BACKGROUND: Hormone replacement therapy (HRT) given as unopposed estrogen replacement therapy (ERT) gained widespread popularity in the United States in the 1960s and 1970s. Recent prescribing practices have favored combination HRT (CHRT), i.e., adding a progestin to estrogen for the entire monthly cycle (continuous combined replacement therapy [CCRT]) or a part of the cycle (sequential estrogen plus progestin therapy [SEPRT]). Few data exist on the association between CHRT and breast cancer risk. We determined the effects of CHRT on a woman's risk of developing breast cancer in a population-based, case-control study. METHODS: Case subjects included those with incident breast cancers diagnosed over 4½ years in Los Angeles County, CA, in the late 1980s and 1990s. Control subjects were neighborhood residents who were individually matched to case subjects on age and race. Case subjects and control subjects were interviewed in person to collect information on known breast cancer risk factors as well as on HRT use. Information on 1897 postmenopausal case subjects and on 1637 postmenopausal control subjects aged 55-72 years who had not undergone a simple hysterectomy was analyzed. Breast cancer risks associated with the various types of HRT were estimated as odds ratios (ORs) after adjusting simultaneously for the different forms of HRT and for known risk factors of breast cancer. All P values are two-sided. RESULTS: HRT was associated with a 10% higher breast cancer risk for each 5 years of use (OR5 = 1.10; 95% confidence interval [CI] = 1.02-1.18). Risk was substantially higher for CHRT use (OR5 = 1.24; 95% CI = 1.07-1.45) than for ERT use (OR5= 1.06; 95% CI = 0.97-1.15). Risk estimates were higher for SEPRT (OR5 = 1.38; 95% CI = 1.13-1.68) than for CCRT (OR5= 1.09; 95% CI = 0.88-1.35), but this difference was not statistically significant. Conclusions: This study provides strong evidence that the addition of a progestin to HRT enhances markedly the risk of breast cancer relative to estrogen use alone. These findings have important implications for the risk-benefit equation for HRT in women using CHRT.

The association between soyfood intake and breast cancer risk is controversial. Most of the epidemiologic studies published on this topic in the 1990s were not designed to specifically address this question. We conducted a population-based, case-control study of breast cancer among Chinese, Japanese and Filipino women in Los Angeles County to further investigate the role of soy. Our primary objective was to quantify breast cancer risks associated with intake of soy during adolescence and adult life among Asian-American women. During 1995–1998, we successfully interviewed 501 breast cancer patients and 594 control subjects. Intake of soy among Asian-Americans is still relatively high; the median intake was 12 mg isoflavones/day, approximately one-third of that reported in a recent study in Shanghai, China. The risk of breast cancer was significantly inversely associated with soy intake during adolescence and adult life. After adjusting for age, specific Asian ethnicity, education, migration history and menstrual and reproductive factors, women who reported soy intake at least once per week during adolescence showed a statistically significantly reduced risk of breast cancer. There was also a significant trend of decreasing risk with increasing soy intake during adult life. When we considered soy intake during both adolescence and adult life, subjects who were high-soy consumers during both time periods showed the lowest risk (OR=0.53, 95% CI=0.36–0.78) compared with those who were low consumers during both time periods. Risk of breast cancer was intermediate among subjects who were high-soy consumers during adolescence and low-soy consumers during adult life (OR=0.77, 95% CI=0.51–1.10). Based on a relatively small number of subjects, the risk did not appear to differ between those who were low consumers during adolescence and high consumers during adult life. Results remained similar after adjustment for other potential confounders including other dietary and non-dietary risk factors for breast cancer. These results show that high soy intake in childhood in Asian-Americans is associated with reduced breast cancer risk. Risk may be further reduced by intake as an adult.

Abstract Statistical imputation applied to genome-wide array data is the most cost-effective approach to complete the catalog of genetic variation in a study population. However, imputed genotypes in underrepresented populations incur greater inaccuracies due to ascertainment bias and a lack of representation among reference individuals,, further contributing to the obstacles to study these populations. Here we examined the consequences due to the lack of representation by genotyping a functionally important, Polynesian-specific variant, rs373863828, in the CREBRF gene, in a large number of self-reported Native Hawai’ians (N=3,693) from the Multiethnic Cohort. We found the derived allele of rs373863828 was significantly associated with several adiposity traits with large effects ( e.g. 0.214 s.d., or approximately 1.28 kg/m 2 , per allele, in BMI as the most significant; P = 7.5×10 −5 ). Due to the current absence of Polynesian representation in publicly accessible reference sequences, rs373863828 or any of its proxies could not be tested through imputation using these existing resources. Moreover, the association signals at this Polynesian-specific variant could not be captured by alternative approaches, such as admixture mapping. In contrast, highly accurate imputation can be achieved even if a small number (<200) of Polynesian reference individuals were available. By constructing an internal set of Polynesian reference individuals, we were able to increase sample size for analysis up to 3,936 individuals, and improved the statistical evidence of association (e.g. p = 1.5×10 −7 , 3×10 −6 , and 1.4×10 −4 for BMI, hip circumference, and T2D, respectively). Taken together, our results suggest the alarming possibility that lack of representation in reference panels would inhibit discovery of functionally important, population-specific loci such as CREBRF . Yet, they could be easily detected and prioritized with improved representation of diverse populations in sequencing studies.