting J Kumar S Pye D Co-localisation of hyaluronan and hyaluronectin in normal and neoplastic breast tissues.Int J Oncol. 1993; 2: 889-893PubMed Google Scholar The stromal fibroblasts stimulated by the tumor cells are probably responsible for most of the HA accumulation in breast tumors.4Knudson W Biswas C Li X-Q Nemec R Toole B The role and regulation of tumour-associated hyaluronan. The Biology of Hyaluronan. Edited by D Evered, J Whelan.Ciba Found Symp. 1989; 143: 150-169PubMed Google Scholar, 5Toole B Biswas C Gross J Hyaluronate and invasiveness of the rabbit V2 carcinoma.Proc Natl Acad Sci USA. 1979; 76: 6299-6303Crossref PubMed Scopus (201) Google Scholar, 21Schor SL Schor AM Grey AM Chen J Rushton G Grant ME Ellis I Mechanism of action of the migration stimulating factor produced by fetal and cancer patient fibroblasts: effect on hyaluronic acid synthesis.In Vitro Cell Dev Biol. 1989; 25: 737-746Crossref PubMed Scopus (67) Google Scholar, 22Cedeno D Stern R Stimulation of hyaluronic acid synthesis in fibroblasts by cocultivation with human breast tumor cell lines.J Cell Biol. 1986; 103: 101aGoogle Scholar However, the most tumorigenic and phenotypically aggressive breast carcinoma cell lines also synthesize large quantities of HA, unlike the less malignant cell lines.6Kimata K Honma Y Okayama M Oguri K Hozumi M Suzuki S Increased synthesis of hyaluronic acid by mouse mammary carcinoma cell variants with high metastatic potential.Cancer Res. 1983; 43: 1347-1354PubMed Google Scholar The invasive potential created by the accumulation of HA may be further aggravated by changes in the expression of HA receptors, CD44 and RHAMM, which both are frequently observed in breast cancer cells.23Joensuu H Klemi P Toikkanen S Jalkanen S Glycoprotein CD44 expression and its association with survival in breast cancer.Am J Pathol. 1993; 143: 867-874PubMed Google Scholar, 24Wang C Thor A Moore II, D Zhao Y Kerschmann R Stern R Watson P Turley E The overexpression of RHAMM, a hyaluronan-binding protein that regulates ras signaling, correlates with overexpression of mitogen-activated protein kinase and is a significant parameter in breast cancer progression.Clin Cancer Res. 1998; 4: 567-576PubMed Google Scholar Despite the extensive evidence for increased HA expression in breast cancer and the general ability of HA to promote experimental tumor progression, no direct relationship between the level of HA accumulation in human breast carcinomas and patient survival rate has been reported. Here we establish a strong correlation between the progression of the disease and the degree of HA accumulation within the peritumoral stroma and cancer cells. These findings are consistent with a causal role of HA in the advancement of human breast carcinoma. The patient material consisted of 143 women operated on for primary, invasive breast cancer at Kuopio University hospital between 1980 and 1984, and monitored until June 1990. These patients were selected from the original cohort of 237 patients. In 26 of these cases either the clinical data or histopathologic samples were not available, and in 68 cases the histopathologic reevaluation of available samples did not reveal tumor tissue. The formalin-fixed, paraffin-embedded, 5-μm-thick sections were stained with hematoxylin and eosin for histological typing and grading. Tumor size was recorded as the largest diameter in fresh mastectomy specimens. Axillary lymph node status was studied histopathologically in 93% of patients. The estrogen receptor (ER) status and progesterone receptor (PR) status were assayed as previously described.25Vihko R Jänne O Kontula K Syrjälä P Female sex steroid receptor status in primary and metastatic breast carcinoma and its relationship to serum steroid and peptide hormone levels.Int J Cancer. 1980; 26: 13-21Crossref PubMed Scopus (70) Google Scholar ER status was available in 130 (91%) cases and PR status in 132 (92%) cases. The primary treatment was mastectomy for 139 patients (97%). Postoperative radiotherapy was given to 67 patients (47%). Adjuvant hormonal therapy and chemotherapy were given to 24 (17%) and 30 (21%) patients, respectively. The clinical data of the patients are summarized in Table 1.Table 1Clinical Data of 143 Breast Cancer PatientsParameterResultsMedian age (range)60 (27–91) yearsMean follow-up, years (±SD)5.7 (±2.6) yearsTumor size≤2 cm52 (36%)2–5 cm71 (50%)>5 cm20 (14%)Axillary lymph node status (pathological)Negative62 (43%)Positive71 (50%)Unknown10 (7%)Metastases at diagnosisNo137 (96%)Yes6 (4%)Histological typeDuctal carcinoma128 (90%)Lobular carcinoma13 (9%)Others2 (1%)Histological gradeI9 (6%)II71 (50%)III63 (44%)Death during follow-upAlive75 (52%)Breast cancer death55 (38%)Other causes13 (10%) Open table in a new tab The biotinylated complex of the hyaluronan-binding region and link protein (bHABC) was prepared from bovine articular cartilage as described previously.26Wang C Tammi M Hongtao G Tammi R Hyaluronan distribution in the normal epithelium of esophagus, stomach and colon and their cancers.Am J Pathol. 1996; 148: 1861-1869PubMed Google Scholar, 27Tammi R Ågren U Tuhkanen A Tammi M Hyaluronan metabolism in skin.Prog Histochem Cytochem. 1994; 29: 1-77Crossref PubMed Scopus (140) Google Scholar Briefly, the proteoglycans were extracted from the cartilage with 4 mol/L guanidine chloride. The extract was dialyzed against distilled water in the presence of high-molecular-weight hyaluronan. The C terminus of the proteoglycan molecule was cleaved with trypsin, and the resultant complex of hyaluronan-binding region and link protein (HABC) with HA was purified using hydroxylapatite chromatography and gel filtration. The complex was biotinylated, and the bHABC was separated from HA using gel filtration under dissociative conditions. The purity of the preparation was tested by polyacrylamide gel electrophoresis and Western blotting. The sections were deparaffinized in xylene, rehydrated with graded alcohols, and washed with sodium phosphate buffer (PB; 0.1 mol/L, pH 7.4). Endogenous peroxidase was blocked with 3. H2O2 for 3 minutes, and nonspecific binding was blocked with 1% bovine serum albumin in PB for 30 minutes. The sections were incubated in bHABC (2.5 μg/ml, diluted in 1% bovine serum albumin) overnight at 4°C. The slides were washed with PB and treated with avidin-biotin-peroxidase (Vector Laboratories, Irvine, CA; 1:200 dilution) for 1 hour at room temperature. After the wash with PB, the color was developed with 0.05% 3,3′-diaminobenzidine (Sigma Chemical Co., St. Louis, MO) and 0.03. H2O2 in PB at room temperature for 5 minutes. The slides were counterstained with Mayer's hematoxylin for 2 minutes, washed, dehydrated, and mounted in DePex. The specificity of the staining was controlled by digesting some sections with Streptomyces hyaluronidase in the presence of protease inhibitors before staining or preincubating the bHABC probe with hyaluronan oligosaccharides.27Tammi R Ågren U Tuhkanen A Tammi M Hyaluronan metabolism in skin.Prog Histochem Cytochem. 1994; 29: 1-77Crossref PubMed Scopus (140) Google Scholar The sections were examined by a dual-head microscope simultaneously by two observers (P. A. and V-M. K.). The level of the stromal HA signal in the invasive areas of breast carcinoma was graded as weak (no intense HA signal in peritumoral stroma), moderate (<50% with intense signal), or strong (≥50% with intense signal) and recorded as 1–3, respectively. The expression of HA in carcinoma cells was graded as negative or positive and recorded as 0 or 1, respectively. The cell-associated signal was also scored according to its apparent location in cell surface, cytoplasm, and nucleus. The statistics were computed by using the SPSS Base 7.5 for Windows program package. The relationships between variables were tested using χ2Laurent T Fraser J Hyaluronan.FASEB J. 1992; 6: 2397-2404Crossref PubMed Scopus (2095) Google Scholar analysis. Univariate survival analyses were based on the Kaplan-Meier method, and the comparisons between curves were done using the log-rank test. Overall survival analysis included as an event all deaths, whatever the cause. Recurrence-free survival was defined as the time elapsed between the primary treatment and the first recurrence of breast cancer. For disease-free survival analysis, patients with metastatic disease at the time of diagnosis were excluded. Multivariate survival analysis was done by Cox's proportional hazards model, using the backward method (removal limit P < 0.10). The variables in multivariate analysis were tumor size, axillary lymph node status, primary metastases, histological grade, ER status, PR status, age at the time of diagnosis, HA expression in tumor stroma, and HA expression in carcinoma cells. The normal mammary gland stroma showed a weak or moderate HA signal (Figure 1A). In malignant areas. the stromal HA staining was generally stronger than in normal stroma (Figure 1B). The intensity of the stromal HA staining varied within each tumor, but there was no difference in HA expression between the peripheral or central parts of the tumors. However, the strongest stromal HA signal always occurred in close proximity to the carcinoma cells. In the 143 breast carcinomas examined, the intensity of stromal HA staining was weak in 7 (5%), moderate in 56 (39%) and strong in 80 (56%) cases (Figure 1, C–E). The normal ductal epithelial cells and myoepithelial cells displayed no HA (Figure 1A). In contrast, the breast carcinomas contained HA-positive epithelial (carcinoma) cells in 81/143 patients (57%). In most of those cases, the HA-positive cells formed a minority of all carcinoma cells (5–10%), but in a few cases even 30 to 50% of them contained HA. The HA in the malignant cells was located on the plasma membrane in 77/143 (54%) cases (Figure 1F), in cytoplasm in 65/143 (45%) cases (Figure 1G), and in the nucleus in 21/143 (15%) cases (Figure 1H). The intensity of the stromal HA signal was associated with the axillary lymph node positivity (P = 0.015) and poor differentiation of breast carcinoma (P = 0.003) (Table 2), but not with the other factors tested, eg, tumor size (P = 0.08), histological type (P = 0.7), distant metastases (P = 0.4), ER status (P = 0.7), or PR status (P = 0.2).Table 2Association between HA Expression in Stroma and Axillary Lymph Node Status and Differentiation of TumorHA expression in extracellular matrix of breast carcinoma casesTumor characteristicWeakModerateStrongSignificance*χ-square test.Lymph node statusNo metastases53027P = 0.015Metastases12347Histological gradeI252P < 0.003II53234III01944* χ-square test. Open table in a new tab The presence of HA-positive carcinoma cells correlated significantly with axillary lymph node positivity (P = 0.04. and poor differentiation (P = 0.001) (Table 3). In addition, the cases with HA-positive tumor cells were more often ER- and PR-negative (P = 0.007 and P = 0.001, respectively) than carcinomas lacking the cell-associated HA (Table 3). The expression of cell-associated HA did not correlate with tumor size (P = 0.7), histological type (P = 0.07), or primary metastases (P = 0.2).Table 3Association between HA Expression in Carcinoma Cells and Axillary Lymph Node Status, Differentiation of Tumor, ER Status, and PR StatusHA expression in breast carcinoma cellsTumor characteristicNegativePositiveSignificance*χ-square test.Lymph node statusNo metastases3131P = 0.039Metastases2348Histological gradeI90P < 0.001II3833III1548ER statusNegative1740P = 0.007Positive3934PR statusNegative1741P = 0.001Positive4430* χ-square test. Open table in a new tab The correlations were studied also by the localization of HA in carcinoma cells. Over 60% of cases with HA on the plasma membrane had metastasized to axillary lymph nodes (P = 0.037). HA signals on the plasma membrane and in the cytoplasm of carcinoma cells were both correlated with ER negativity (P < 0.02), PR negativity (P < 0.003), and with poor differentiation of tumors (P < 0.002). HA signal in the nucleus was not significantly related to any of those factors. Both the intensity of the stromal HA signal and the presence of cell-associated HA related to the overall survival of the 143 breast cancer patients (Table 4). The 5-year overall survival was 100%, 80%, and 50% with weak, moderate, and strong stromal HA signal, respectively (P = 0.0001) (Figure 2a). The 5-year overall survival of the patients exhibiting HA-positive carcinoma cells was 54% compared with 81% for the patients without HA-positive carcinoma cells (P = 0.01; Figure 2b). In analyses based on the localization of cell-associated HA, HA on the plasma membrane correlated with poor 5-year survival (36% for the patients with HA on the plasma membrane versus 57% for the patients without; P = 0.02). HA signal in the cytoplasm or in the nucleus had no prognostic value. The overall survival correlated also with general indicators like tumor size (P = 0.0001), axillary lymph node status (P = 0.0001), primary metastases (P = 0.0001), histological grade (P = 0.03), and age at diagnosis (P = 0.0001).Table 4The 5-Year Overall Survival of All of Patients (n = 143) and 5-Year Disease-Free Survival of Patients without Distant Metastasis at Time of Diagnosis (n = 137)Overall survivalDisease-free survivalMetastasis%(95% CI*CI, confidence interval.)Significance%(95% CI*CI, confidence interval.)SignificanceHA in stromaWeak100(100–100)P = 0.001100(100–100)P = 0.0035Moderate80(67–89)73(59–83)Strong53(41–63)49(37–60)HA in carcinoma cellsNegative81(68–86)P = 0.0163(49–74)P = 0.2Positive54(43–64)60(48–70)* CI, confidence interval. Open table in a new tab The disease-free survival of the patients also correlated significantly with HA expression in the tumor stroma (Table 4). The 5-year disease-free survival of the breast carcinoma patients was 100% with weak, 73% with moderate, and 49% with strong stromal HA staining (P = 0.0035; Figure 2c). The occurrence of HA-positive carcinoma cells did not associate with disease-free survival (P = 0.2). In multivariate analysis the level of the stromal HA signal was a significant, independent prognostic factor (P = 0.006; Table 5). The other important prognostic factors were tumor size (P = 0.0001), age at diagnosis (P = 0.0006), axillary lymph node status (P = 0.0007), primary metastases (P = 0.005), and ER status (P = 0.01; Table 5). The multivariate analysis was done also for a group with both strong stromal HA signal and carcinoma cell-associated HA (n = 60), versus others (n = 83). In that analysis HA expression showed an even stronger predictive power (P = 0.0009).Table 5Cox's Multivariate Survival AnalysisVariableOdds ratio95% CI*CI, confidence interval. of odds ratioSignificanceTumor size1.031.02–1.06P = 0.0001Age at diagnosis1.041.02–1.06P = 0.0006pN†pN, pathological nodes. status3.11.6–5.9P = 0.0007Primary metastases5.71.7–19.0P = 0.003HA in stroma2.61.3–5.0P = 0.006ER status0.420.21–0.81P = 0.01* CI, confidence interval.† pN, pathological nodes. Open table in a new tab Several previous investigations have demonstrated elevated HA levels in malignant breast tumors15Takeuchi J Sobue M Sato E Shamoto M Miura K Nakagaki S Variation in glycosaminoglycan components of breast tumors.Cancer Res. 1976; 36: 2133-2139PubMed Google Scholar, 16Bertrand P Girard N Delpech B Duval C d'Anjou J Dauce JP Hyaluronan and hyaluronectin in the extracellular matrix of human breast carcinomas: comparison between invasive and non-invasive areas.Int J Cancer. 1992; 52: 1-6Crossref PubMed Scopus (132) Google Scholar, 17Ponting J Kumar S Pye D Co-localisation of hyaluronan and hyaluronectin in normal and neoplastic breast tissues.Int J Oncol. 1993; 2: 889-893PubMed Google Scholar, 18Shuster S Smith HS Thor AD Stern R Enhanced deposition of hyaluronan in the stroma of human breast cancers.Proc Am Assoc Cancer Res. 1993; 34: 2Google Scholar, 19de la Torre M Wells A Bergh J Lindgren A Localization of hyaluronan in normal breast tissue, radial scar, and tubular breast carcinoma.Hum Pathol. 1993; 24: 1294-1297Abstract Full Text PDF PubMed Scopus (43) Google Scholar and the ability of HA to enhance the motility and metastatic behavior of breast cancer cells.6Kimata K Honma Y Okayama M Oguri K Hozumi M Suzuki S Increased synthesis of hyaluronic acid by mouse mammary carcinoma cell variants with high metastatic potential.Cancer Res. 1983; 43: 1347-1354PubMed Google Scholar The present study established a strong association between the level of HA around the malignant cells, spreading of the cancer, and patient outcome. An independent role of HA in breast cancer progression was confirmed by Cox multivariate analysis in which both the intense HA expression in stroma alone and that combined with the expression of cell-associated HA were important prognosticators. Taken together, these results predict that HA has a critical role in the spreading of breast cancer, and it can offer a good target for therapeutic purposes. Consistent with our results, the cell surface receptors of HA, CD44, and RHAMM have been shown to play a key role in cancer cell adhesion,28Aruffo A Stamenkovic I Melnick M Underhill CB Seed B CD44 is the principal cell surface receptor for hyaluronate.Cell. 1990; 61: 1303-1313Abstract Full Text PDF PubMed Scopus (2174) Google Scholar, 29Yeo TK Nagy JA Yeo KT Dvorak HF Toole BP Increased hyaluronan at sites of attachment to mesentery by CD44-positive mouse ovarian and breast tumor cells.Am J Pathol. 1996; 148: 1733-1740PubMed Google Scholar cell migration,13Turley E Hyaluronan and cell locomotion.Cancer Met Rev. 1992; 11: 21-30Crossref PubMed Scopus (194) Google Scholar tumor neovascularization,30Trochon V Mabilat C Bertrand P Legrand Y Smadja-Joffe F Soria C Delpech B Lu H Evidence of involvement of CD44 in endothelial cell proliferation, migration and angiogenesis in vitro.Int J Cancer. 1996; 66: 664-668Crossref PubMed Scopus (201) Google Scholar and cell signaling in general.24Wang C Thor A Moore II, D Zhao Y Kerschmann R Stern R Watson P Turley E The overexpression of RHAMM, a hyaluronan-binding protein that regulates ras signaling, correlates with overexpression of mitogen-activated protein kinase and is a significant parameter in breast cancer progression.Clin Cancer Res. 1998; 4: 567-576PubMed Google Scholar Also, elevated expressions of CD44 and RHAMM have been linked to breast cancer progression.23Joensuu H Klemi P Toikkanen S Jalkanen S Glycoprotein CD44 expression and its association with survival in breast cancer.Am J Pathol. 1993; 143: 867-874PubMed Google Scholar, 24Wang C Thor A Moore II, D Zhao Y Kerschmann R Stern R Watson P Turley E The overexpression of RHAMM, a hyaluronan-binding protein that regulates ras signaling, correlates with overexpression of mitogen-activated protein kinase and is a significant parameter in breast cancer progression.Clin Cancer Res. 1998; 4: 567-576PubMed Google Scholar Surprisingly, the local content of HA within tumors has received much less attention, even though the abundance of the ligand must be key to processes regulated by the receptors.31Bartolazzi A Peach R Aruffo A Stamenkovic I Interaction between CD44 and hyaluronate is directly implicated in the regulation of tumor development.J Exp Med. 1994; 180: 53-66Crossref PubMed Scopus (324) Google Scholar In fact, the present findings on breast cancer and a previous study on colon cancer7Ropponen K Tammi M Parkkinen J Eskelinen M Tammi R Lipponen P Ågren U Alhava E Kosma V-M Tumor cell-associated hyaluronan as an unfavorable prognostic factor in colorectal cancer.Cancer Res. 1998; 58: 342-347PubMed Google Scholar indicate that the level of HA in the malignant epithelium and its immediate vicinity is strongly associated with the spreading status of the tumors and with clinical outcome. The presence of HA in a fraction of the carcinoma cells and its association with reduced overall survival in univariate analysis indicate that not only the level of surrounding stromal HA but the altered metabolism of HA in the malignant cells themselves promote tumor advancement. The fact that the combination of cell-associated HA with the elevated stromal HA enhanced the predictive power for survival supports the idea that the two parameters act individually but synergistically in promoting tumor spreading. Although details of the process that leads to accumulation of HA in cancer cells are currently unknown, CD44 variants have been reported to regulate receptor-mediated uptake of HA in cultured breast carcinoma cells.32Culty M Shizari M Thompson EW Underhill CB Binding and degradation of hyaluronan by human breast cancer cell lines expressing different forms of CD44: correlation with invasive potential.J Cell Physiol. 1994; 160: 275-286Crossref PubMed Scopus (154) Google Scholar In the current study, the cell-associated HA was mostly found on plasma membrane and often in the cytoplasm, but less frequently in the nucleus. The unfavorable prognosis was also most strongly correlated with the cell surface location, suggesting that the intracellular HA may result from uptake mediated by plasma membrane receptors. The abilities of different breast cancer cell lines to bind and internalize HA through CD44 vary; the cell lines with a high binding capacity show the highest invasive potential.32Culty M Shizari M Thompson EW Underhill CB Binding and degradation of hyaluronan by human breast cancer cell lines expressing different forms of CD44: correlation with invasive potential.J Cell Physiol. 1994; 160: 275-286Crossref PubMed Scopus (154) Google Scholar Our in vivo data strongly support this notion. Cell-associated HA alone was also a very strong indicator of unfavorable prognosis in colon cancer.7Ropponen K Tammi M Parkkinen J Eskelinen M Tammi R Lipponen P Ågren U Alhava E Kosma V-M Tumor cell-associated hyaluronan as an unfavorable prognostic factor in colorectal cancer.Cancer Res. 1998; 58: 342-347PubMed Google Scholar Cell-associated HA, but not matrix-associated HA, was correlated with hormone receptor status. This result complements a previous in vitro work showing that ER- and PR-negative cell lines synthesized and bound more HA than otherwise comparable ER- and PR-positive lines.33Heldin P de la Torre M Ytterberg D Bergh J Differential synthesis and binding of hyaluronan by human breast cancer cell lines: relationship to hormone receptor status.Oncol Rep. 1996; 3: 1011-1016PubMed Google Scholar Work in vitro suggests that enhanced synthesis by the cancer cells was also involved in the cellular accumulation of HA.7Ropponen K Tammi M Parkkinen J Eskelinen M Tammi R Lipponen P Ågren U Alhava E Kosma V-M Tumor cell-associated hyaluronan as an unfavorable prognostic factor in colorectal cancer.Cancer Res. 1998; 58: 342-347PubMed Google Scholar The degradation of stromal matrix by metalloproteinases is obviously crucial for the growth and spreading of many malignant tumors.34Kleiner DE Stetler-Stevenson WG Matrix metalloproteinases and metastasis (review).Cancer Chemother Pharmacol. 1999; 43: S42-S51Crossref PubMed Scopus (651) Google Scholar Interestingly, HA may stimulate the activity of matrix metalloproteinase 9 in a mouse mammary epithelial carcinoma cell line by a mechanism that involves ligand-induced aggregation of cell surface CD44.35Yu Q Stamenkovic I Localization of matrix metalloproteinase 9 to the cell surface provides a mechanism for CD44-mediated tumor invasion.Genes Dev. 1999; 13: 35-48Crossref PubMed Scopus (610) Google Scholar This suggests a new, direct link between HA accumulation and matrix turnover. HA is not the only new matrix component in the breast cancer stroma, also enriched in versican, an HA-binding proteoglycan,36Nara Y Kato Y Torii Y Tsuji Y Nakagaki S Goto S Isobe H Nakashima N Takeuchi J Immunohistochemical localization of extracellular matrix components in human breast tumors with special reference to PG-M/versican.Histochem J. 1997; 29: 21-30Crossref PubMed Scopus (79) Google Scholar and lumican, a small proteoglycan that binds to and modulates the structure of collagen fibers.37Leygue E Snell L Dotzlaw H Hole K Hiller-Hitchcock T Roughley PJ Watson PH Murphy LC Expression of lumican in human breast carcinoma.Cancer Res. 1998; 58: 1348-1352PubMed Google Scholar This set of changes in the matrix is apparently effected by the cells on the mesenchymal side, but, perhaps triggered by active oncogenes, such as Ras, in the malignant epithelial cells.38Chin L Tam A Pomerantz J Wong M Holash J Bardeesy N Shen Q O'Hagant R Pantginis J Zhoul H Horner JW Cordon-Cardo C Yancopoulos GD DePinho RA Essential role for oncogenic Ras in tumor maintenance.Nature. 1999; 400: 468-472Crossref PubMed Scopus (761) Google Scholar Tumor size and axillary lymph node involvement are currently the most powerful prognostic factors in breast cancer. Because of the pressure to use less radical operations and neoadjuvant cytostatic therapy, additional prognostic factors like molecular markers are needed to identify the patients that benefit from the most aggressive therapy. The current, relatively simple technique could aid therapeutic decisions based on biopsies taken before the actual operation, because the predictive power of the stromal and cell-associated HA combined was in the same range as that of tumor size and nodal status, the conventional indicators. The accumulation of HA in malignant cells and adjacent stroma may also offer possibilities for therapeutic interference. Intravenous hyaluronidase, which degrades HA, has been proved relatively nontoxic and has been successfully used to enhance the penetration of cytostatic drugs in bladder carcinomas, squamous carcinomas of neck, and also in breast cancer models.39Höbarth K Maier U Marberger M Topical chemoprophylaxis of superficial bladder cancer with mitomycin C and adjuvant hyaluronidase.Eur Urol. 1992; 21: 206-210Crossref PubMed Scopus (63) Google Scholar, 40Kohno N Ohnuma T Truog P Effects of hyaluronidase on doxorubicin penetration into squamous carcinoma multicellular tumor spheroids and its cell lethality.J Cancer Res Clin Oncol. 1994; 120: 293-297Crossref PubMed Scopus (59) Google Scholar, 41Beckenlehner K Bannke S Spruss T Bernhardt G Schonenberg H Schiess W Hyaluronidase enhances the activity of adriamycin in breast cancer models in vitro and in vivo.J Cancer Res Clin Oncol. 1992; 118: 591-596Crossref PubMed Scopus (78) Google Scholar Agents that specifically inhibit HA synthesis are not currently available, but the recent cloning of the human HA synthase genes42Weigel PH Hascall VC Tammi M Hyaluronan synthases.J Biol Chem. 1997; 272: 13997-14000Crossref PubMed Scopus (633) Google Scholar will facilitate studies on HA synthesis regulation in breast cancer, and provide potential targets of therapeutic interference. For instance, growth factors such as epidermal growth factor and transforming growth factor β stimulate HA synthesis in certain cells43Tirone E D'Alessandris C Hascall VC Siracusa G Salustri A Hyaluronan synthesis by mouse cumulus cells is regulated by interactions between follicle-stimulating hormone (or epidemal growth factor) and a soluble oocyte factor (or transforming growth factor β1).J Biol Chem. 1997; 272: 4748-4794Google Scholar, 44Samuel SK Hurta RA Spearman MA Wright JA Turley EA Greenberg AH TGF-β 1 stimulation of cell locomotion utilizes the hyaluronan receptor RHAMM, and hyaluronan.J Cell Biol. 1993; 123: 749-758Crossref PubMed Scopus (121) Google Scholar; blocking of those growth factors or their receptors could reduce HA synthesis. Down-regulation of RHAMM, the transforming and migration-stimulating receptor of HA, could reduce the effect of excess HA in the vicinity of the malignant cells.45Mohapatra S Yang X Wright JA Turley EA Greenber AH Soluble hyaluronan receptor RHAMM induces mitotic arrest by suppress-ing Cdc2 and cyclin B1 expression.J Exp Med. 1996; 183: 1663-1668Crossref PubMed Scopus (120) Google Scholar Antibodies that inhibit the RHAMM function in vitro are available,45Mohapatra S Yang X Wright JA Turley EA Greenber AH Soluble hyaluronan receptor RHAMM induces mitotic arrest by suppress-ing Cdc2 and cyclin B1 expression.J Exp Med. 1996; 183: 1663-1668Crossref PubMed Scopus (120) Google Scholar and blocking of HA with soluble peptides that bind HA has been tested in preliminary experiments on animals.46Savani RC Khalil N Turley EA Hyaluronan receptor antagonists alter skin inflammation and fibrosis following injury.Proc West Pharmacol Soc. 1995; 38: 131-136PubMed Google Scholar Furthermore, hyaluronan oligomers inhibit tumor growth in the mouse, presumably by displacing intact hyaluronan from its cell and matrix receptors.47Zeng C Toole BP Kinney SD Kuo J-W Stamenkovic I Inhibition of tumor growth in vivo by hyaluronan oligomers.Int J Cancer. 1998; 77: 396-401Crossref PubMed Scopus (210) Google Scholar Therefore, we conclude that further clinical studies on the synthesis and regulation of hyaluronan in malignant tissues are clearly warranted. We thank Dr. Eva Turley for her comments on the manuscript. Technical help from Ms. Seija Eskelinen and Ms. Arja Venäläinen is gratefully acknowledged.

Distinct subtypes of triple negative (TN) breast cancer have been identified by tumor expression profiling. However, little is known about the relationship between histopathologic features of TN tumors, which reflect aspects of both tumor behavior and tumor microenvironment, and molecular TN subtypes. The histopathologic features of TN tumors were assessed by central review and 593 TN tumors were subjected to whole genome expression profiling using the Illumina Whole Genome DASL array. TN molecular subtypes were defined based on gene expression data associated with histopathologic features of TN tumors. Gene expression analysis yielded signatures for four TN subtypes (basal-like, androgen receptor positive, immune, and stromal) consistent with previous studies. Expression analysis also identified genes significantly associated with the 12 histological features of TN tumors. Development of signatures using these markers of histopathological features resulted in six distinct TN subtype signatures, including an additional basal-like and stromal signature. The additional basal-like subtype was distinguished by elevated expression of cell motility and glucose metabolism genes and reduced expression of immune signaling genes, whereas the additional stromal subtype was distinguished by elevated expression of immunomodulatory pathway genes. Histopathologic features that reflect heterogeneity in tumor architecture, cell structure, and tumor microenvironment are related to TN subtype. Accounting for histopathologic features in the development of gene expression signatures, six major subtypes of TN breast cancer were identified.

ABSTRACT Genome-wide association studies have identified breast cancer risk variants in over 150 genomic regions, but the mechanisms underlying risk remain largely unknown. These regions were explored by combining association analysis with in silico genomic feature annotations. We defined 205 independent risk-associated signals with the set of credible causal variants (CCVs) in each one. In parallel, we used a Bayesian approach (PAINTOR) that combines genetic association, linkage disequilibrium, and enriched genomic features to determine variants with high posterior probabilities (HPPs) of being causal. Potentially causal variants were significantly over-represented in active gene regulatory regions and transcription factor binding sites. We applied our INQUSIT pipeline for prioritizing genes as targets of potentially causal variants, using gene expression (eQTL), chromatin interaction and functional annotations. Known cancer drivers, transcription factors and genes in the developmental, apoptosis, immune system and DNA integrity checkpoint gene ontology pathways, were over-represented among the 178 highest confidence target genes.

Abstract Background Copy number variants (CNVs) are pervasive in the human genome but potential disease associations with rare CNVs have not been comprehensively assessed in large datasets. We analysed rare CNVs in genes and non-coding regions for 86,788 breast cancer cases and 76,122 controls of European ancestry with genome-wide array data. Results Gene burden tests detected the strongest association for deletions in BRCA1 (P= 3.7E-18). Nine other genes were associated with a p-value < 0.01 including known susceptibility genes CHEK2 (P= 0.0008), ATM (P= 0.002) and BRCA2 (P= 0.008). Outside the known genes we detected associations with p-values < 0.001 for either overall or subtype-specific breast cancer at nine deletion regions and four duplication regions. Three of the deletion regions were in established common susceptibility loci. Conclusions This is the first genome-wide analysis of rare CNVs in a large breast cancer case-control dataset. We detected associations with exonic deletions in established breast cancer susceptibility genes. We also detected suggestive associations with non-coding CNVs in known and novel loci with large effects sizes. Larger sample sizes will be required to reach robust levels of statistical significance.